Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNPGenómica JMP tiene una variedad de herramientas para asociar variantes genéticas con rasgos. Una de las herramientas más sencillas es Asociación de rasgos SNP . Al realizar este análisis, puede identificar rápidamente marcadores significativos para múltiples rasgos categóricos o cuantificables. En este ejemplo, exploramos ~22 000 marcadores de sarcomas (tumores) histiocíticos en una muestra de 474 perros de montaña de Berna. La clasificación fenotípica de estos datos es binaria (ya sea afectada o no afectada). ), pero tenga en cuenta que esta guía funciona tanto para rasgos continuos como para rasgos múltiples.
- Desde el Iniciador de genómica Seleccionar Genética > Pruebas GWAS > Asociación SNP-Rasgo .
- En el género Alabama pestaña, seleccione GPL15578_geno_num. sas7bdat como el Conjunto de datos SAS de entrada .
- En la caja etiquetada Especificación de estilo de lista de variables SNP , escriba "SNP:" para designar todas las columnas que comienzan con "SNP" como columnas de marcador.
- Desde el Variables disponibles cuadro, mueva el fenotipo al Cuadro de variables de rasgos .
- El Por variables El cuadro se puede dejar en blanco.
- Cuando las variables se colocan en el Por variables cuadro, se realizará un análisis separado para cada entrada única para esa variable.
- Especifique un Carpeta de salida .
- En el Variables del modelo pestaña, seleccione Binario como Tipo de rasgo . Recuerde, los datos fenotípicos de este rasgo solo consisten en individuos afectados y no afectados.
- De la lista de Variables disponibles , seleccione el origen y muévalo al Variables de clase
- Clase variables son variables cuyos niveles forman categorías distintas en el modelo. La variable origen, en este caso, tiene distintos niveles para el país de origen del que procede cada muestra.
- En el Efectos fijos En el cuadro, escriba "origen" para establecer la variable como un efecto fijo.
- Aquí puede designar manualmente Fijo, Aleatorio, y Efectos de interacción , así como Opciones avanzadas de modelo de efectos aleatorios.
- Variables de estrato se seleccionan para realizar un análisis estratificado sobre un rasgo binario. Para este ejemplo, déjelo en blanco.
- En el Anotación pestaña, seleccione GPL15578_año. sas7bdat como el Conjunto de datos SAS de anotación .
- Este conjunto de datos contiene información de anotación para cada marcador, como cromosoma y posición.
- Establezca SNP_rec_ID como el Anotación Variable de etiqueta . Las entradas en esta columna coincidirán con los ID de SNP en la Ingrese el conjunto de datos SAS.
- Seleccione Chr como Variable de grupo de anotación . Esta variable separará los resultados en diferentes grupos, en este caso cromosomas.
- Seleccione Posición como año Ubicación de la estación Variable .
- En el Opciones pestaña, seleccione Genotipos numéricos como Formato de variables SNP
- Para estos genotipos numéricos:
0 = Homocigoto para el alelo principal
1 = heterocigoto
2 = Homocigoto para alelo menor
- Por lo tanto, seleccione Homocigoto para el alelo menor como el Genotipo para codificar como 2 para la prueba de tendencia
- En el Pruebas de asociación , seleccione Tendencia. Si se selecciona Genotipo, JMP realizará una prueba de chi-cuadrado de Pearson basada en genotipos para determinar marcadores de interés.Dado que esto aumenta el tiempo de cálculo, déjelo sin seleccionar para este ejemplo.
- Marque la casilla junto a Calcular los odds ratios de tendencia . Esto es útil para rasgos binarios o categóricos.
- El Producción La pestaña tiene opciones para agregar análisis a los resultados. Las opciones incluyen generar residuos, estadísticas de aptitud del modelo y estadísticas de R cuadrado. Por el contrario, los resultados se pueden eliminar, por ejemplo, incluyendo solo marcadores con valores p significativos en los resultados.
- Para el resultado de este ejemplo, deje marcadas las casillas predeterminadas. Siéntase libre de experimentar marcando casillas y observando los cambios resultantes.
- En el Gráficas de valor P pestaña, mantenga -log10 como el Conversión de valores P
- Para el Corrección de pruebas múltiples opción, seleccione FDR.
- Al realizar múltiples pruebas sobre la misma hipótesis, FDR, o tasa de descubrimiento falso, reducirá la cantidad de falsos positivos.
- Si deseas un Ajuste del valor p , se puede seleccionar uno en esta pestaña. Para este ejemplo, no se realizó ningún ajuste.
- Selecciona el Alfa , el nivel en el que debe estar un valor p para que su marcador asociado se considere significativo, a 0,05.
- Correr el analisis.
Resultados
- Cuando el análisis termine de ejecutarse, aparecerá la ventana de resultados mostrando el Cuadro resumen Esta pestaña muestra el número de marcadores significativos en cada cromosoma.
- Cada uno de estos cromosomas se puede inspeccionar individualmente seleccionando uno de la lista debajo del Pestañas dirigiéndose al lado izquierdo de la ventana. Inspeccione más el cromosoma 11 haciendo clic Resultados Chr 11 .Hacer clic Pestaña Ver para agregar el Resultados Chr 11 pestaña a la ventana de resultados.
- Observe que los valores p para cada marcador se trazan según su posición en el 11 th Esta información proviene de la Conjunto de datos de anotación agregado anteriormente.Cada uno de los marcadores que caen por encima de la línea de puntos roja (p = 0,05) son Estadísticamente significante.
- El Parcela de Manhattan La pestaña muestra un gráfico de cada SNP en los datos separados y coloreados por número de cromosoma. El eje y del gráfico de Manhattan representa la significancia estadística de cada marcador después de que se haya aplicado la corrección de la tasa de descubrimiento falso.
- La última pestaña es la Parcela del volcán Cada punto del gráfico es un único SNP, y los puntos estadísticamente más significativos aparecen en la parte superior del gráfico.El eje x muestra el cambio de cada SNP, y aparecen cambios más significativos en ambos lados lejanos de la gráfica.
Profundizaciones
En el lado izquierdo de la ventana de resultados están Profundizar Herramientas para analizar marcadores de interés con más detalle.
- Primero, para crear un subconjunto de datos, resalte los puntos en los gráficos de cualquiera de las pestañas de resultados y luego haga clic en el Crear conjuntos de datos de anotación y genotipo de subconjunto botón en el Profundizaciones
- Tenga en cuenta que cuando se resaltan puntos en un gráfico, los mismos puntos se resaltarán automáticamente en los otros gráficos.
- Resalte los dos puntos en el gráfico del volcán con el valor y más alto, luego haga clic en el Crear subconjunto Genot Conjuntos de datos de tipos y anotaciones Aparecerá una nueva ventana con tres nuevos conjuntos de datos. Uno son los datos genotípicos de esos dos marcadores, uno son los datos de anotación para esos dos marcadores y el último son los datos del otro marcador que no se resaltaron para el subconjunto.
- Haga clic en el Abierto botón al lado del Datos de genotipo y se abrirá el subconjunto. Tenga en cuenta que este conjunto de datos solo contiene dos SNP (SNP_rec_8930 y SNP_rec_15469).
- Haga clic en el Abierto botón al lado del Datos de anotación y se abrirán las anotaciones para los dos SNP. Vemos que ambos SNP están ubicados en el cromosoma 11.
- Regrese a la ventana de resultados y haga clic en Rasgo de la trama por genotipo para los dos marcadores previamente seleccionados.
- Estos gráficos muestran la distribución de genotipos de individuos afectados y no afectados para cada uno de los marcadores de interés. La anotación de cada uno de estos marcadores se puede ver haciendo clic en la flecha junto a Información de anotación .
*Los resultados interactivos de este análisis se pueden encontrar en Público JMP .
Genómica JMP Tiene muchas herramientas GWAS para la asociación de marcadores y rasgos. El Asociación de rasgos SNP La herramienta es una forma muy rápida y sencilla de identificar marcadores de interés en grandes conjuntos de datos. En esta guía, descubrimos marcadores importantes para un rasgo binario (afectado o no afectado). Tenga en cuenta que la misma herramienta se puede utilizar para todo tipo de rasgos de interés, incluidos rasgos categóricos y cuantificables.
Genómica JMP tiene una variedad de herramientas para asociar variantes genéticas con rasgos. Una de las herramientas más sencillas es Asociación de rasgos SNP . Al realizar este análisis, puede identificar rápidamente marcadores significativos para múltiples rasgos categóricos o cuantificables. En este ejemplo, exploramos ~22 000 marcadores de sarcomas (tumores) histiocíticos en una muestra de 474 perros de montaña de Berna. La clasificación fenotípica de estos datos es binaria (ya sea afectada o no afectada). ), pero tenga en cuenta que esta guía funciona tanto para rasgos continuos como para rasgos múltiples.
Asunto: Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNPHola @neta ,
Entonces, si entendí correctamente, el genotipo de cada línea (BIL) en la primera imagen es el mismo para las 8 plantas de ese BIL. La segunda imagen es el genotipo de cada BIL. ¿Es eso correcto?
¿Realizó el ensayo en el que aleatorizó el genotipo y el tratamiento? ¿O realizaron dos pruebas separadas, una para calor y otra para control?
Básicamente, tendría que realizar un ANOVA en los datos del fenotipo para resumirlos primero (obtener las diferencias en la respuesta para Calor versus Control) para cada fenotipo para cada BIL. De esa manera tendrías un valor por BIL por fenotipo. Luego, podría unirse al conjunto de datos del genotipo y realizar una asociación SNP-Rasgo utilizando las diferencias para cada fenotipo como respuesta o rasgo de interés (un cambio debido al tratamiento). Incluso ningún cambio debido al tratamiento también podría ser de interés.
El modelo ANOVA dependerá de cómo se configure la prueba (o pruebas).
Asunto: Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNPHola, hay un malentendido entre nosotros. Mi pregunta es cómo se puede insertar en el mismo archivo JMP información fenotípica de un BIL (línea endogámica de retrocruzamiento) en particular con 8 valores (*8 líneas*) para el mismo BIL (es decir, repeticiones de plantas- 4 plantas para tratamiento térmico y 4 para control) y en el mismo archivo poner la información genómica de cada BIL con sus SNPs en cada Marcador - es decir, cada BIL está en solo *una línea.* Mi pregunta no es cómo unificar los datos, sino ¿cómo se pueden unificar los dos en primer lugar? Es decir, una línea para información genómica y 8 líneas para información fenotípica para el mismo BIL en el mismo archivo. La segunda pregunta, en el archivo genómico: los SNP se enumeran como los dígitos 1 y 3, 1 para el padre cultural y 3 para el padre salvaje. ¿Tengo que cambiar los dígitos a 0 y 2 (no hay heterocigoto) porque eso es lo que sabe el JMP?
¡¡Muchas gracias!!
Asunto: Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNPHola, hay un malentendido entre nosotros.
Mi pregunta es ¿cómo puedo en el mismo archivo JMP insertar información fenotípica?
de un BIL particular (línea endogámica retrocruzada) con 8 valores (*8 líneas*) para
el mismo BIL (es decir, repeticiones de plantas: 4 plantas para tratamiento térmico y 4 para
control) y en el mismo archivo poner la información genómica de cada BIL con
sus SNP en cada marcador, es decir, cada BIL está en solo *una línea*.
Mi pregunta no es cómo unificar los datos, sino cómo se pueden unificar los dos en
¿El primer lugar? Es decir, una línea para información genómica y 8 líneas para
información fenotípica para el mismo BIL en el mismo archivo.
La segunda pregunta, en el archivo genómico: los SNP aparecen como dígitos 1
y 3, 1 para el padre cultural y 3 para el padre salvaje. Tengo que
cambie los dígitos a 0 y 2 (no hay heterocigoto) porque eso es lo que
¿Lo sabe el JMP?
¡¡Muchas gracias!!
Asunto: Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNPHola @neta
Unirías las dos tablas si la información está en tablas separadas. Se necesitaría un identificador para cada fila en ambas tablas para unir los dos conjuntos de datos. Por ejemplo, en su conjunto de datos de genotipo, si tiene el número de línea y de planta como dos columnas diferentes y también las mismas columnas en los datos de fenotipo, puede usar esas dos columnas como claves para identificar las filas que van juntas.
Puede usar la capacidad Unir de JMP en el menú Tablas o puede usar la capacidad Fusionar en JMP Genomics que se encuentra en SAS Data Set Utilities. El último será más rápido para conjuntos de datos más grandes.
De cualquier manera, deberá guardar el resultado como un conjunto de datos SAS para que JMP Genomics lo utilice en el análisis de rasgos SNP.
Asunto: Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNPHola, muchas gracias por la ayuda.
Pero todavía no entiendo cómo insertar en el archivo JMP varios datos fenotípicos para cada línea (8 por ejemplo), cuando en el mismo archivo está la información genotípica (SNPs en cada marcador) para cada línea. en una línea separada . ¿Existe una opción para insertar el archivo con la información fenotípica y no junto con la información genotípica (SNP)?
Asunto: Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNPHola @neta ,
La tabla de datos ayuda. Entonces parece que tienes un experimento de tratado versus control y luego buscas modelar asociaciones SNP-Rasgo teniendo en cuenta esta variable experimental (tratamiento).Incluiría la variable Tratamiento en la sección Efectos fijos de la pestaña Variables del modelo, muy parecido al origen en el ejemplo del blog anterior. Yo usaría la combinación de línea y número de planta como identificador individual (ID único para cada planta individual)
Puede incluir múltiples rasgos (variables de rasgo) en la sección de variables de rasgo de la primera pestaña (general) siempre que sean del mismo tipo (Continuo, Binario, Nominal...). Cada rasgo se analizará independientemente del otro, pero para cada rasgo, el tratamiento se utilizará para ajustar la prueba de asociación SNP-Rasgo (un cofactor para cada SNP que se prueba).
Mira el ? Consulte cada configuración del cuadro de diálogo para obtener más detalles sobre lo que se espera y el impacto que tiene en el análisis.
Asunto: Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNP
Asunto: Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNPHola te explico..
Caractericé BILs (líneas endogámicas retrocruzadas) para detectar estrés por calor.
rasgos como peso de un solo fruto, semillas por fruto, etc. Y tengo sus
mapa genético (mapa SNP). Quiero hacer una asociación SNP-Rasgo para encontrar
marcadores relacionados con tales rasgos. Para cada línea (fuera de los BIL), tengo 4
repeticiones (es decir, 4 plantas por línea/por tratamiento: control/estrés por calor). I
Creo que las repeticiones son buenas para conseguir una diferencia significativa.
¿bien? pero vi en su guía del usuario solo un valor para los datos fenotípicos
cada línea. ¿Existe alguna manera de poner todas las repeticiones?
¡¡Muchas gracias!!
[imagen: BILs-traits.jpg]
Asunto: Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNPHola @neta ,
¿Está preguntando si puede agrupar individuos (líneas) para que estén representados solo una vez? ¿O estás diciendo que quieres forzar que el rasgo (fenotipo) sea idéntico para líneas que son similares? ¿O tal vez te preguntas si se pueden agregar múltiples fenotipos?
Tal vez podría ser útil mostrar un ejemplo de cómo se ven sus datos o cómo quiere que se vean.
Mejor,
Asunto: Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación de rasgos SNPHola, quiero realizar una asociación SNP-Rasgo en mi población de BIL para encontrar marcadores relacionados con rasgos fenotípicos bajo estrés por calor.
¿Es posible agregar en la información fenotípica una cantidad de plantas utilizadas como repetición y no solo un dato fenotípico para una línea en particular?
