Per eseguire l'analisi dell'espressione in Genomica di JMP , UN File di progettazione sperimentale (EDF) è obbligatorio.L'EDF contiene informazioni sull'annotazione del campione e/o informazioni sul fenotipo per un set di dati di espressione correlato. Esistono diversi modi per creare questo file, ma il metodo migliore per creare un EDF dipende da come sono organizzati i dati. Per questa guida, creiamo un EDF per una serie di file di dati, che poi utilizziamo per importare ciascuno dei file in JMP. I dati riguardano i livelli di espressione genica in risposta al trattamento con estrogeni durante un esperimento nel corso del tempo.
Un EDF completato è tipicamente costituito da righe che rappresentano ciascun campione o gruppo sperimentale e da colonne contenenti le caratteristiche e le condizioni sperimentali di ciascuna riga. Per questo esperimento, ci sono 18 gruppi sperimentali (tre intervalli di tempo, con tre prove per intervallo, con un gruppo sperimentale e di controllo per ciascuno). Pertanto, l'EDF completato ha 18 righe.
Le colonne obbligatorie sono le seguenti:
- Nomecolonna : Per questo esempio, each Nomecolonna voce rappresenta una prova sperimentale unica come " controllo_non trattato_12hr_1 ” significa che questa riga rappresenta un gruppo di controllo, misurato a 12 ore, ed è la prima delle tre prove per queste condizioni.
- Si noti che ogni voce in questa colonna dovere essere un identificatore univoco. Ogni voce deve corrispondere al nome della colonna nel set di dati dell'espressione. Viene utilizzato per collegare/collegare insieme i due set di dati.
- Vettore (O Patata fritta
Un numero univoco per ogni matrice/gruppo. Per questo esempio, 1-18.
- Condizioni sperimentali : colonna/e che indicano le condizioni sperimentali per ogni riga/matrice. In questo esempio, ci sono due di queste colonne. Uno avrebbe il Tempo designazione per ciascun array: 12 ore, 24 ore o 48 ore. L'altro ( Caratteristiche ) etichetterebbe ciascun array come gruppo trattato con estrogeni o gruppo di controllo.
Le colonne facoltative includono:
- File : Necessario se EDF verrà utilizzato per importare un elenco di file da una cartella. Se utilizzato, contiene il nome del file e l'estensione del file da importare.
- Intensità : Necessario per importare un elenco di file da una cartella. Questa colonna in genere contiene l'intestazione di colonna o l'etichetta per la colonna che contiene i valori di espressione appropriati.
- Qualsiasi altra informazione pertinente da includere nel FES.
An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF). Un esempio di file di progettazione sperimentale (EDF) completato.
Molti modi per creare un EDF:
JMP dispone di più strumenti per agevolare la creazione di EDF. Un EDF può essere importato da un file di testo delimitato o da excel. Esistono anche strumenti in JMP utili per la creazione di EDF. È possibile accedere a questi strumenti dal file Iniziatore di genomica selezionando Importa > File di disegno sperimentale :
- Per questo esempio, scegli Crea modello di file di progettazione . Questo strumento crea un modello EDF leggendo file di dati grezzi da una cartella selezionata.
- Per importare i dati grezzi, decomprimere prima il file E2_Espressione_Dati. cerniera lampo in una singola cartella vuota, Scegliere la cartella in cui sono memorizzati in Cartella dei file di dati grezzi scatola.
- Seleziona il .TXT come estensione del file in Espressione filtro file menu a discesa.
- Specificare la Numero di canali in ciascun file . Il file di output contiene una riga univoca per ciascun canale all'interno di ciascun file. Qui c'è solo un canale in ogni file
- Nel Nuovi nomi di variabili per la progettazione sperimentale casella, digitare i nomi di ciascuna delle variabili del gruppo sperimentale su una riga separata. In questo esempio, le variabili sono Tempo (12, 24 o 48 ore), Caratteristiche (trattati con estrogeni o controllo), e Gruppo (ripetizioni 1-3 per ogni combinazione di condizioni).
- Specificare e2_espressione_edf come il Nome del file , e designare il Cartella di output dove verrà memorizzato il modello EDF.
- Una volta creato il modello (sotto), deve essere compilato con informazioni sulla condizione sperimentale.
- Per compilare il modello EDF che useremo Crea nomecolonna : Questo strumento è utile per concatenare più colonne specificando le condizioni sperimentali per creare un insieme univoco di voci per quanto richiesto Nomecolonna campo in un FES.
- Per iniziare, dobbiamo prima compilare le colonne delle condizioni sperimentali (Tempo, Caratteristiche, Gruppo). Per il Tempo variabile, inserisci 12 ore , 24 ore , E 48 ore in sei righe consecutive ciascuna. Questo può essere fatto inserendo il valore nella prima cella e quindi evidenziando le restanti celle da riempire e selezionando Riempire dal menu di scelta rapida come mostrato di seguito.
- Quindi, compila il file Caratteristiche E Gruppo colonne in modo che corrispondano al disegno sperimentale come mostrato di seguito.
- Una volta compilate le condizioni sperimentali e aperta la finestra contenente la tabella con le colonne che si desidera unire e focalizzata su JMP, selezionare Crea nomecolonna dal Iniziatore di genomica ( Importa > File di disegno sperimentale ).
- Quando Crea nomecolonna è selezionato, una finestra di dialogo intitolata Seleziona Colonne si apre. Qui, seleziona le colonne da combinare che verranno utilizzate per popolare il file Nomecolonna rubrica del FES.
- Selezionare Caratteristiche , Tempo , E Gruppo in quest'ordine e fare clic OK per concatenare le colonne.
- Il risultato è un completato Nomecolonna colonna come mostrato di seguito.
- L'ultimo passaggio consiste nel compilare il file Intensità.Questa colonna indica a JMP quale variabile contiene i dati dell'espressione da importare in ciascun file di testo. Per questo esempio, ogni file di testo non ha nomi di colonna (i dati iniziano nella riga 1) e i dati dell'espressione si trovano nella colonna 2, quindi inserisci Var2 nella colonna dell'intensità e usa il Riempire strumento per riempire tutte le 18 righe. L'EDF completato ha questo aspetto:
Riepilogo
Prima di eseguire l'analisi dell'espressione in JMP Genomics, è necessario creare un file di progettazione sperimentale. L'EDF contiene condizioni sperimentali, annotazioni di campioni e/o dati sul fenotipo per un set di dati di espressione correlato. Esistono diversi modi per creare questo file. Il metodo migliore di quelli descritti sopra dipende interamente dall'organizzazione dei tuoi dati. Gli strumenti di cui sopra sono progettati per rendere la creazione del tuo EDF facile ed efficace per qualsiasi tipo di analisi dell'espressione che intendi eseguire. Utilizzando questo EDF completato, ora possiamo importare ciascuno di questi file .txt in un set di dati di grandi dimensioni che può essere utilizzato per eseguire un'analisi dell'espressione in JMP.
Per eseguire l'analisi dell'espressione in JMP Genomics, an File di progettazione sperimentale (EDF) è obbligatorio.L'EDF contiene informazioni sull'annotazione del campione e/o informazioni sul fenotipo per un set di dati di espressione correlato. Esistono diversi modi per creare questo file, ma il metodo migliore per creare un EDF dipende da come sono organizzati i dati. Per questa guida, creiamo un EDF per una serie di file di dati, che poi utilizziamo per importare ciascuno dei file in JMP. I dati riguardano i livelli di espressione genica in risposta al trattamento con estrogeni durante un esperimento nel corso del tempo.
Un EDF completato è tipicamente costituito da righe che rappresentano ciascun campione o gruppo sperimentale e da colonne contenenti le caratteristiche e le condizioni sperimentali di ciascuna riga. Per questo esperimento, ci sono 18 gruppi sperimentali (tre intervalli di tempo, con tre prove per intervallo, con un gruppo sperimentale e di controllo per ciascuno). Pertanto, l'EDF completato ha 18 righe.
