使用 JMP Genomics 进行表达分析，第 1 部分：实验设计进行表达分析JMP 基因组学， 一个实验设计文件 (EDF)是必须的。EDF 包含相关表达数据集的样本注释信息和/或表型信息。 有几种不同的方法可以创建此文件，但创建 EDF 的最佳方法取决于数据的组织方式。 在本指南中，我们为一系列数据文件创建了一个 EDF，然后我们使用它来将每个文件导入 JMP。 这些数据涉及时程实验期间响应雌激素治疗的基因表达水平。
完整的 EDF 通常包含代表每个样本或实验组的行，以及包含每行的特征和实验条件的列。 对于这个实验，有 18 个实验组（三个时间间隔，每个间隔进行三个试验，每个试验组和对照组）。 因此，完成的 EDF 有 18 行。
必填列如下：
- 列名：对于这个例子，每个列名条目代表一个独特的实验试验，例如“ untreated_control_12hr_1 ”意味着这一行代表一个对照组，在 12 小时时测量，并且是针对这些条件的三个试验中的第一个。
- 请注意，此列中的每个条目必须是一个唯一的标识符。 每个条目必须与表达式数据集中的列名相匹配。 它用于将两个数据集连接/链接在一起。
- 大批（或者芯片
每个数组/组的唯一编号。 对于此示例，1-18。
- 实验条件：表示每行/阵列的实验条件的列。 在此示例中，有两个这样的列。 一个人会有时间每个阵列的名称：12 小时、24 小时或 48 小时。 另一个 （特征) 会将每个阵列标记为雌激素处理组或对照组。
可选列包括：
- 文件：如果 EDF 将用于从文件夹导入文件列表，则需要。 如果使用，它包含要导入的文件的文件名和扩展名。
- 强度：需要从文件夹导入文件列表。 此列通常包含包含正确表达式值的列的列标题或标签。
- EDF 中包含的任何其他相关信息。
An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).完整实验设计文件 (EDF) 的示例。
创建 EDF 的多种方法：
JMP 有多种工具可帮助创建 EDF。 EDF 可以从带分隔符的文本文件或 Excel 中导入。 JMP 中还有一些工具可用于创建 EDF。 这些工具可以从基因组学入门通过选择导入 > 实验设计文件:
- 对于这个例子，选择创建设计文件模板. 该工具通过从选定文件夹中读取原始数据文件来制作 EDF 模板。
- 要导入原始数据，请先解压缩文件E2_Expression_Data。压缩到一个空文件夹，选择它们存储在的文件夹中原始数据文件的文件夹盒子。
- 选择。TXT作为文件扩展名文件过滤器表达式下拉式菜单。
- 指定每个文件中的通道数. 输出文件包含每个文件中每个通道的唯一行。 这里每个文件只有一个通道
- 在里面实验设计的新变量名称框，在单独的行中键入每个实验组变量的名称。 在这个例子中，变量是时间（12、24 或 48 小时），特征（雌激素治疗或控制），和团体（每个条件组合重复 1-3 次）。
- 指定e2_expression_edf作为文件名，并指定导出目录存储 EDF 模板的位置。
- 创建模板（如下）后，必须填写实验条件信息。
- 要填写我们将使用的 EDF 模板创建列名：此工具可用于连接指定实验条件的多个列，以便为所需的创建一组唯一的条目列名EDF 中的字段。
- 首先，我们必须先填写实验条件栏（时间、特征、组）。 为了时间变量，输入12小时, 24小时， 和48小时每行分成六个连续的行。 这可以通过在第一个单元格中输入值然后突出显示要填充的剩余单元格并选择来完成充满从右键单击菜单中，如下所示。
- 接下来，填写特征和团体列以匹配实验设计，如下所示。
- 填写实验条件后，包含包含您希望合并的列的表格的窗口打开并聚焦在 JMP 上，选择创建列名来自基因组学入门(导入 > 实验设计文件).
- 什么时候创建列名被选中，一个对话框标题为选择列打开。 在这里，选择要合并的列，这些列将用于填充列名在 EDF 中标题。
- 选择特征,时间， 和团体按此顺序并单击好的连接列。
- 结果是一个完成列名列如下所示。
- 最后一步是填写强度。此列告诉 JMP 哪个变量包含要在每个文本文件中导入的表达式数据。 对于这个例子，每个文本文件没有列名（数据从第 1 行开始），表达式数据在第 2 列，所以输入变量2在强度列中并使用充满工具来填充所有 18 行。 完成的 EDF 如下所示：
概括
在 JMP Genomics 中执行表达分析之前，必须创建一个实验设计文件。 EDF 包含相关表达数据集的实验条件、样本注释和/或表型数据。 有几种方法可以创建此文件。 上述方法中最好的方法完全取决于您的数据组织。 上述工具旨在让您轻松有效地创建 EDF，以用于您计划进行的任何类型的表达式分析。 使用这个完整的 EDF，我们现在可以将这些 .txt 文件中的每一个导入到一个大型数据集中，该数据集可用于在 JMP 中执行表达式分析。
要在 JMP Genomics 中执行表达分析，实验设计文件 (EDF)是必须的。EDF 包含相关表达数据集的样本注释信息和/或表型信息。 有几种不同的方法可以创建此文件，但创建 EDF 的最佳方法取决于数据的组织方式。 在本指南中，我们为一系列数据文件创建了一个 EDF，然后我们使用它来将每个文件导入 JMP。 这些数据涉及时程实验期间响应雌激素治疗的基因表达水平。
完整的 EDF 通常包含代表每个样本或实验组的行，以及包含每行的特征和实验条件的列。 对于这个实验，有 18 个实验组（三个时间间隔，每个间隔进行三个试验，每个试验组和对照组）。 因此，完成的 EDF 有 18 行。
