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Analyse d'expression avec JMP Genomics

Génomique JMP est un outil spécialisé mais large pour l'analyse des données génétiques, génomiques et autres données "-omiques".

Qu'il s'agisse d'analyse d'expression, de GWAS, de modélisation prédictive ou de sélection végétale, JMP Genomics dispose d'un outil pour répondre à ce besoin.

La deuxième série d'articles de blog de notre série traite des données d'expression. Nous importons des données à partir d'un fichier texte, créons un fichier de conception expérimentale décrivant les détails de l'expérience et effectuons une analyse d'expression.

Chaque épisode de la série est accessible ci-dessous dès qu'il est disponible. La première série portait sur Association génétique avec JMP Genomics .

 

Aperçu de la série

Concevoir

1. Analyse d'expression avec JMP Genomics, partie 1 : conception expérimentale

Importer

2. Analyse d'expression avec JMP Genomics, partie 2 : Importation de données d'expression à partir de fichiers texte

Analyse des expressions

3. Analyse d'expression avec JMP Genomics, partie 3 : flux de travail d'expression de base
   1. Contrôle de qualité
   2. Normalisation
   3. Analyse/Modèle

JMP Genomics est un outil spécialisé mais étendu pour l'analyse des données génétiques, génomiques et autres données "-omiques".

Qu'il s'agisse d'analyse d'expression, de GWAS, de modélisation prédictive ou de sélection végétale, JMP Genomics dispose d'un outil pour répondre à ce besoin.

Re : Analyse de l'expression avec JMP Genomics

Salut @irinastl ,

 

JMP Genomics ne s'exécute pas en mode natif sur MacOS, car JMP Genomics utilise SAS en arrière-plan pour traiter et analyser les données d'expression et de génotype. SAS (Desktop SAS/Analytics Pro) ne peut pas être installé sur MacOS car il n'a jamais été développé pour ce système d'exploitation et en raison de cette contrainte et de cette dépendance, il ne fonctionnera jamais en natif sur Mac.

 

On peut utiliser un logiciel Virtual Desktop comme VMWare ou Parallels pour exécuter un système d'exploitation Windows sur Mac et installer JMP Genomics. Une autre alternative consiste à utiliser Bootcamp sur Mac et à installer un système d'exploitation Windows pour qu'il s'exécute de manière native sur le matériel.Une troisième option consiste à l'installer sur un serveur distant (comme AWS, Citrix ou Windows Server OS) et à l'y installer avec un accès à distance.

 

J'espère que cela aide à expliquer pourquoi.

 

Meilleur,

Re : Analyse de l'expression avec JMP Genomics

Pourquoi JMPG n'est toujours pas disponible pour les MAC ?