JMP Genomics를 사용한 식 분석, 2부: 텍스트 파일에서 식 데이터 가져오기~ 안에 지난주 블로그 포스팅 , 우리는 다음을 사용하여 실험 설계 파일(EDF)을 만들었습니다. JMP 유전체학 18개의 서로 다른 실험 그룹에 해당하는 유전자 발현 파일 세트에 대해. 이제 실험 디자인이 SAS 데이터 세트로 구성되었으므로 데이터 파일(txt 형식)을 가져오고 다음을 사용하여 단일 테이블로 연결할 수 있습니다. 텍스트, CSV 또는 Excel 파일에서 설계된 실험 가져오기 JMP에서 분석할 준비가 된 도구입니다.
여러 파일 가져오기/결합
- 시작하려면 각 txt 파일이 E2_표현식_데이터. 지퍼 다운로드되어 단일 폴더에 저장됩니다.
- 로부터 유전체학 스타터 메뉴 선택 가져오기 > 텍스트 > 텍스트, CSV 또는 Excel 파일에서 설계된 실험 가져오기 .
- 에 일반적인 탭, 파일 지정 e2_expression_edf. sas7bdat (에서 생성 JMP Genomics를 사용한 발현 분석, 1부: 실험 설계 블로그 포스트)로 실험 디자인 파일 .
- 18개의 txt 파일이 있는 폴더 지정 지퍼 로 저장됩니다 원시 파일 폴더 .
- 떠나다 데이터 파일 유형 옵션 공백. 값이 특정 구분 기호(쉼표, 공백, 탭)로 구분되는 경우 여기에서 지정할 수 있습니다.
- 이 파일에는 변수 이름이 없으므로 변수 이름의 행 번호 에게 0 . 설정 데이터 시작 행 ~처럼 1 .
- ID 변수는 이러한 파일의 첫 번째 열에 있으며 각 데이터 파일을 병합하는 데 사용할 수 있습니다. 선택하다 ID 변수 사용 로 파일 병합을 위한 주요 변수 .
- 파일에는 컬럼 이름이 없으므로 컬럼은 기본값인 "Var1", "Var2" 등으로 지정됩니다. 설정 Var1 로 ID 변수 .
- 지정 출력 폴더 .
- 딸깍 하는 소리 달리다 가져오기를 시작합니다.
결과
- 가져오기가 완료되면 EDF와 데이터 파일이 모두 포함된 창이 나타납니다. .sas7bdat .최상위 파일은 입력 EDF와 동일한 EDF입니다. 맨 아래 파일은 새 데이터 세트입니다. 열려 있는 그만큼 강도 데이터 각 실험 그룹에 대한 표현 값 파일을 볼 수 있도록 설정합니다.
- 열 VAR1 이제 텍스트 파일의 마커 이름이 포함됩니다. 다른 18개의 각 열은 열 이름 EDF의 열.
요약
이 게시물에서는 다음을 사용하여 단일 폴더에서 여러 데이터 파일을 가져오고 결합하는 데 필요한 단계를 설명했습니다. 텍스트, CSV 또는 Excel 파일에서 설계된 실험 가져오기 도구. 이 도구는 설계된 실험에서 여러 파일을 가져오는 데 유용합니다. 프로세스를 시작하기 전에 실험 디자인 파일을 생성해야 하며 모든 데이터 파일은 단일 폴더에 저장해야 합니다. 이 분석의 출력은 .sas7bdat 형식이며 이제 식 워크플로를 사용하여 식 분석을 수행할 준비가 되었습니다. 다음 주 게시물에서는 다음을 사용하여 이 데이터 세트에 대한 표현 분석을 수행합니다. 기본 식 작업 흐름 .
지난 주 블로그 게시물에서 우리는 다음을 사용하여 EDF(Experimental Design File)를 만들었습니다. JMP 유전체학 18개의 서로 다른 실험 그룹에 해당하는 유전자 발현 파일 세트에 대해. 이제 실험 디자인이 SAS 데이터 세트로 구성되었으므로 데이터 파일(txt 형식)을 가져오고 다음을 사용하여 단일 테이블로 연결할 수 있습니다. 텍스트, CSV 또는 Excel 파일에서 설계된 실험 가져오기 JMP에서 분석할 준비가 된 도구입니다.
