Para realizar análisis de expresión en Genómica JMP , un Archivo de Diseño Experimental (EDF) se requiere.El EDF contiene información de anotación de muestra y/o información de fenotipo para un conjunto de datos de expresión relacionado. Hay algunas formas diferentes de crear este archivo, pero el mejor método para crear un EDF depende de cómo estén organizados sus datos. Para esta guía, creamos un EDF para una serie de archivos de datos, que luego usamos para importar cada uno de los archivos a JMP. Los datos tratan sobre los niveles de expresión génica en respuesta al tratamiento con estrógenos durante un experimento de evolución temporal.
Un EDF completo generalmente consta de filas que representan cada muestra o grupo experimental y columnas que contienen las características y condiciones experimentales de cada fila. Para este experimento, hay 18 grupos experimentales (tres intervalos de tiempo, con tres ensayos por intervalo, con un grupo experimental y de control para cada uno). Por lo tanto, el EDF completo tiene 18 filas.
Las columnas requeridas son las siguientes:
- nombre de columna : Para este ejemplo, cada nombre de columna entrada representa un ensayo experimental único como " control_sin_tratamiento_12hr_1 ” lo que significa que esta fila representa un grupo de control, medido a las 12 horas, y es el primero de los tres ensayos para estas condiciones.
- Tenga en cuenta que cada entrada en esta columna debe ser un identificador único. Cada entrada debe coincidir con el nombre de la columna en el conjunto de datos de expresión. Se utiliza para conectar/vincular los dos conjuntos de datos.
- Formación (o Chip
Un número único para cada matriz/grupo. Para este ejemplo, 1-18.
- Condiciones experimentales : Columna(s) que indican las condiciones experimentales para cada fila/matriz. En este ejemplo, hay dos columnas de este tipo. uno tendria la Tiempo designación para cada matriz: 12 h, 24 h o 48 h. El otro ( Características ) etiquetaría cada matriz como un grupo de control o tratado con estrógeno.
Las columnas opcionales incluyen:
- Archivo : Necesario si el EDF se utilizará para importar una lista de archivos de una carpeta. Si se usa, contiene el nombre del archivo y la extensión del archivo que se va a importar.
- Intensidad : Necesario para importar una lista de archivos de una carpeta. Esta columna normalmente contiene el encabezado de columna o la etiqueta para la columna que contiene los valores de expresión adecuados.
- Cualquier otra información pertinente a incluir en el FED.
An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF). Un ejemplo de un archivo de diseño experimental (EDF) completo.
Muchas formas de crear un EDF:
JMP tiene múltiples herramientas para ayudar con la creación de EDF. Un EDF se puede importar desde un archivo de texto delimitado o desde Excel. También hay herramientas en JMP que son útiles para la creación de EDF. Se puede acceder a estas herramientas desde el Iniciador de genómica seleccionando Importar > Archivo de diseño experimental :
- Para este ejemplo, elija Crear plantilla de archivo de diseño . Esta herramienta crea una plantilla EDF leyendo archivos de datos sin procesar de una carpeta seleccionada.
- Para importar los datos sin procesar, primero descomprima el archivo E2_Expresión_Datos. cremallera a una sola carpeta vacía, Elegir la carpeta en la que están almacenados en el Carpeta de archivos de datos sin procesar caja.
- Selecciona el .TXT como la extensión del archivo en el Expresión de filtro de archivo Menú desplegable.
- Especifica el Número de canales en cada archivo . El archivo de salida contiene una fila única para cada canal dentro de cada archivo. Aquí solo hay un canal en cada archivo.
- En el Nuevos nombres de variables para diseño experimental cuadro, escriba los nombres de cada una de las variables del grupo experimental en una línea separada. En este ejemplo, las variables son Tiempo (12, 24 o 48 horas), Características (tratados con estrógenos o de control), y Grupo (repeticiones 1-3 para cada combinación de condiciones).
- Especificar e2_expresión_edf como el Nombre del archivo , y designar el Carpeta de salida donde se almacenará la plantilla EDF.
- Una vez que se crea la plantilla (a continuación), debe completarse con la información de la condición experimental.
- Para completar la plantilla EDF usaremos Crear nombre de columna : esta herramienta es útil para concatenar varias columnas que especifican condiciones experimentales para crear un conjunto único de entradas para el requerido nombre de columna campo en un EDF.
- Para comenzar, primero debemos completar las columnas de condiciones experimentales (Tiempo, Características, Grupo). Para el Tiempo variables, ingrese 12 horas , 24 horas , y 48 horas en seis filas consecutivas cada uno. Esto se puede hacer ingresando el valor en la primera celda y luego resaltando las celdas restantes para llenar y seleccionando Llenar desde el menú contextual como se muestra a continuación.
- A continuación, complete el Características y Grupo columnas para que coincida con el diseño experimental como se muestra a continuación.
- Una vez que las condiciones experimentales estén completas y la ventana que contiene la tabla con las columnas que desea combinar esté abierta y enfocada en JMP, seleccione Crear nombre de columna desde el Iniciador de genómica ( Importar > Archivo de diseño experimental ).
- Cuando Crear nombre de columna está seleccionado, un cuadro de diálogo titulado Seleccionar columnas se abre Aquí, seleccione las columnas para combinar que se usarán para completar el nombre de columna partida en el EDF.
- Seleccionar Características , Tiempo , y Grupo en ese orden y haga clic DE ACUERDO para concatenar las columnas.
- El resultado es un completo nombre de columna columna como se muestra a continuación.
- El último paso es rellenar el Intensidad.Esta columna le dice a JMP qué variable contiene los datos de expresión para importar en cada archivo de texto. Para este ejemplo, cada archivo de texto no tiene nombres de columna (los datos comienzan en la línea 1) y los datos de la expresión están en la columna 2, así que ingrese Var2 en la columna de intensidad y utilice el Llenar herramienta para llenar las 18 filas. El EDF completo se ve así:
Resumen
Antes de realizar un análisis de expresión en JMP Genomics, se debe crear un archivo de diseño experimental. El EDF contiene condiciones experimentales, anotaciones de muestra y/o datos de fenotipo para un conjunto de datos de expresión relacionado. Hay varias formas de crear este archivo. El mejor método de los descritos anteriormente depende completamente de la organización de sus datos. Las herramientas anteriores están diseñadas para hacer que la creación de su EDF sea fácil y efectiva para cualquier tipo de análisis de expresión que planee hacer. Usando este EDF completo, ahora podemos importar cada uno de estos archivos .txt en un gran conjunto de datos que se puede usar para realizar un análisis de expresión en JMP.
Para realizar análisis de expresión en JMP Genomics, un Archivo de Diseño Experimental (EDF) se requiere.El EDF contiene información de anotación de muestra y/o información de fenotipo para un conjunto de datos de expresión relacionado. Hay algunas formas diferentes de crear este archivo, pero el mejor método para crear un EDF depende de cómo estén organizados sus datos. Para esta guía, creamos un EDF para una serie de archivos de datos, que luego usamos para importar cada uno de los archivos a JMP. Los datos tratan sobre los niveles de expresión génica en respuesta al tratamiento con estrógenos durante un experimento de evolución temporal.
Un EDF completo generalmente consta de filas que representan cada muestra o grupo experimental y columnas que contienen las características y condiciones experimentales de cada fila. Para este experimento, hay 18 grupos experimentales (tres intervalos de tiempo, con tres ensayos por intervalo, con un grupo experimental y de control para cada uno). Por lo tanto, el EDF completo tiene 18 filas.
