使用 JMP Genomics 進行表達分析，第 1 部分：實驗設計進行表達分析JMP 基因組學， 一個實驗設計文件 (EDF)是必須的。EDF 包含相關表達數據集的樣本註釋信息和/或表型信息。 有幾種不同的方法可以創建此文件，但創建 EDF 的最佳方法取決於數據的組織方式。 在本指南中，我們為一系列數據文件創建了一個 EDF，然後我們使用它來將每個文件導入 JMP。 這些數據涉及時程實驗期間響應雌激素治療的基因表達水平。
完整的 EDF 通常包含代表每個樣本或實驗組的行，以及包含每行的特徵和實驗條件的列。 對於這個實驗，有 18 個實驗組（三個時間間隔，每個間隔進行三個試驗，每個試驗組和對照組）。 因此，完成的 EDF 有 18 行。
必填列如下：
- 列名：對於這個例子，每個列名條目代表一個獨特的實驗試驗，例如“ untreated_control_12hr_1 ”意味著這一行代表一個對照組，在 12 小時時測量，並且是針對這些條件的三個試驗中的第一個。
- 請注意，此列中的每個條目必須是一個唯一的標識符。 每個條目必須與表達式數據集中的列名相匹配。 它用於將兩個數據集連接/鏈接在一起。
- 大批（或者芯片
每個數組/組的唯一編號。 對於此示例，1-18。
- 實驗條件：表示每行/陣列的實驗條件的列。 在此示例中，有兩個這樣的列。 一個人會有時間每個陣列的名稱：12 小時、24 小時或 48 小時。 另一個 （特徵) 會將每個陣列標記為雌激素處理組或對照組。
可選列包括：
- 文件：如果 EDF 將用於從文件夾導入文件列表，則需要。 如果使用，它包含要導入的文件的文件名和擴展名。
- 強度：需要從文件夾導入文件列表。 此列通常包含包含正確表達式值的列的列標題或標籤。
- EDF 中包含的任何其他相關信息。
An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).完整實驗設計文件 (EDF) 的示例。
創建 EDF 的多種方法：
JMP 有多種工具可幫助創建 EDF。 EDF 可以從帶分隔符的文本文件或 Excel 中導入。 JMP 中還有一些工具可用於創建 EDF。 這些工具可以從基因組學入門通過選擇導入 > 實驗設計文件:
- 對於這個例子，選擇創建設計文件模板. 該工具通過從選定文件夾中讀取原始數據文件來製作 EDF 模板。
- 要導入原始數據，請先解壓縮文件E2_Expression_Data。壓縮到一個空文件夾，選擇它們存儲在的文件夾中原始數據文件的文件夾盒子。
- 選擇。TXT作為文件擴展名文件過濾器表達式下拉式菜單。
- 指定每個文件中的通道數. 輸出文件包含每個文件中每個通道的唯一行。 這裡每個文件只有一個通道
- 在裡面實驗設計的新變量名稱框，在單獨的行中鍵入每個實驗組變量的名稱。 在這個例子中，變量是時間（12、24 或 48 小時），特徵（雌激素治療或控制），和團體（每個條件組合重複 1-3 次）。
- 指定e2_expression_edf作為文件名，並指定導出目錄存儲 EDF 模板的位置。
- 創建模板（如下）後，必須填寫實驗條件信息。
- 要填寫我們將使用的 EDF 模板創建列名：此工具可用於連接指定實驗條件的多個列，以便為所需的創建一組唯一的條目列名EDF 中的字段。
- 首先，我們必須先填寫實驗條件欄（時間、特徵、組）。 為了時間變量，輸入12小時, 24小時， 和48小時每行分成六個連續的行。 這可以通過在第一個單元格中輸入值然後突出顯示要填充的剩餘單元格並選擇來完成充滿從右鍵單擊菜單中，如下所示。
- 接下來，填寫特徵和團體列以匹配實驗設計，如下所示。
- 填寫實驗條件後，包含包含您希望合併的列的表格的窗口打開並聚焦在 JMP 上，選擇創建列名來自基因組學入門(導入 > 實驗設計文件).
- 什麼時候創建列名被選中，一個對話框標題為選擇列打開。 在這裡，選擇要合併的列，這些列將用於填充列名在 EDF 中標題。
- 選擇特徵,時間， 和團體按此順序並單擊好的連接列。
- 結果是一個完成列名列如下所示。
- 最後一步是填寫強度。此列告訴 JMP 哪個變量包含要在每個文本文件中導入的表達式數據。 對於這個例子，每個文本文件沒有列名（數據從第 1 行開始），表達式數據在第 2 列，所以輸入變量2在強度列中並使用充滿工具來填充所有 18 行。 完成的 EDF 如下所示：
概括
在 JMP Genomics 中執行表達分析之前，必須創建一個實驗設計文件。 EDF 包含相關表達數據集的實驗條件、樣本註釋和/或表型數據。 有幾種方法可以創建此文件。 上述方法中最好的方法完全取決於您的數據組織。 上述工具旨在讓您輕鬆有效地創建 EDF，以用於您計劃進行的任何類型的表達式分析。 使用這個完整的 EDF，我們現在可以將這些 .txt 文件中的每一個導入到一個大型數據集中，該數據集可用於在 JMP 中執行表達式分析。
要在 JMP Genomics 中執行表達分析，實驗設計文件 (EDF)是必須的。EDF 包含相關表達數據集的樣本註釋信息和/或表型信息。 有幾種不同的方法可以創建此文件，但創建 EDF 的最佳方法取決於數據的組織方式。 在本指南中，我們為一系列數據文件創建了一個 EDF，然後我們使用它來將每個文件導入 JMP。 這些數據涉及時程實驗期間響應雌激素治療的基因表達水平。
完整的 EDF 通常包含代表每個樣本或實驗組的行，以及包含每行的特徵和實驗條件的列。 對於這個實驗，有 18 個實驗組（三個時間間隔，每個間隔進行三個試驗，每個試驗組和對照組）。 因此，完成的 EDF 有 18 行。
