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JMP Genomics による発現解析、パート 1: 実験計画

で発現解析を実行するにはJMPゲノミクス、実験計画ファイル (EDF)必要とされている。EDF には、関連する発現データ セットのサンプル アノテーション情報および/または表現型情報が含まれています。 このファイルを作成する方法はいくつかありますが、EDF を作成する最適な方法は、データの編成方法によって異なります。 このガイドでは、一連のデータ ファイルの EDF を作成し、それを使用して各ファイルを JMP にインポートします。 データは、経時変化実験中のエストロゲン治療に応答した遺伝子発現レベルを扱います。

完成した EDF は通常、各サンプルまたは実験グループを表す行と、各行の特性と実験条件を含む列で構成されます。 この実験では、18 の実験グループがあります (3 つの時間間隔、間隔ごとに 3 つの試行があり、それぞれに実験グループと対照グループの両方があります)。 したがって、完成した EDF には 18 行あります。

必要な列は次のとおりです。

1. 列名: この例では、それぞれ列名エントリは、「未処理_コントロール_12hr_1 」は、この行が 12 時間で測定された対照群を表し、これらの条件の 3 つの試行の最初の行であることを意味します。  
   • この列の各エントリに注意してくださいしなければならない一意の識別子になります。 各エントリは、式データ セット内の列名と一致する必要があります。 2 つのデータ セットを接続/リンクするために使用されます。
2. 配列（またチップ各アレイ/グループの一意の番号。 この例では、1 ～ 18 です。
3. 実験条件: 各行/配列の実験条件を示す列。 この例では、そのような列が 2 つあります。 1つは時間各配列の指定: 12 時間、24 時間、または 48 時間。 その他（特徴) は、各アレイにエストロゲン処理グループまたはコントロール グループとしてラベルを付けます。

オプションの列は次のとおりです。

1. ファイル: EDF を使用してフォルダーからファイルのリストをインポートする場合に必要です。 使用する場合は、インポートするファイルのファイル名と拡張子が含まれます。
2. 強度: フォルダからファイルのリストをインポートするために必要です。 通常、この列には、適切な式の値を含む列の列ヘッダーまたはラベルが含まれます。
3. EDF に含まれるその他の関連情報。An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).完成した実験計画ファイル (EDF) の例。

EDF を作成する多くの方法:

JMP には、EDF の作成に役立つ複数のツールがあります。 EDF は、区切りテキスト ファイルまたは Excel からインポートできます。 EDF の作成に役立つ JMP のツールもあります。 これらのツールには、ゲノミクススターター選択することでインポート > 実験計画ファイル:

1. この例では、デザイン ファイル テンプレートの作成. このツールは、選択したフォルダーから生データ ファイルを読み取って EDF テンプレートを作成します。
   1. 生データをインポートするには、まずファイルを解凍しますE2_式_データ。ジップ単一の空のフォルダーに、選ぶそれらが保存されているフォルダー生データファイルのフォルダ箱。
   2. を選択。TXTのファイル拡張子としてファイル フィルタ式ドロップダウンメニュー。
   3. 指定する各ファイルのチャンネル数. 出力ファイルには、各ファイル内のチャネルごとに一意の行が含まれています。 ここでは、各ファイルに 1 つのチャネルしかありません
   4. の中に実験計画の新しい変数名ボックスに、各実験グループ変数の名前を別の行に入力します。 この例では、変数は時間(12、24、または 48 時間)、特徴(エストロゲン処理またはコントロール)、およびグループ(条件の組み合わせごとに 1 ～ 3 を繰り返します)。
   5. 特定e2_expression_edfとしてファイル名を指定し、出力フォルダEDF テンプレートが保存される場所。
   6. テンプレート (下記) が作成されたら、実験条件情報を入力する必要があります。

 

2. EDF テンプレートに記入するために使用します列名を作成: このツールは、実験条件を指定する複数の列を連結して、必要なエントリの一意のセットを作成するのに役立ちます。列名EDF のフィールド。
   1. まず、実験条件の列 (時間、特性、グループ) を入力する必要があります。 のために時間変数、入力12時間、 24時間、 と48時間6 つの連続する行にそれぞれ。 これを行うには、最初のセルに値を入力し、残りのセルを強調表示して入力し、塗りつぶし以下に示すように、右クリックメニューから。
   2. 次に、特徴とグループ以下に示すように、列を実験計画に一致させます。
   3. 実験条件が入力され、結合したい列を含むテーブルを含むウィンドウが開き、JMP にフォーカスが移ったら、列名を作成からゲノミクススターター(インポート > 実験計画ファイル）。
   4. いつ列名を作成というタイトルのダイアログ ボックスが表示されます。列を選択開きます。 ここで、結合する列を選択して、列名EDFの見出し。
      • 選択する特徴、時間、 とグループをクリックします。 OK列を連結します。
      • 結果は完成です列名下図のような列。
   5. 最後のステップは、強度。この列は、各テキスト ファイルにインポートする式データを含む変数を JMP に示します。 この例では、各テキスト ファイルには列名がなく (データは 1 行目から始まります)、式データは列 2 にあるため、次のように入力します。 Var2強度列で、塗りつぶしツールを使用して、18 行すべてを埋めます。 完成した EDF は次のようになります。

まとめ

JMP Genomics で発現解析を行う前に、Experimental Design File を作成する必要があります。 EDF には、実験条件、サンプル アノテーション、および/または関連する発現データ セットの表現型データが含まれています。 このファイルを作成するには、いくつかの方法があります。 上記で概説した最適な方法は、データの構成に完全に依存します。 上記のツールは、EDF を簡単かつ効果的に作成できるように設計されており、あらゆる種類の発現解析を行う予定です。 この完成した EDF を使用して、これらの .txt ファイルのそれぞれを 1 つの大きなデータ セットにインポートし、JMP で発現解析を実行するために使用できます。

JMP Genomics で発現解析を実行するには、実験計画ファイル (EDF)必要とされている。EDF には、関連する発現データ セットのサンプル アノテーション情報および/または表現型情報が含まれています。 このファイルを作成する方法はいくつかありますが、EDF を作成する最適な方法は、データの編成方法によって異なります。 このガイドでは、一連のデータ ファイルの EDF を作成し、それを使用して各ファイルを JMP にインポートします。 データは、経時変化実験中のエストロゲン治療に応答した遺伝子発現レベルを扱います。

完成した EDF は通常、各サンプルまたは実験グループを表す行と、各行の特性と実験条件を含む列で構成されます。 この実験では、18 の実験グループがあります (3 つの時間間隔、間隔ごとに 3 つの試行があり、それぞれに実験グループと対照グループの両方があります)。 したがって、完成した EDF には 18 行あります。