與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯JMP基因組學擁有一系列將遺傳變異與性狀關聯起來的工具。 這些工具中最直接的工具之一是SNP-性狀關聯。 通過執行此分析，您可以快速識別多個分類或可量化特徵的重要標記。 在此示例中，我們在 474 只伯恩山犬樣本中探索了約 22,000 個組織細胞肉瘤（腫瘤）標記。 該數據的表型分類是二元的（受影響或未受影響）， 但請注意，本指南適用於連續特徵以及多個特徵。
- 來自基因組學入門選擇遺傳學 > GWAS 測試 > SNP-性狀關聯。
- 在裡面根納阿爾選項卡，選擇GPL15578_geno_num。 sas7bdat作為輸入 SAS 數據集。
- 在標有SNP 變量的列表式規範，鍵入“SNP:”將所有以“SNP”開頭的列指定為標記列。
- 來自可用變量框，將表型移入特質變量框。
- 這按變量框可以留空。
- 當變量被放置在按變量框中，將為該變量的每個唯一條目執行單獨的分析。
- 指定一個導出目錄。
- 在裡面模型變量選項卡中，選擇二進製作為特質類型。 請記住，此性狀的表型數據僅包含受影響的個體與未受影響的個體。
- 從列表中可用變量，選擇原點並將其移動到類變量
- 班級變量是其級別在模型中形成不同類別的變量。 在這種情況下，原產地變量對於每個樣本的原產國具有不同的水平。
- 在裡面固定效應框中，輸入“origin”以將變量設置為固定效應。
- 這裡可以手動指定固定、隨機、和交互效果， 也高級隨機效應模型選項。
- 地層變量選擇對二元性狀進行分層分析。 對於本示例，請將其留空。
- 在裡面註解選項卡，選擇GPL15578_anno。 sas7bdat作為註釋 SAS 數據集。
- 該數據集包含每個標記的註釋信息，例如染色體和位置。
- 將 SNP_rec_ID 設置為註解標籤變量。 此列中的條目將與 SNP ID 中的匹配輸入 SAS 數據集。
- 選擇 Chr 作為註釋組變量。 該變量會將結果分為不同的組，在本例中為染色體。
- 選擇位置作為安諾位置變量。
- 在裡面選項選項卡中，選擇數字基因型作為SNP 變量的格式
0 = 主要等位基因純合
1 = 雜合子
2 = 次要等位基因純合
- 因此，選擇 Minor Allele 的純合子作為趨勢測試的基因型編碼為 2
- 在裡面關聯測試框中，選擇趨勢。 如果選擇 Genotype，JMP 將根據基因型執行 Pearson 卡方檢驗以確定感興趣的標記。由於這會增加計算時間，因此在此示例中不要選擇它。
- 選中旁邊的框計算趨勢比值比。 這對於二元或分類特徵很有用。
- 這輸出選項卡具有將分析添加到結果的選項。 選項包括輸出殘差、模型適應度統計數據和 R 方統計數據。 相反，可以刪除輸出，例如僅在結果中包含具有顯著 p 值的標記。
- 對於本示例中的輸出，請選中默認框。 請隨意嘗試複選框並觀察由此產生的變化。
- 在裡面P 值圖選項卡，保留 -log10 作為P 值的轉換
- 為了多重測試修正選項，選擇 FDR。
- 當對同一假設進行多次測試時，FDR（或錯誤發現率）將減少誤報的數量。
- 如果您想要一個p 值調整，可以在此選項卡上選擇一個。 對於本示例，未進行任何調整。
- 設置Α ，p 值必須達到其關聯標記才被視為顯著的水平，到 0.05。
- 跑步分析。
結果
- 分析運行完成後，將出現結果窗口，其中顯示總結圖此選項卡顯示每條染色體上重要標記的數量。
- 通過從下面的列表中選擇一個，可以單獨檢查這些染色體中的每一個。選項卡標題位於窗口的左側。 單擊進一步檢查 11 號染色體第 11 章結果。點擊查看選項卡添加第 11 章結果選項卡到結果窗口。
- 請注意，每個標記的 p 值是根據其在 11 上的位置繪製的th此信息來自註釋數據集之前添加的。落在紅色虛線上方的每個標記 (p = 0.05)是統計上顯著。
- 這曼哈頓情節選項卡顯示數據中每個 SNP 的圖，並按染色體編號進行分隔和著色。 曼哈頓圖的 y 軸表示應用錯誤發現率校正後每個標記的統計顯著性。
- 最後一個選項卡是火山圖圖上的每個點都是一個 SNP，統計上最顯著的點出現在圖的頂部。x 軸顯示每個 SNP 的倍數變化，圖的兩側出現更顯著的變化。
深入研究
結果窗口的左側是向下鑽取用於更詳細地分析感興趣標記的工具。
- 首先，要創建數據子集，請突出顯示任意結果選項卡中繪圖上的點，然後單擊創建子集基因型和註釋數據集按鈕在深入研究
- 請注意，當一個圖上的點突出顯示時，相同的點將自動在其他圖上突出顯示。
- 突出顯示火山圖中 y 值最高的兩個點，然後單擊創建 Genot 子集類型和註釋數據集將出現一個新窗口，其中包含三個新數據集。 一個是來自這兩個標記的基因型數據，一個是這兩個標記的註釋數據，最後一個是未針對子集突出顯示的其他標記數據。
- 點擊打開按鈕旁邊的基因型數據並且子集將打開。 請注意，該數據集僅包含兩個 SNP（SNP_rec_8930 和 SNP_rec_15469）。
- 點擊打開按鈕旁邊的註釋數據兩個 SNP 的註釋將會打開。 我們看到兩個 SNP 都位於 11 號染色體上。
- 返回結果窗口並單擊按基因型繪製性狀對於之前選擇的兩個標記。
- 這些圖顯示了受影響和未受影響個體的每個感興趣標記的基因型分佈。 可以通過單擊旁邊的箭頭來查看每個標記的註釋註釋信息。
*此分析的交互式結果可以在JMP 公共。
JMP基因組學有許多用於標記-性狀關聯的 GWAS 工具。 這SNP-性狀關聯該工具是一種非常快速且簡單的方法來識別大型數據集中感興趣的標記。 在本指南中，我們發現了二元（受影響或不受影響）性狀的重要標記。 請注意，同一工具可用於各種感興趣的特徵，包括分類和可量化特徵。
JMP基因組學擁有一系列將遺傳變異與性狀關聯起來的工具。 這些工具中最直接的工具之一是SNP-性狀關聯。 通過執行此分析，您可以快速識別多個分類或可量化特徵的重要標記。 在此示例中，我們在 474 只伯恩山犬樣本中探索了約 22,000 個組織細胞肉瘤（腫瘤）標記。 該數據的表型分類是二元的（受影響或未受影響）， 但請注意，本指南適用於連續特徵以及多個特徵。
回复：與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯你好@內塔,
因此，如果我理解正確的話，第一張圖像中每行 (BIL) 的基因型對於該 BIL 的所有 8 株植物來說都是相同的。 第二張圖像是每個 BIL 的基因型。 那是對的嗎？
您是否進行了隨機基因型和治療的試驗？ 或者您是否進行了兩項單獨的試驗，一項用於加熱，一項用於控制？
基本上，您必須首先對每個 BIL 的每個表型的表型數據進行方差分析以對其進行總結（獲取熱與對照響應的差異）。 這樣，每個表型的每個 BIL 都會有一個值。 然後，您可以加入基因型數據集，並使用每個表型的差異作為感興趣的響應或性狀（由於治療而發生的變化）來執行 SNP-性狀關聯。 即使治療沒有改變也可能令人感興趣。
方差分析模型取決於您如何設置試驗（或多個試驗）。
回复：與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯您好，我們之間存在誤解。我的問題是如何在同一個JMP 文件中插入特定BIL（回交自交系）的表型信息，該信息具有相同BIL 的8 個值（*8 行*） （即植物重複- 4）熱處理植物和對照植物），並在同一個文件中將每個BIL 的基因組信息及其SNP 放入每個標記中- 也就是說，每個BIL 僅位於*一行中。 * 我的問題不是如何統一數據，而是兩者首先如何統一？ 即同一文件中相同 BIL 的 1 行基因組信息和 8 行表型信息。 第二個問題，在基因組文件中，SNP 被列為數字 1 和 3，1 為培養親本，3 為野生親本。 我是否必須將數字切換為 0 和 2（沒有雜合子），因為這是 JMP 所知道的？
太感謝了！！
回复：與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯你好，我們之間有誤會
我的問題是如何在同一個 JMP 文件中插入表型信息
特定 BIL（回交自交系）的 8 個值（*8 系*）
相同的 BIL（即重複植物 - 4 個植物用於熱處理，4 個用於熱處理）
控制）並在同一個文件中放置每個 BIL 的基因組信息
每個標記中的 SNP - 也就是說，每個 BIL 僅位於*一行中。*
我的問題不是如何統一數據，而是兩者如何統一
第一名？ 即 1 行用於基因組信息，8 行用於
同一文件中相同 BIL 的表型信息。
第二個問題，在基因組文件中-SNP被列為數字1
和3，1為文化親本，3為野生親本。 我一定要嗎
將數字切換為 0 和 2（沒有雜合子），因為這就是
JMP知道嗎？
太感謝了！！
回复：與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯你好@內塔
如果信息位於不同的表中，則可以將兩個表連接在一起。 兩個表中的每一行都需要一個標識符來連接兩個數據集。 例如，在基因型數據集中，如果品系和植物編號作為兩個不同的列，並且表型數據中的列也相同，則可以使用這兩列作為鍵來識別屬於在一起的行。
您可以使用“表”菜單下的 JMP 的“連接”功能，也可以使用“SAS 數據集實用程序”下的 JMP Genomics 中的“合併”功能。 對於較大的數據集，後者會更快
無論哪種方式，您都需要將結果保存為 SAS 數據集，以便 JMP Genomics 在 SNP 性狀分析中使用。
回复：與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯您好，非常感謝您的幫助。
但我仍然不明白如何在 JMP 文件中插入每行的幾個表型數據（例如 8 個），當在同一個文件中每行都有基因型信息（每個標記中的 SNP）時在單獨的一行中。 是否可以選擇插入包含表型信息而不是基因型信息 (SNP) 的文件？
回复：與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯你好@內塔,
數據表幫助。 所以看起來你有一個治療與對照的實驗，然後考慮這個實驗變量（治療）來建立 SNP-性狀關聯模型。我會將“治療”變量包含在“模型變量”選項卡的“固定效應”部分中，就像上面博客示例中的 origin 一樣。 我會使用生產線和工廠編號的組合作為個體標識符（每個工廠的唯一 ID）
您可以在第一個選項卡（常規）的特徵變量部分中包含多個特徵（特徵變量），只要它們是相同類型（連續、二進制、名義......）。 每個性狀將獨立於其他性狀進行分析，但對於每個性狀，治療將用於調整 SNP-性狀關聯測試（正在測試的每個 SNP 的輔助因子）。
看著那（這 ？通過對話框的每個設置來獲取有關預期結果及其對分析的影響的更多詳細信息。
回复：與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯
回复：與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯你好，我來解釋一下..
我表徵了與熱應激相關的 BIL（回交自交系）
諸如單果重量、每個果實的種子等性狀。我有他們的
遺傳圖譜（SNP 圖譜）。 我想做 SNP-Trait 關聯以便找到
與這些性狀相關的標記。 對於每行（BIL 之外），我有 4
重複（即每行/每次處理 4 株植物：對照/熱應激）。 我
認為重複有利於獲得顯著差異，
正確的？但我在您的用戶指南中看到表型數據只有一個值
每行。 有沒有這樣的方法來放置所有的重複項？
太感謝了！！
[圖片：BILs-traits.jpg]
回复：與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯你好@內塔,
您是否想問是否可以將個人（線路）集中在一起，以便他們只出現一次？ 或者您是說您想強制相似品系的性狀（表型）相同？ 或者您可能會問是否可以添加多個表型？
也許展示您的數據的樣子或希望它看起來像的示例可能會有所幫助。
最好的，
回复：與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯您好，我想對我的 BIL 群體進行 SNP-性狀關聯，以找到與熱應激下表型性狀相關的標記。
是否可以在表型信息中添加用作重複的許多植物，而不僅僅是特定品系的一個表型數據？
