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Analisi delle espressioni con JMP Genomics, parte 2: importazione dei dati delle espressioni dai file di testo

In post sul blog della scorsa settimana , abbiamo creato un Experimental Design File (EDF) utilizzando Genomica di JMP per una serie di file di espressione genica corrispondenti a 18 diversi gruppi sperimentali. Ora che il progetto sperimentale è organizzato in un set di dati SAS, i file di dati (in formato txt) possono essere importati e concatenati in un'unica tabella utilizzando il Importa un esperimento progettato da file di testo, CSV o Excel strumento che sarà pronto per l'analisi in JMP.

Importazione/combinazione di più file

1. Per iniziare, assicurati che ciascuno dei file txt da E2_Espressione_Dati. cerniera lampo vengono scaricati e archiviati in un'unica cartella.
2. Dal Iniziatore di genomica selezionare dal menù Importa > Testo > Importa un esperimento progettato da file di testo, CSV o Excel .
3. Sul Generale scheda, designare il file e2_espressione_edf. sas7bdat (creato nel Analisi delle espressioni con JMP Genomics, parte 1: disegno sperimentale post sul blog) come il File di progettazione sperimentale .
4. Designare la cartella in cui si trovano i 18 file txt cerniera lampo sono memorizzati come file Cartella dei file Raw .
5. Lasciare il Tipo di file di dati opzione vuota. Se i valori sono separati da un delimitatore specifico (virgola, spazio, tabulazione), è possibile specificarlo qui.
6. Poiché non ci sono nomi di variabili in questi file, impostare il file Riga Numero di nomi di variabili A 0 . Impostare il Riga di inizio dati COME 1 .
7. Le variabili ID sono presenti nelle prime colonne di questi file e possono essere utilizzate per unire ciascuno dei file di dati. Selezionare Usa variabile ID come il variabile chiave per unire i file .
8. Poiché i file non hanno nomi di colonna, le colonne sono designate con il valore predefinito di "Var1", "Var2" ecc. Imposta Var1 come il ID variabile .
9. Designare un Cartella di output .
10. Clic Correre per iniziare l'importazione.

Risultati

11. Al termine dell'importazione, verrà visualizzata una finestra con sia l'EDF che il file di dati .sas7bdat .Il file superiore è l'EDF, che è identico all'EDF di input. Il file in basso è il nuovo set di dati. Aprire IL Dati di intensità impostato per visualizzare il file dei valori di espressione per ciascun gruppo sperimentale.
12. La colonna VAR1 ora contiene i nomi dei marcatori dai file di testo. Ognuna delle altre 18 colonne corrisponde a ciascuno dei gruppi sperimentali designati nel Nomecolonna colonna nel FES.

Riepilogo

Questo post ha delineato i passaggi necessari per importare e combinare più file di dati da una singola cartella utilizzando il file Importa un esperimento progettato da file di testo, CSV o Excel attrezzo. Questo strumento è utile per importare più file da un esperimento progettato. Prima di iniziare il processo, è necessario creare un file di progettazione sperimentale e tutti i file di dati devono essere archiviati in un'unica cartella. L'output di questa analisi è in formato .sas7bdat ed è ora pronto per l'analisi dell'espressione utilizzando un flusso di lavoro dell'espressione. Il post della prossima settimana eseguirà un'analisi dell'espressione su questo set di dati utilizzando il file Flusso di lavoro delle espressioni di base .

Nel post del blog della scorsa settimana, abbiamo creato un Experimental Design File (EDF) utilizzando Genomica di JMP per una serie di file di espressione genica corrispondenti a 18 diversi gruppi sperimentali. Ora che il progetto sperimentale è organizzato in un set di dati SAS, i file di dati (in formato txt) possono essere importati e concatenati in un'unica tabella utilizzando il Importa un esperimento progettato da file di testo, CSV o Excel strumento che sarà pronto per l'analisi in JMP.