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JMPゲノムとの遺伝的関連、第5部：QTLシングルマーカー解析

のQTLシングルマーカー解析ツール JMPゲノミクス量的形質をゲノム内のマーカーと相関させる単純な回帰を実行します。このツールは、マーカーのセット全体をスキャンして、特性の関心対象の遺伝子座をすばやく識別するのに最適な方法です。この例では、90の組換え近交系オーツ麦系統の平均示差走査熱量測定（DSC）を分析します。この分析の入力として使用される2つのデータセット、およびそれらのセットで定義されているリンケージグループは、投稿で作成されています。 JMPゲノムとの遺伝的関連、第4部：基本的な連鎖マッピング。

からゲノミクススターターメニュー、選択遺伝学>連鎖地図とQTL> QTLシングルマーカー解析 。
の中に全般タブ、選択 po_ingenotypes_subst sas7bdat として入力SASデータセット 。
- これは4つの平均DSC測定値と90のオート麦ラインからの〜450のマーカーを含む幅広いデータセットです。
から利用可能な変数ボックスで、4つの「MEAN_DSC」変数を選択して特性変数
に「GMI：」と入力します。マーカー変数のリスト形式の指定 「GMI」で始まるすべての列をマーカーデータを含む列として指定するフィールド。
を指定出力フォルダ 。
の中にアノテーションタブを選択 po_ingenotypes_lmo_subset sas7bdat として注釈SASデータセット 。
- このデータセットには、データベースに作成されたリンケージグループとマーカー位置が含まれます JMPゲノムとの遺伝的関連、第4部：基本的な連鎖マッピング役職。
選択する LGroup として染色体 、 _MarkerName_ としてマーカーラベル 、そして cM_Haldane としてマーカー位置 。
の中にオプションタブ、標準を設定アルファのレベル 05 。
選択する数値遺伝子型としてマーカー変数の形式 。
クリック実行する分析を開始するには、ウィンドウの下部にあります。

結果

初期出力ウィンドウには4つのヒストグラムが表示されます。入力データ・セットで測定された4つのDSC平均のそれぞれに1つ。これらのヒストグラムは、特定された形質について各連鎖群における有意なマーカーの数を示す。
連鎖群28は各形質についていくつかの有意なマーカーを有するように思われる。これらのマーカーをさらに詳しく調べるには、傾向下のボタン重要マーカーのベン図を見るの中にドリルダウン 25のマーカーと、それらがどの形質にとって有意であるかを示すベン図が表示されます。これらのマーカーのサブセットを作成するには、ベン図のゼロ以外の数字のいずれかをクリックして、選択した行を表示 。

の中にマンハッタンプロットタブでは、マンハッタンプロットが各形質について与えられ、各連鎖群に対する有意なマーカーが点線の赤い線の上に示されている（０．０５アルファレベルを表す）。各プロット上のポイントの上にカーソルを置くと、マーカー名が表示されます。
の全P値プロットタブは、各形質について各連鎖群の個々のマーカーのプロットを与えます。
の火山プロットタブは、各連鎖群についての有意なマーカーが赤の点線の上に示され、プロットの左側がマイナー対立遺伝子の発生率の増加を表し、プロットの右側がメジャーの発生率の増加を表すとともに、各マーカーの有意性を示す。アレル。から1つまたは複数の連結グループを選択する LGroup 右側のメニューは、プロット内のそれらのグループからのポイントのみを強調表示します。

*このワークフローから生成されたインタラクティブレポートは、で表示できます。 JMPパブリック。

概要

の QTLシングルマーカー分析このツールは、QTL信号のマーカーデータセット全体をすばやくスキャンするのに最適な方法です。ソフトウェアは、各形質についての値を用いて各マーカーについて単純な回帰を行う。分析を実行するためには、連鎖情報および位置情報を有する注釈データセットと同様に、広いフォーマットのマーカー情報および表現型情報を有する遺伝子型データセットが必要である。関心のあるマーカーのサブセットは、を使用して簡単に作成できます。ドリルダウンメニュー。