Associazione genetica con JMP Genomics, parte 6: Associazione dei tratti SNPGenomica JMP ha una serie di strumenti per associare varianti genetiche a tratti. Uno dei più semplici di questi strumenti è Associazione dei tratti SNP . Eseguendo questa analisi, è possibile identificare rapidamente marcatori significativi per più tratti categorici o quantificabili. In questo esempio, esploriamo circa 22.000 marcatori di sarcomi istiocitici (tumori) in un campione di 474 bovari del bernese. La classificazione fenotipica di questi dati è binaria (affetti o non affetti ), Ma tieni presente che questa guida funziona sia per tratti continui che per tratti multipli.
- Dal Inizio della genomica Selezionare Genetica > Test GWAS > Associazione dei tratti SNP .
- Nel Genere al scheda, selezionare GPL15578_geno_num. sas7bdat come il Inserisci il set di dati SAS .
- Nella casella etichettata Specifica in stile elenco delle variabili SNP , digitare "SNP:" per designare tutte le colonne che iniziano con "SNP" come colonne marcatore.
- Dal Variabili disponibili box, sposta il fenotipo nella casella Casella delle variabili dei tratti .
- IL Per variabili la casella può essere lasciata vuota.
- Quando le variabili vengono inserite nel file Per variabili casella, verrà eseguita un'analisi separata per ciascuna voce univoca per quella variabile.
- Specificare un Cartella di output .
- Nel Variabili del modello scheda, seleziona Binario come file Tipo di tratto . Ricorda, i dati fenotipici per questo tratto consistono solo di individui affetti e non affetti.
- Dall'elenco di Variabili disponibili , seleziona origine e spostalo in Variabili di classe
- Classe Variabili sono variabili i cui livelli formano categorie distinte nel modello. La variabile origine, in questo caso, ha livelli distinti per il paese di origine da cui proviene ciascun campione.
- Nel Effetti fissi casella, digitare "origine" per impostare la variabile come effetto fisso.
- Qui puoi designare manualmente Fisso, Casuale, E Effetti di interazione , così come Opzioni avanzate del modello a effetti casuali.
- Variabili degli strati sono selezionati per eseguire un'analisi stratificata su un tratto binario. Per questo esempio, lascialo vuoto.
- Nel Annotazione scheda, selezionare GPL15578_anno. sas7bdat come il Set di dati SAS di annotazione .
- Questo set di dati contiene informazioni di annotazione per ciascun marcatore, come cromosoma e posizione.
- Imposta SNP_rec_ID come Annotazione Etichetta variabile . Le voci in questa colonna verranno abbinate agli ID SNP nel file Inserisci il set di dati SAS.
- Seleziona Chr come Variabile del gruppo di annotazioni . Questa variabile separerà i risultati in diversi gruppi, cromosomi in questo caso.
- Seleziona Posizione come Anno Variabile posizione tazione .
- Nel Opzioni scheda, selezionare Genotipi numerici come Formato delle variabili SNP
- Per questi genotipi numerici:
0 = Omozigote per l'allele maggiore
1 = Eterozigote
2 = Omozigote per l'allele minore
- Pertanto, seleziona Omozigote per l'allele minore come Genotipo da codificare come 2 per il Trend Test
- Nel Prove di associazione casella, selezionare Tendenza. Se si seleziona Genotipo, JMP eseguirà un test chi quadrato di Pearson basato sui genotipi per determinare i marcatori di interesse.Poiché ciò aumenta il tempo di elaborazione, lasciarlo deselezionato per questo esempio.
- Seleziona la casella accanto a Calcola i rapporti di probabilità di tendenza . Ciò è utile per i tratti binari o categoriali.
- IL Produzione La scheda contiene opzioni per aggiungere analisi ai risultati. Le opzioni includono l'output di residui, statistiche di idoneità del modello e statistiche R-quadrato. Al contrario, l’output può essere rimosso, ad esempio includendo nei risultati solo marcatori con valori p significativi.
- Per l'output in questo esempio, lasciare selezionate le caselle predefinite. Sentiti libero di sperimentare selezionando le caselle e osservando le modifiche risultanti.
- Nel Grafici del valore P scheda, mantieni -log10 come file Conversione per valori P
- Per il Correzione di test multipli opzione, selezionare FDR.
- Quando si eseguono più test sulla stessa ipotesi, FDR, o tasso di false scoperte, ridurrà il numero di falsi positivi.
- Se desideri un Regolazione del valore p , è possibile selezionarne uno in questa scheda. Per questo esempio non è stata apportata alcuna modifica.
- Impostare il Alfa , il livello al quale deve trovarsi un valore p affinché il marcatore associato sia considerato significativo, a 0,05.
- Correre le analisi.
Risultati
- Al termine dell'analisi, verrà visualizzata la finestra dei risultati che mostra il Grafico riepilogativo Questa scheda mostra il numero di marcatori significativi su ciascun cromosoma.
- Ciascuno di questi cromosomi può essere ispezionato individualmente selezionandone uno dall'elenco sotto Schede voce sul lato sinistro della finestra. Ispeziona ulteriormente il cromosoma 11 facendo clic Risultati Chr 11 .Clic Visualizza scheda per aggiungere il Risultati Chr 11 scheda nella finestra dei risultati.
- Notare che i valori p per ciascun indicatore sono tracciati in base alla loro posizione sull'11 th Questa informazione proviene da Set di dati di annotazione aggiunto in precedenza.Ciascuno dei marcatori che cadono sopra la linea tratteggiata rossa (p = 0,05) Sono statisticamente significante.
- IL Trama di Manhattan la scheda mostra un grafico di ogni SNP nei dati separato e colorato in base al numero di cromosomi. L'asse y del diagramma di Manhattan rappresenta la significatività statistica di ciascun marcatore dopo l'applicazione della correzione del tasso di false scoperte.
- L'ultima scheda è la Trama del vulcano Ogni punto del grafico è un singolo SNP, con i punti statisticamente più significativi che appaiono nella parte superiore del grafico.L'asse x mostra il cambiamento di piega per ciascun SNP, con cambiamenti più significativi che appaiono su entrambi i lati del grafico.
Approfondimenti
Sul lato sinistro della finestra dei risultati ci sono Scavare a fondo strumenti per analizzare più in dettaglio i marcatori di interesse.
- Innanzitutto, per creare un sottoinsieme di dati, evidenziare i punti sui grafici da una qualsiasi delle schede dei risultati, quindi fare clic sul pulsante Creare sottoinsiemi di dati di genotipo e annotazione pulsante in Approfondimenti
- Tieni presente che quando vengono evidenziati i punti su un grafico, gli stessi punti verranno automaticamente evidenziati sugli altri grafici.
- Evidenzia i due punti nel grafico del vulcano con il valore y più alto, quindi fai clic su Crea sottoinsieme Genot tipo e set di dati di annotazione Apparirà una nuova finestra con tre nuovi set di dati. Uno sono i dati genotipici di questi due marcatori, uno sono i dati di annotazione per questi due marcatori e l'ultimo sono i dati degli altri marcatori che non sono stati evidenziati per il sottoinsieme.
- Clicca il Aprire pulsante accanto a Dati sul genotipo e il sottoinsieme si aprirà. Tieni presente che questo set di dati contiene solo due SNP (SNP_rec_8930 e SNP_rec_15469).
- Clicca il Aprire pulsante accanto a Dati di annotazione e si apriranno le annotazioni per i due SNP. Vediamo che entrambi gli SNP si trovano sul cromosoma 11.
- Torna alla finestra dei risultati e fai clic su Tracciare i tratti per genotipo per i due marcatori precedentemente selezionati.
- Questi grafici mostrano la distribuzione dei genotipi sia per gli individui affetti che per quelli non affetti per ciascuno dei marcatori di interesse. L'annotazione per ciascuno di questi indicatori può essere visualizzata facendo clic sulla freccia accanto a Informazioni sull'annotazione .
*I risultati interattivi di questa analisi sono disponibili su JMP Pubblico .
Genomica JMP ha molti strumenti GWAS per l'associazione marcatore-tratto. IL Associazione dei tratti SNP Lo strumento è un modo molto rapido e semplice per identificare i marcatori di interesse in set di dati di grandi dimensioni. In questa guida abbiamo scoperto marcatori significativi per un tratto binario (interessato o non affetto). Si noti che lo stesso strumento può essere utilizzato per tutti i tipi di tratti di interesse, compresi i tratti categorici e quantificabili.
Genomica JMP ha una serie di strumenti per associare varianti genetiche a tratti. Uno dei più semplici di questi strumenti è Associazione dei tratti SNP . Eseguendo questa analisi, è possibile identificare rapidamente marcatori significativi per più tratti categorici o quantificabili. In questo esempio, esploriamo circa 22.000 marcatori di sarcomi istiocitici (tumori) in un campione di 474 bovari del bernese. La classificazione fenotipica di questi dati è binaria (affetti o non affetti ), Ma tieni presente che questa guida funziona sia per tratti continui che per tratti multipli.
Ri: Associazione genetica con JMP Genomics, Parte 6: Associazione dei tratti SNPCIAO @Neta ,
Quindi, se ho capito bene, il genotipo per ciascuna linea (BIL) nella prima immagine è lo stesso per tutte e 8 le piante per quel BIL. La seconda immagine è il genotipo di ciascun BIL. È corretto?
Hai eseguito lo studio in cui hai randomizzato genotipo e trattamento? Oppure hai eseguito due prove separate, una per il calore e una per il controllo?
Fondamentalmente, dovresti eseguire un'ANOVA sui dati del fenotipo per riassumerli prima (ottenere le differenze nella risposta per Calore rispetto a Controllo) per ciascun fenotipo per ciascun BIL. In questo modo avresti un valore per BIL per fenotipo. Quindi potresti unirti al set di dati del genotipo ed eseguire l'associazione del tratto SNP utilizzando le differenze per ciascun fenotipo come risposta o tratto di interesse (un cambiamento dovuto al trattamento). Anche nessun cambiamento dovuto al trattamento potrebbe essere interessante.
Il modello ANOVA dipende da come si imposta la prova (o le prove).
Ri: Associazione genetica con JMP Genomics, Parte 6: Associazione dei tratti SNPCiao, c'è un malinteso tra noi. La mia domanda è come è possibile inserire nello stesso file JMP informazioni fenotipiche di un particolare BIL (linea inbred Backcross) con 8 valori (*8 linee*) per lo stesso BIL (cioè ripetizioni di piante- 4 impianti per il trattamento termico e 4 per il controllo) e nello stesso file inserire le informazioni genomiche di ciascun BIL con i suoi SNP in ciascun marcatore, ovvero ciascun BIL è in una sola *una riga.* La mia domanda non è come unificare i dati, ma come è possibile unificarli in primo luogo? Cioè una riga per le informazioni genomiche e 8 righe per le informazioni fenotipiche per lo stesso BIL nello stesso file. La seconda domanda, nel file genomico: gli SNP sono elencati come cifre 1 e 3, 1 per il genitore culturale e 3 per il genitore selvatico. Devo cambiare le cifre in 0 e 2 (non c'è eterozigote) perché è ciò che sa JMP?
Grazie mille!!
Ri: Associazione genetica con JMP Genomics, Parte 6: Associazione dei tratti SNPCiao, c'è un malinteso tra noi
La mia domanda è come è possibile inserire informazioni fenotipiche nello stesso file JMP
di un particolare BIL (linea inbred Backcross) con 8 valori (*8 linee*) per
lo stesso BIL (ovvero ripetizioni di impianti- 4 impianti per trattamento termico e 4 per
controllo) e nello stesso file inserire le informazioni genomiche di ciascun BIL con
i suoi SNP in ciascun Marker, ovvero ogni BIL è in solo *una riga.*
La mia domanda non è come unificare i dati, ma come possono essere unificati
il primo posto? Cioè una riga per le informazioni genomiche e 8 righe per
informazioni fenotipiche per lo stesso BIL nello stesso file.
La seconda domanda, nel file genomico: gli SNP sono elencati come cifra 1
e 3, 1 per il genitore culturale e 3 per il genitore selvatico. Devo
cambia le cifre in 0 e 2 (non c'è eterozigote) perché è quello
il JMP lo sa?
Grazie mille!!
Ri: Associazione genetica con JMP Genomics, Parte 6: Associazione dei tratti SNPCIAO @Neta
Uniresti le due tabelle insieme se le informazioni si trovano in tabelle separate. Sarebbe necessario un identificatore per ogni riga in entrambe le tabelle per unire i due set di dati. Ad esempio, nel set di dati del genotipo, se hai il numero di linea e di pianta come due colonne diverse e anche le stesse colonne nei dati del fenotipo, puoi utilizzare queste due colonne come chiavi per identificare le righe che appartengono insieme.
È possibile utilizzare la funzionalità Unisci di JMP nel menu Tabelle oppure utilizzare la funzionalità Unisci in JMP Genomics disponibile in SAS Data Set Utilities. Quest'ultimo sarà più veloce per set di dati più grandi
In ogni caso, sarà necessario salvare il risultato come set di dati SAS per JMP Genomics da utilizzare nell'analisi dei tratti SNP.
Ri: Associazione genetica con JMP Genomics, Parte 6: Associazione dei tratti SNPCiao, grazie mille per l'aiuto.
Ma ancora non ho capito come inserire nel file JMP più dati fenotipici per ogni linea (8 per esempio), quando nello stesso file ci sono le informazioni genotipiche (SNP in ogni marcatore) per ogni linea in una riga separata . Esiste un'opzione per inserire il file con le informazioni fenotipiche non insieme alle informazioni genotipiche (SNP)?
Ri: Associazione genetica con JMP Genomics, Parte 6: Associazione dei tratti SNPCIAO @Neta ,
La tabella dei dati aiuta. Quindi sembra che tu abbia un esperimento di trattati rispetto a controllo e poi cerchi di modellare le associazioni dei tratti SNP tenendo conto di questa variabile sperimentale (trattamento).Includerei la variabile Trattamento nella sezione Effetti fissi della scheda Variabili del modello, proprio come l'origine nell'esempio del blog sopra. Io utilizzerei la combinazione di numero di linea e di impianto come identificativo individuale (ID univoco per ogni singolo impianto)
Puoi includere più tratti (variabili dei tratti) nella sezione delle variabili dei tratti della prima scheda (generale) purché siano dello stesso tipo (Continuo, Binario, Nominale...). Ciascun tratto verrà analizzato indipendentemente dall'altro, ma per ciascun tratto il trattamento verrà utilizzato per aggiustare il test di associazione SNP-Tratto (un cofattore per ciascun SNP testato).
Guarda al ? da ciascuna impostazione della finestra di dialogo per ottenere maggiori dettagli su ciò che è previsto e sull'impatto sull'analisi.
Ri: Associazione genetica con JMP Genomics, Parte 6: Associazione dei tratti SNP
Ri: Associazione genetica con JMP Genomics, Parte 6: Associazione dei tratti SNPCiao, ti spiego..
Ho caratterizzato le BIL (linee inbred Backcross) per lo stress da calore
tratti come il peso del singolo frutto, i semi per frutto, ecc. E io ho i loro
mappa genetica (mappa SNP). Voglio fare l'associazione SNP-Trait per trovare
marcatori legati a tali tratti. Per ogni riga (fuori dai BIL), ne ho 4
ripetizioni (es. 4 piante per linea/per trattamento: controllo/stress termico). IO
pensare che le ripetizioni siano utili per ottenere una differenza significativa,
Giusto? ma ho visto nella guida dell'utente solo un valore per i dati fenotipici
ogni linea. Esiste un modo per mettere tutte le ripetizioni?
Grazie mille!!
[immagine: BILs-tratti.jpg]
Ri: Associazione genetica con JMP Genomics, Parte 6: Associazione dei tratti SNPCIAO @Neta ,
Stai chiedendo se puoi raggruppare gli individui (linee) in modo che siano rappresentati una sola volta? Oppure stai dicendo che vuoi forzare che il tratto (fenotipo) sia identico per linee simili? O forse ti stai chiedendo se è possibile aggiungere più fenotipi?
Forse mostrare un esempio di come appaiono i tuoi dati o di come vuoi che appaiano potrebbe essere d'aiuto.
Migliore,
Ri: Associazione genetica con JMP Genomics, Parte 6: Associazione dei tratti SNPSalve, desidero eseguire l'associazione dei tratti SNP sulla mia popolazione BIL per trovare marcatori correlati ai tratti fenotipici sotto stress da calore.
È possibile aggiungere nelle informazioni fenotipiche un numero di piante utilizzate come ripetizione e non solo un dato fenotipico per una linea particolare?
