식 분석을 수행하려면 JMP 유전체학 , 실험 설계 파일(EDF) 필요합니다.EDF에는 관련 표현 데이터 세트에 대한 샘플 주석 정보 및/또는 표현형 정보가 포함되어 있습니다. 이 파일을 만드는 방법에는 몇 가지가 있지만 EDF를 만드는 가장 좋은 방법은 데이터 구성 방식에 따라 다릅니다. 이 가이드에서는 일련의 데이터 파일에 대한 EDF를 만든 다음 각 파일을 JMP로 가져오는 데 사용합니다. 데이터는 시간 경과 실험 동안 에스트로겐 치료에 반응하는 유전자 발현 수준을 다룹니다.
완성된 EDF는 일반적으로 각 샘플 또는 실험 그룹을 나타내는 행과 각 행의 특성 및 실험 조건을 포함하는 열로 구성됩니다. 이 실험에는 18개의 실험 그룹이 있습니다(3개의 시간 간격, 간격당 3번의 시도, 각각에 대해 실험 그룹과 통제 그룹이 모두 있음). 따라서 완성된 EDF에는 18개의 행이 있습니다.
필수 열은 다음과 같습니다.
- 열 이름 : 이 예에서는 각 열 이름 항목은 "와 같은 고유한 실험적 시도를 나타냅니다. 미처리_제어_12시간_1 ”는 이 행이 12시간에 측정된 대조군을 나타내며 이러한 조건에 대한 세 가지 시험 중 첫 번째임을 의미합니다.
- 이 열의 각 항목은 ~ 해야 하다 고유 식별자여야 합니다. 각 항목은 표현식 데이터 세트의 열 이름과 일치해야 합니다. 두 데이터 세트를 함께 연결/연결하는 데 사용됩니다.
- 정렬 (또는 칩
각 어레이/그룹에 대한 고유 번호입니다. 이 예에서는 1-18입니다.
- 실험 조건 : 각 행/배열에 대한 실험 조건을 나타내는 열입니다. 이 예에는 이러한 열이 두 개 있습니다. 하나는 시간 각 어레이에 대한 지정: 12시간, 24시간 또는 48시간. 다른 ( 형질 )는 각 어레이를 에스트로겐 치료군 또는 대조군으로 분류합니다.
선택적 열에는 다음이 포함됩니다.
- 파일 : EDF를 사용하여 폴더에서 파일 목록을 가져오는 경우에 필요합니다. 사용되는 경우 가져올 파일의 파일 이름과 확장자를 포함합니다.
- 강함 : 폴더에서 파일 목록을 가져오기 위해 필요합니다. 이 열에는 일반적으로 적절한 표현식 값이 포함된 열에 대한 열 머리글 또는 레이블이 포함됩니다.
- EDF에 포함될 기타 관련 정보.
An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF). 완성된 실험 디자인 파일(EDF)의 예.
EDF를 생성하는 다양한 방법:
JMP에는 EDF 생성에 도움이 되는 여러 도구가 있습니다. EDF는 구분된 텍스트 파일이나 Excel에서 가져올 수 있습니다. JMP에는 EDF 생성에 유용한 도구도 있습니다. 이러한 도구는 다음에서 액세스할 수 있습니다. 유전체학 스타터 선택하여 가져오기 > 실험 디자인 파일 :
- 이 예에서는 다음을 선택하십시오. 디자인 파일 템플릿 만들기 . 이 도구는 선택한 폴더에서 원시 데이터 파일을 읽어 EDF 템플릿을 만듭니다.
- 원시 데이터를 가져오려면 먼저 파일의 압축을 풉니다. E2_표현식_데이터. 지퍼 하나의 빈 폴더에, 선택하다 그들이 저장되어 있는 폴더 원시 데이터 파일의 폴더 상자.
- 선택 .txt 파일 확장자로 파일 필터 표현식 드롭 다운 메뉴.
- 지정 각 파일의 채널 수 . 출력 파일에는 각 파일 내의 각 채널에 대한 고유한 행이 포함됩니다. 여기서 각 파일에는 하나의 채널만 있습니다.
- 에서 실험 설계를 위한 새로운 변수 이름 상자에서 각 실험 그룹 변수의 이름을 별도의 줄에 입력합니다. 이 예에서 변수는 다음과 같습니다. 시간 (12, 24, 48시간), 형질 (에스트로겐 치료 또는 통제), 그리고 그룹 (각 조건 조합에 대해 1-3 반복).
- 지정 e2_expression_edf 로 파일 이름 , 지정 출력 폴더 EDF 템플릿이 저장될 위치입니다.
- 템플릿(아래)이 생성되면 실험 조건 정보를 입력해야 합니다.
- EDF 템플릿을 채우기 위해 우리는 사용할 것입니다. 열 이름 만들기 : 이 도구는 실험 조건을 지정하는 여러 열을 연결하여 필요한 항목에 대한 고유한 항목 집합을 생성하는 데 유용합니다. 열 이름 EDF의 필드.
- 시작하려면 먼저 실험 조건 열(시간, 특성, 그룹)을 채워야 합니다. 을 위해 시간 변수, 입력 12시간 , 24시간 , 그리고 48시간 각각 6개의 연속 행으로. 첫 번째 셀에 값을 입력한 다음 채울 나머지 셀을 강조 표시하고 선택하여 수행할 수 있습니다. 채우다 아래와 같이 오른쪽 클릭 메뉴에서.
- 다음으로, 형질 그리고 그룹 아래와 같이 실험 디자인과 일치하는 열.
- 실험 조건이 채워지고 결합하려는 열이 있는 테이블이 포함된 창이 열리고 JMP에 초점이 맞춰지면 다음을 선택합니다. 열 이름 만들기 ~로부터 유전체학 스타터 ( 가져오기 > 실험 디자인 파일 ).
- 언제 열 이름 만들기 를 선택하면 다음과 같은 대화 상자가 나타납니다. 열 선택 열립니다. 여기에서 결합할 열을 선택하여 열 이름 EDF로 향합니다.
- 선택하다 형질 , 시간 , 그리고 그룹 순서대로 클릭하고 좋아요 열을 연결합니다.
- 결과는 완성 열 이름 아래 그림과 같이 열.
- 마지막 단계는 다음을 채우는 것입니다. 강함.이 열은 각 텍스트 파일에서 가져올 표현식 데이터가 포함된 변수를 JMP에 알려줍니다. 이 예에서 각 텍스트 파일에는 열 이름이 없고(데이터는 1행에서 시작) 표현식 데이터는 열 2에 있으므로 다음을 입력하십시오. Var2 강도 열에서 채우다 도구를 사용하여 18행을 모두 채웁니다. 완성된 EDF는 다음과 같습니다.
요약
JMP Genomics에서 발현 분석을 수행하기 전에 실험 디자인 파일을 만들어야 합니다. EDF에는 관련 표현 데이터 세트에 대한 실험 조건, 샘플 주석 및/또는 표현형 데이터가 포함되어 있습니다. 이 파일을 만드는 방법에는 여러 가지가 있습니다. 위에서 설명한 방법 중 가장 좋은 방법은 전적으로 데이터 구성에 따라 다릅니다. 위의 도구는 수행하려는 모든 종류의 표현 분석에 대해 EDF를 쉽고 효과적으로 만들 수 있도록 설계되었습니다. 이 완성된 EDF를 사용하여 이제 이러한 각 .txt 파일을 JMP에서 표현식 분석을 수행하는 데 사용할 수 있는 하나의 대규모 데이터 세트로 가져올 수 있습니다.
JMP Genomics에서 발현 분석을 수행하려면 실험 설계 파일(EDF) 필요합니다.EDF에는 관련 표현 데이터 세트에 대한 샘플 주석 정보 및/또는 표현형 정보가 포함되어 있습니다. 이 파일을 만드는 방법에는 몇 가지가 있지만 EDF를 만드는 가장 좋은 방법은 데이터 구성 방식에 따라 다릅니다. 이 가이드에서는 일련의 데이터 파일에 대한 EDF를 만든 다음 각 파일을 JMP로 가져오는 데 사용합니다. 데이터는 시간 경과 실험 동안 에스트로겐 치료에 반응하는 유전자 발현 수준을 다룹니다.
완성된 EDF는 일반적으로 각 샘플 또는 실험 그룹을 나타내는 행과 각 행의 특성 및 실험 조건을 포함하는 열로 구성됩니다. 이 실험에는 18개의 실험 그룹이 있습니다(3개의 시간 간격, 간격당 3번의 시도, 각각에 대해 실험 그룹과 통제 그룹이 모두 있음). 따라서 완성된 EDF에는 18개의 행이 있습니다.
