Análisis de expresiones con JMP Genomics, Parte 2: Importación de datos de expresiones de archivos de textoEn entrada de blog de la semana pasada , creamos un Archivo de Diseño Experimental (EDF) usando JMP Genomics para un conjunto de archivos de expresión génica correspondientes a 18 grupos experimentales diferentes. Ahora que el diseño experimental está organizado en un conjunto de datos SAS, los archivos de datos (en formato txt) se pueden importar y concatenar en una sola tabla usando la Importe un experimento diseñado desde archivos de texto, CSV o Excel Herramienta que estará lista para su análisis en JMP.
Importación / Combinación de múltiples archivos
- Para comenzar, asegúrese de que cada uno de los archivos txt de E2_Expression_Data. cremallera Se descargan y almacenan en una sola carpeta.
- Desde el Genomics Starter seleccionar menú Importar> Texto> Importe un experimento diseñado desde archivos de texto, CSV o Excel .
- Sobre el General pestaña, designar el archivo e2_expression_edf. sas7bdat (creado en el Análisis de expresiones con JMP Genomics, Parte 1: Diseño experimental blog) como el Archivo de diseño experimental .
- Designe la carpeta en la que se encuentran los 18 archivos txt. cremallera se almacenan como Carpeta de Archivos Raw .
- Dejar el Tipo de archivo de datos Opción en blanco. Si los valores están separados por un delimitador específico (coma, espacio, tabulador), se puede especificar aquí.
- Dado que no hay nombres de variables en estos archivos, establezca Número de fila de nombres variables a 0 . Selecciona el Fila de inicio de datos como 1 .
- Las variables de identificación están presentes en las primeras columnas de estos archivos y se pueden usar para combinar cada uno de los archivos de datos. Seleccionar Usar ID Variable como el variable clave para fusionar archivos .
- Dado que los archivos no tienen nombres de columna, las columnas se designan con el valor predeterminado de "Var1", "Var2", etc. Conjunto Var1 como el ID variable .
- Designar un Carpeta de salida .
- Hacer clic correr Para comenzar la importación.
Resultados
- Cuando finalice la importación, aparecerá una ventana con el FED y el archivo de datos en .sas7bdat . El archivo superior es el EDF, que es idéntico al EDF de entrada. El archivo de abajo es el nuevo conjunto de datos. Abierto la Datos de intensidad configurar para ver el archivo de valores de expresión para cada grupo experimental.
- La columna VAR1 ahora contiene los nombres de los marcadores de los archivos de texto. Cada una de las otras 18 columnas corresponde a cada uno de los grupos experimentales que fueron designados en el Nombre de columna Columna en el FED.
Resumen
Esta publicación describió los pasos necesarios para importar y combinar múltiples archivos de datos desde una sola carpeta usando la Importe un experimento diseñado desde archivos de texto, CSV o Excel herramienta. Esta herramienta es útil para importar varios archivos de un experimento diseñado. Antes de comenzar el proceso, debe crearse un archivo de diseño experimental y todos los archivos de datos deben almacenarse en una sola carpeta. El resultado de este análisis está en formato .sas7bdat y ahora está listo para el análisis de expresiones utilizando un flujo de trabajo de expresiones. La publicación de la próxima semana hará un análisis de expresión en este conjunto de datos utilizando el Flujo de trabajo de expresión básica .
En la publicación del blog de la semana pasada, creamos un Archivo de diseño experimental (EDF) usando JMP Genomics para un conjunto de archivos de expresión génica correspondientes a 18 grupos experimentales diferentes. Ahora que el diseño experimental está organizado en un conjunto de datos SAS, los archivos de datos (en formato txt) se pueden importar y concatenar en una sola tabla usando la Importe un experimento diseñado desde archivos de texto, CSV o Excel Herramienta que estará lista para su análisis en JMP.
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