层次聚类热图的单一图例你好，
预先感谢您的支持！
我正在分层集群中使用“双向集群”制作热图。 当我将图例添加到图中时，它会为我每列提供一个图例。 我希望整个热图只有一个图例（颜色代码）。 我很感谢你对此的指导。
沙赫拉姆
回复：层次聚类热图的单一图例你好，这个问题解决了吗？ 我有同样的问题，但在帖子中找不到解决方案。
干杯，
安德烈亚斯
回复：层次聚类热图的单一图例感谢您的回复。 抱歉造成混淆，我指的是您分享的期刊中的折叠变化图表。
您基本上已经有了标准化数据。 标准化数据采用每个 Y（列）并减去列平均值并除以列标准差（请参见下面的链接）。
http://www.jmp.com/support/help/13-2/Transformations_to_Y_Columns_Variables.shtml
由于您已将 RNA-seq 结果标准化为相同的单位，因此一定要取消选中标准化数据，因为它们对于每个基因（Y 列）的每个样本都具有相同的尺度（含义）。 我猜测标准化 FPKM 值也经过 log2 转换？ 然后，您将在量表上分别显示过度和不足代表的基因为阳性和阴性
我希望这有帮助。
克里斯。
回复：层次聚类热图的单一图例谢谢克里斯
用于制作图表的数据是 RNA-seq 结果。 有两个实验条件（FG 和 SG），即两个水平簇。 有两个主要的垂直簇，每个簇由 30 个基因组成（极度上调和下调）。 每个细胞应包含一个个体/样本中每个基因的表达水平（这里有 10 个样本：5 FG + 5 SG）。 细胞内容/表达均在 FPKM 中，这已经是标准化的表达水平，可以跨基因和样本进行比较。 因此，我猜所有单元格的单位都是相同的。 但是，我不明白我们如何将“折叠更改”放入这些单元格中。 据我所知，倍数变化是通过比较两个事物来计算的。 我不确定如何计算一个样本中一个基因表达的倍数变化。
回复：层次聚类热图的单一图例你好，
快速记录一下发布的这张图片。 使用的数据已经标准化（倍数变化），因此可能是通过关闭标准化数据来制作的。用于“Y”并且现在位于热图顶部（或底部）的所有列都具有相同的测量单位并表示相同的事物（倍数变化），因此它们可以直接比较。
您是否有类似的东西，其中每列都具有相同的单位和测量范围？
克里斯
回复：层次聚类热图的单一图例感谢大家的支持！
我附上了两个数字（标准化和非标准化）以查看它们之间的差异。
我使用的是 JMP 13.2.1（32 位）。
杰夫，确实如此。 每个图例是每列的颜色代码。 所以如果我想要一个标准化的数字，我就无法得到一个图例。
也许，我只是将标准化热图与非标准化热图的图例一起使用。 在这种情况下，我将得到我想要的带有单个图例的图形，其中包含颜色代码的整个范围。 虽然这可能看起来不专业，但我认为这就是人们所做的！
谢谢。
回复：层次聚类热图的单一图例感谢大家的支持！
我附上了两张图片（标准化和非标准化）以查看差异。
我使用的是 JMP 13.2.1（32 位）。
杰夫，
确实，每个图例都是每列的有意义的颜色代码。
也许我只是将非标准化图形的图例与标准化图形本身一起使用。
在这种情况下，我得到了我想要的图形以及一个指示所有单元格颜色的图例。
回复：层次聚类热图的单一图例谢谢，吉姆。 我会把这归咎于周一早上我脑子里的迷雾。 
是的，如果我在“聚类”启动对话框中打开“标准化数据”并获得颜色图和图例，那么我会通过谷物数据获得此信息。
@shnias83 ，请注意，我必须有多个图例，因为每列的颜色意味着不同的内容，因为数据已经标准化。 您说您想要标准化，因为它为您提供了所需的分析和可视化。 由于每列的颜色具有不同的值，您会使用什么图例？
回复：层次聚类热图的单一图例杰夫，
要查看多个图例，请使用上面包含的脚本，使用果蝇老化距离数据，但删除删除多个图例的 For 循环。
吉姆
回复：层次聚类热图的单一图例您使用什么版本的 JMP？
我很难想象你得到的多个图例。
你能分享一张你得到的东西的图片吗？
如果没有，您能否使用示例数据集之一重现这种情况（帮助->样本数据并搜索“集群”）？
这是我可以从谷物数据中获得的信息。
回复：层次聚类热图的单一图例谢谢吉姆
我附上了一张使用 JMP 的论文中的图。 如果可能的话，我想复制这一点。
回复：层次聚类热图的单一图例将数据处理为距离矩阵，也会产生常见的图例。正在显示多个图例，因为每列都有不同的范围，因此有一个单独的图例。如果您只想删除除一个之外的所有图例，下面的代码将说明如何做到这一点......但我不确定这就是您想要做的。
Names Default To Here( 1 );
dt = Open( "$SAMPLE_DATA\Drosophila Aging Distances.jmp" );
hc = Hierarchical Cluster(
Y(
:ORE_FEMALE_WK1_1,
:ORE_FEMALE_WK1_2,
:ORE_FEMALE_WK1_11,
:ORE_FEMALE_WK1_12,
:ORE_FEMALE_WK1_21,
:ORE_FEMALE_WK1_24,
:ORE_FEMALE_WK6_1,
:ORE_FEMALE_WK6_2,
:ORE_FEMALE_WK6_11,
:ORE_FEMALE_WK6_12,
:ORE_FEMALE_WK6_21,
:ORE_FEMALE_WK6_24,
:ORE_MALE_WK1_3,
:ORE_MALE_WK1_4,
:ORE_MALE_WK1_9,
:ORE_MALE_WK1_10,
:ORE_MALE_WK1_19,
:ORE_MALE_WK1_20,
:ORE_MALE_WK6_3,
:ORE_MALE_WK6_4,
:ORE_MALE_WK6_9,
:ORE_MALE_WK6_10,
:ORE_MALE_WK6_19,
:ORE_MALE_WK6_20,
:SAM_FEMALE_WK1_7,
:SAM_FEMALE_WK1_8,
:SAM_FEMALE_WK1_15,
:SAM_FEMALE_WK1_16,
:SAM_FEMALE_WK1_22,
:SAM_FEMALE_WK1_23,
:SAM_FEMALE_WK6_7,
:SAM_FEMALE_WK6_8,
:SAM_FEMALE_WK6_15,
:SAM_FEMALE_WK6_16,
:SAM_FEMALE_WK6_22,
:SAM_FEMALE_WK6_23,
:SAM_MALE_WK1_5,
:SAM_MALE_WK1_6,
:SAM_MALE_WK1_13,
:SAM_MALE_WK1_14,
:SAM_MALE_WK1_17,
:SAM_MALE_WK1_18,
:SAM_MALE_WK6_5,
:SAM_MALE_WK6_6,
:SAM_MALE_WK6_13,
:SAM_MALE_WK6_14,
:SAM_MALE_WK6_17,
:SAM_MALE_WK6_18
),
Label( :Observation ID ),
Method( "Ward" ),
Standardize Data( 1 ),
Legend( 1 ),
Dendrogram Scale( "Distance Scale" ),
Number of Clusters( 5 ),
Color Map( "Blue to Gray to Red" ),
SendToReport( Dispatch( {}, "Dendrogram", OutlineBox, {SetHorizontal( 1 )} ) )
);
For( i = 48, i > 1, i--,
Report( hc )[Table Box( i )] << delete
);
回复：层次聚类热图的单一图例对，那是正确的。
但是，取消选择“标准化数据”将更改混乱模式和列顺序。 所以我会得到一个不同的热图，它不能清楚地传达我的信息。
回复：层次聚类热图的单一图例如果取消选择“标准化数据”，图例将仅显示 1 个副本
回复：层次聚类热图的单一图例谢谢回复。
不过我没有使用单元格图。
由于我想要与树状图相结合的热图，因此我通过以下方式进行聚类分析：Alnalyze > Clustering > Hierarchical cluster。
聚类对话框中没有“均匀缩放”这样的选项。
回复：层次聚类热图的单一图例如果在“单元格图”对话框中选中“均匀缩放”复选框，则选择它时只会得到一个图例。
回复：层次聚类热图的单一图例@Jeff_Perkinson上面的集群中的下图显示了什么。我找不到解释。
提前致谢。
回复：层次聚类热图的单一图例嗨，克里斯，
我有一个后续问题。如果我已经知道聚类结果，比如说，使用其他聚类方法。
我可以在 JMP 中生成双向聚类图吗？
我猜想这将是一个简化版本，树不会分解到每一列/行，而是分成几簇。
如果您对此有什么快速建议，请告诉我？
非常感谢。
问候
卡罗琳
