Um eine Ausdrucksanalyse durchzuführen in JMP Genomik , ein Datei für experimentelles Design (EDF) erforderlich.Die EDF enthält Probenanmerkungsinformationen und/oder Phänotypinformationen für einen verwandten Expressionsdatensatz. Es gibt verschiedene Möglichkeiten, diese Datei zu erstellen, aber die beste Methode zum Erstellen einer EDF hängt davon ab, wie Ihre Daten organisiert sind. Für diesen Leitfaden erstellen wir ein EDF für eine Reihe von Datendateien, die wir dann verwenden, um jede der Dateien in JMP zu importieren. Die Daten befassen sich mit Genexpressionsniveaus als Reaktion auf eine Östrogenbehandlung während eines Zeitverlaufsexperiments.
Eine fertige EDF besteht typischerweise aus Zeilen, die jede Probe oder Versuchsgruppe darstellen, und aus Spalten, die die Eigenschaften und Versuchsbedingungen jeder Reihe enthalten. Für dieses Experiment gibt es 18 Versuchsgruppen (drei Zeitintervalle mit drei Versuchen pro Intervall, mit jeweils einer Versuchs- und einer Kontrollgruppe). Daher hat die fertige EDF 18 Zeilen.
Erforderliche Spalten sind wie folgt:
- Spaltenname : Für dieses Beispiel jeweils Spaltenname Eintrag stellt einen einzigartigen experimentellen Versuch dar, wie „ unbehandelte_Kontrolle_12Std_1 “, was bedeutet, dass diese Reihe eine Kontrollgruppe darstellt, gemessen nach 12 Stunden, und die erste der drei Studien für diese Bedingungen ist.
- Beachten Sie, dass jeder Eintrag in dieser Spalte muss eine eindeutige Kennung sein. Jeder Eintrag muss mit dem Spaltennamen im Ausdrucksdatensatz übereinstimmen. Es wird verwendet, um die beiden Datensätze miteinander zu verbinden/zu verknüpfen.
- Array (oder Chip
Eine eindeutige Nummer für jedes Array/jede Gruppe. Für dieses Beispiel 1-18.
- Experimentelle Bedingungen : Spalte(n), die die experimentellen Bedingungen für jede Zeile/Array angeben. In diesem Beispiel gibt es zwei solcher Spalten. Man hätte die Zeit Bezeichnung für jedes Array: 12 Std., 24 Std. oder 48 Std. Das andere ( Eigenschaften ) würde jeden Array als eine mit Östrogen behandelte oder Kontrollgruppe kennzeichnen.
Zu den optionalen Spalten gehören:
- Datei : Wird benötigt, wenn das EDF verwendet wird, um eine Liste von Dateien aus einem Ordner zu importieren. Falls verwendet, enthält es den Dateinamen und die Erweiterung der zu importierenden Datei.
- Intensität : Erforderlich, um eine Liste von Dateien aus einem Ordner zu importieren. Diese Spalte enthält normalerweise die Spaltenüberschrift oder -bezeichnung für die Spalte, die die richtigen Ausdruckswerte enthält.
- Alle anderen sachdienlichen Informationen, die in das EDF aufzunehmen sind.
An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF). Ein Beispiel für eine fertige Experimental Design File (EDF).
Viele Möglichkeiten, ein EDF zu erstellen:
JMP verfügt über mehrere Tools, die bei der EDF-Erstellung helfen. Ein EDF kann aus einer Textdatei mit Trennzeichen oder aus Excel importiert werden. Es gibt auch Tools in JMP, die für die EDF-Erstellung nützlich sind. Auf diese Tools kann über die zugegriffen werden Genomik-Starter durch die Auswahl Importieren > Datei für experimentelles Design :
- Wählen Sie für dieses Beispiel Designdateivorlage erstellen . Dieses Tool erstellt eine EDF-Vorlage, indem es Rohdatendateien aus einem ausgewählten Ordner liest.
- Um die Rohdaten zu importieren, entpacken Sie zunächst die Datei E2_Ausdruck_Daten. Reißverschluss in einen einzigen leeren Ordner, Wählen den Ordner, in dem sie gespeichert sind Ordner mit Rohdatendateien Kasten.
- Wähle aus .txt als Dateiendung in der Dateifilterausdruck Dropdown-Menü.
- Präzisiere das Anzahl der Kanäle in jeder Datei . Die Ausgabedatei enthält eine eindeutige Zeile für jeden Kanal in jeder Datei. Hier gibt es in jeder Datei nur einen Kanal
- Im Neue Variablennamen für experimentelles Design Geben Sie die Namen der einzelnen experimentellen Gruppenvariablen in eine separate Zeile ein. In diesem Beispiel sind die Variablen Zeit (12, 24 oder 48 Stunden), Eigenschaften (mit Östrogen behandelt oder Kontrolle) und Gruppe (Wiederholungen 1-3 für jede Kombination von Bedingungen).
- Angeben e2_expression_edf als die Dateinamen , und bezeichnen die Ausgabeordner wo die EDF-Vorlage gespeichert wird.
- Sobald die Vorlage (unten) erstellt ist, muss sie mit experimentellen Zustandsinformationen ausgefüllt werden.
- Zum Ausfüllen der EDF-Vorlage werden wir verwenden Spaltenname erstellen : Dieses Tool ist nützlich, um mehrere Spalten zu verketten, die experimentelle Bedingungen angeben, um einen eindeutigen Satz von Einträgen für die erforderlichen zu erstellen Spaltenname Feld in einem EDF.
- Zu Beginn müssen wir zunächst die Spalten der experimentellen Bedingungen (Zeit, Merkmale, Gruppe) ausfüllen. Für die Zeit Variable, eingeben 12 Std , 24 Std , Und 48 Std jeweils in sechs aufeinanderfolgende Reihen. Geben Sie dazu den Wert in die erste Zelle ein und markieren Sie dann die verbleibenden Zellen zum Ausfüllen und Auswählen Füllen aus dem Rechtsklickmenü wie unten gezeigt.
- Als nächstes füllen Sie die aus Eigenschaften Und Gruppe Spalten, um dem experimentellen Design zu entsprechen, wie unten gezeigt.
- Sobald die experimentellen Bedingungen ausgefüllt sind und das Fenster mit der Tabelle mit den Spalten, die Sie kombinieren möchten, geöffnet und auf JMP fokussiert ist, wählen Sie aus Spaltenname erstellen von dem Genomik-Starter ( Importieren > Datei für experimentelles Design ).
- Wenn Spaltenname erstellen ausgewählt ist, wird ein Dialogfeld mit dem Titel Spalten auswählen öffnet. Wählen Sie hier die zu kombinierenden Spalten aus, die zum Auffüllen verwendet werden Spaltenname Überschrift im EEF.
- Wählen Eigenschaften , Zeit , Und Gruppe in dieser Reihenfolge und klicken Sie OK um die Spalten zu verketten.
- Das Ergebnis ist ein abgeschlossenes Spaltenname Spalte wie unten gezeigt.
- Der letzte Schritt ist das Ausfüllen der Intensität.Diese Spalte teilt JMP mit, welche Variable die in jede Textdatei zu importierenden Ausdrucksdaten enthält. In diesem Beispiel hat jede Textdatei keine Spaltennamen (die Daten beginnen in Zeile 1), und die Ausdrucksdaten befinden sich in Spalte 2, also geben Sie ein Var2 in der Intensitätsspalte und verwenden Sie die Füllen Werkzeug, um alle 18 Zeilen zu füllen. Das fertige EDF sieht so aus:
Zusammenfassung
Vor der Expressionsanalyse in JMP Genomics muss eine experimentelle Designdatei erstellt werden. Das EDF enthält experimentelle Bedingungen, Probenkommentare und/oder Phänotypdaten für einen verwandten Expressionsdatensatz. Es gibt mehrere Möglichkeiten, diese Datei zu erstellen. Die beste der oben beschriebenen Methoden hängt vollständig von der Organisation Ihrer Daten ab. Die oben genannten Tools wurden entwickelt, um das Erstellen Ihres EDF für jede Art von Ausdrucksanalyse, die Sie planen, einfach und effektiv zu gestalten. Mit diesem fertigen EDF können wir nun jede dieser .txt-Dateien in einen großen Datensatz importieren, der zur Durchführung einer Ausdrucksanalyse in JMP verwendet werden kann.
Um eine Expressionsanalyse in JMP Genomics durchzuführen, an Datei für experimentelles Design (EDF) erforderlich.Die EDF enthält Probenanmerkungsinformationen und/oder Phänotypinformationen für einen verwandten Expressionsdatensatz. Es gibt verschiedene Möglichkeiten, diese Datei zu erstellen, aber die beste Methode zum Erstellen eines EDF hängt davon ab, wie Ihre Daten organisiert sind. Für diesen Leitfaden erstellen wir ein EDF für eine Reihe von Datendateien, die wir dann verwenden, um jede der Dateien in JMP zu importieren. Die Daten befassen sich mit Genexpressionsniveaus als Reaktion auf eine Östrogenbehandlung während eines Zeitverlaufsexperiments.
Eine fertige EDF besteht typischerweise aus Zeilen, die jede Probe oder Versuchsgruppe darstellen, und aus Spalten, die die Eigenschaften und Versuchsbedingungen jeder Reihe enthalten. Für dieses Experiment gibt es 18 Versuchsgruppen (drei Zeitintervalle mit drei Versuchen pro Intervall, mit jeweils einer Versuchs- und einer Kontrollgruppe). Daher hat die fertige EDF 18 Zeilen.
