Pour effectuer une analyse d'expression dans Génomique JMP , un Dossier de Conception Expérimentale (EDF) est requis.L'EDF contient des informations d'annotation d'échantillon et/ou des informations de phénotype pour un ensemble de données d'expression associé. Il existe plusieurs façons de créer ce fichier, mais la meilleure méthode pour créer un EDF dépend de la façon dont vos données sont organisées. Pour ce guide, nous créons un EDF pour une série de fichiers de données, que nous utilisons ensuite pour importer chacun des fichiers dans JMP. Les données traitent des niveaux d'expression génique en réponse à un traitement aux œstrogènes au cours d'une expérience au cours du temps.
Un FED complet se compose généralement de lignes représentant chaque échantillon ou groupe expérimental, et de colonnes contenant les caractéristiques et les conditions expérimentales de chaque ligne. Pour cette expérience, il y a 18 groupes expérimentaux (trois intervalles de temps, avec trois essais par intervalle, avec à la fois un groupe expérimental et un groupe témoin pour chacun). Par conséquent, l'EDF complété a 18 lignes.
Les colonnes obligatoires sont les suivantes :
- Nom de colonne : Pour cet exemple, chaque Nom de colonne l'entrée représente un essai expérimental unique tel que " contrôle_non traité_12hr_1 ” ce qui signifie que cette ligne représente un groupe témoin, mesuré à 12 heures, et est le premier des trois essais pour ces conditions.
- Notez que chaque entrée dans cette colonne devoir être un identifiant unique. Chaque entrée doit correspondre au nom de la colonne dans l'ensemble de données d'expression. Il est utilisé pour connecter/lier les deux ensembles de données ensemble.
- Déployer (ou Ébrécher
Un numéro unique pour chaque tableau/groupe. Pour cet exemple, 1-18.
- Conditions expérimentales : Colonne(s) indiquant les conditions expérimentales pour chaque ligne/tableau. Dans cet exemple, il y a deux colonnes de ce type. On aurait le Temps désignation pour chaque tableau : 12 heures, 24 heures ou 48 heures. L'autre ( Caractéristiques ) marquerait chaque matrice comme un groupe traité ou un groupe témoin aux œstrogènes.
Les colonnes facultatives incluent :
- Déposer : Nécessaire si l'EDF sera utilisé pour importer une liste de fichiers à partir d'un dossier. S'il est utilisé, il contient le nom de fichier et l'extension du fichier à importer.
- Intensité : Nécessaire pour importer une liste de fichiers à partir d'un dossier. Cette colonne contient généralement l'en-tête de colonne ou l'étiquette de la colonne qui contient les valeurs d'expression appropriées.
- Toute autre information pertinente à inclure dans le FED.
An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF).An example of a completed Experimental Design File (EDF). Un exemple de dossier de conception expérimentale (EDF) rempli.
Plusieurs façons de créer un EDF :
JMP dispose de plusieurs outils d'aide à la création d'EDF. Un EDF peut être importé depuis un fichier texte délimité ou depuis excel. Il existe également des outils dans JMP qui sont utiles pour la création d'EDF. Ces outils sont accessibles depuis le Initiation à la génomique en sélectionnant Importer > Fichier de conception expérimentale :
- Pour cet exemple, choisissez Créer un modèle de fichier de conception . Cet outil crée un modèle EDF en lisant des fichiers de données brutes à partir d'un dossier sélectionné.
- Pour importer les données brutes, décompressez d'abord le fichier E2_Expression_Data. zipper dans un seul dossier vide, Choisir le dossier dans lequel ils sont stockés dans le Dossier des fichiers de données brutes boîte.
- Sélectionnez le .SMS comme extension de fichier dans le Expression de filtre de fichier menu déroulant.
- Spécifie le Nombre de canaux dans chaque fichier . Le fichier de sortie contient une ligne unique pour chaque canal dans chaque fichier. Ici, il n'y a qu'un seul canal dans chaque fichier
- Dans le Nouveaux noms de variables pour la conception expérimentale , saisissez les noms de chacune des variables du groupe expérimental sur une ligne distincte. Dans cet exemple, les variables sont Temps (12, 24 ou 48 heures), Caractéristiques (traité aux œstrogènes ou témoin), et Groupe (répétitions 1-3 pour chaque combinaison de conditions).
- Spécifier e2_expression_edf comme le Nom de fichier , et désignez le Dossier de sortie où le modèle EDF sera stocké.
- Une fois le modèle (ci-dessous) créé, il doit être rempli avec des informations sur les conditions expérimentales.
- Pour remplir le modèle EDF, nous utiliserons Créer un nom de colonne : Cet outil est utile pour concaténer plusieurs colonnes spécifiant les conditions expérimentales afin de créer un ensemble unique d'entrées pour les Nom de colonne terrain dans un FED.
- Pour commencer, nous devons d'abord remplir les colonnes des conditions expérimentales (Temps, Caractéristiques, Groupe). Pour le Temps variables, entrez 12h , 24h , et 48h en six rangées consécutives chacune. Cela peut être fait en entrant la valeur dans la première cellule, puis en mettant en surbrillance les cellules restantes à remplir et en sélectionnant Remplir dans le menu contextuel, comme illustré ci-dessous.
- Ensuite, remplissez le Caractéristiques et Groupe colonnes pour correspondre à la conception expérimentale comme indiqué ci-dessous.
- Une fois les conditions expérimentales renseignées et la fenêtre contenant le tableau avec les colonnes que vous souhaitez combiner ouverte et en focus sur JMP, sélectionnez Créer un nom de colonne du Initiation à la génomique ( Importer > Fichier de conception expérimentale ).
- Quand Créer un nom de colonne est sélectionné, une boîte de dialogue intitulée Sélectionnez les colonnes s'ouvre. Ici, sélectionnez les colonnes à combiner qui seront utilisées pour remplir le Nom de colonne rubrique du FED.
- Sélectionner Caractéristiques , Temps , et Groupe dans cet ordre et cliquez sur D'ACCORD pour concaténer les colonnes.
- Le résultat est terminé Nom de colonne colonne comme indiqué ci-dessous.
- La dernière étape consiste à remplir le Intensité.Cette colonne indique à JMP quelle variable contient les données d'expression à importer dans chaque fichier texte. Pour cet exemple, chaque fichier texte n'a pas de noms de colonne (les données commencent à la ligne 1) et les données d'expression sont dans la colonne 2, alors entrez Var2 dans la colonne d'intensité et utilisez le Remplir outil pour remplir les 18 lignes. L'EDF terminé ressemble à ceci :
Résumé
Avant d'effectuer une analyse d'expression dans JMP Genomics, un fichier de conception expérimentale doit être créé. L'EDF contient des conditions expérimentales, des annotations d'échantillons et/ou des données de phénotype pour un ensemble de données d'expression connexe. Il existe plusieurs façons de créer ce fichier. La meilleure méthode parmi celles décrites ci-dessus dépend entièrement de l'organisation de vos données. Les outils ci-dessus sont conçus pour rendre la création de votre EDF simple et efficace pour tout type d'analyse d'expression que vous envisagez de faire. À l'aide de cet EDF terminé, nous pouvons désormais importer chacun de ces fichiers .txt dans un grand ensemble de données pouvant être utilisé pour effectuer une analyse d'expression dans JMP.
Pour effectuer une analyse d'expression dans JMP Genomics, un Dossier de Conception Expérimentale (EDF) est requis.L'EDF contient des informations d'annotation d'échantillon et/ou des informations de phénotype pour un ensemble de données d'expression associé. Il existe plusieurs façons de créer ce fichier, mais la meilleure méthode pour créer un EDF dépend de la façon dont vos données sont organisées. Pour ce guide, nous créons un EDF pour une série de fichiers de données, que nous utilisons ensuite pour importer chacun des fichiers dans JMP. Les données traitent des niveaux d'expression génique en réponse à un traitement aux œstrogènes au cours d'une expérience au cours du temps.
Un FED complet se compose généralement de lignes représentant chaque échantillon ou groupe expérimental, et de colonnes contenant les caractéristiques et les conditions expérimentales de chaque ligne. Pour cette expérience, il y a 18 groupes expérimentaux (trois intervalles de temps, avec trois essais par intervalle, avec à la fois un groupe expérimental et un groupe témoin pour chacun). Par conséquent, l'EDF complété a 18 lignes.
