Association génétique avec JMP Genomics, Partie 5: Analyse de marqueur unique QTLL’outil d’analyse de marqueur unique QTL en Génomique JMP effectue une régression simple pour corréler les traits quantitatifs avec les marqueurs d'un génome. Cet outil est un excellent moyen de numériser tout un ensemble de marqueurs et d'identifier rapidement les lieux d'intérêt d'un trait. Dans cet exemple, nous analyserons 90 lignées consanguines recombinantes pour déterminer leur analyse calorimétrique différentielle moyenne (DSC). Notez que les deux ensembles de données utilisés comme entrée pour cette analyse, ainsi que les groupes de liaison définis dans ces ensembles, ont été créés ultérieurement. Association génétique avec JMP Genomics, Partie 4: Cartographie de liaison de base .
- Du Génomique Starter menu, sélectionnez Génétique> Cartes de couplage et QTL> Analyse des marqueurs uniques QTL .
- dans le Général onglet, Choisissez po_ingenotypes_subst. sas7bdat comme le Jeu de données SAS d'entrée .
- Il s’agit d’un vaste ensemble de données contenant 4 mesures DSC moyennes et environ 450 marqueurs provenant de 90 lignes d’avoine.
- Du Variables disponibles Dans la boîte de dialogue, sélectionnez les quatre variables «MEAN_DSC» et déplacez-les dans Variables de trait
- Entrez “GMI:” dans le Spécification de type de liste des variables de marqueur champ pour désigner chaque colonne commençant par «GMI» en tant que colonne contenant des données de marqueur.
- Spécifiez un Dossier de sortie .
- dans le Annotation onglet, choisissez po_ingenotypes_lmo_subset. sas7bdat comme le Annotation SAS Data Set .
- Sélectionner LGroup comme le Chromosome , _Marqueur_ comme le Étiquette de marqueur , et cM_Haldane comme le Position du marqueur .
- dans le Les options onglet, définir une norme Alpha niveau de 05 .
- Sélectionner Génotypes numériques comme le Format des variables de marqueur .
- Cliquez sur Courir au bas de la fenêtre pour commencer l'analyse.
Résultats
- La fenêtre de sortie initiale affiche quatre histogrammes. Un pour chacune des quatre moyennes DSC mesurées dans le jeu de données en entrée. Ces histogrammes indiquent le nombre de marqueurs significatifs dans chaque groupe de liaison pour le trait spécifié.
- Le groupe de liaison 28 semble avoir plusieurs marqueurs significatifs pour chaque trait. Pour inspecter davantage ces marqueurs, cliquez sur le bouton Tendance bouton sous Voir le diagramme de Venn des marqueurs importants dans le Drill Downs. Un diagramme de Venn apparaîtra montrant les 25 marqueurs et les traits pour lesquels ils sont significatifs. Pour créer un sous-ensemble de ces marqueurs, cliquez sur l'un des nombres non nuls du diagramme de venn et sélectionnez Afficher les lignes sélectionnées .
- dans le Manhattan Plot Onglet, un graphique de manhattan est donné pour chaque trait, avec des marqueurs significatifs pour chaque groupe de liaison qui sont affichés au-dessus de la ligne rouge en pointillé (représentant le niveau alpha 0,05). Survolez les points de chaque tracé pour voir le nom du marqueur.
- le Tous les graphiques de valeur P L'onglet donne un graphique des marqueurs individuels dans chaque groupe de liaison pour chaque trait.
- le Parcelles de volcan L'onglet indique la signification de chaque marqueur, les marqueurs significatifs correspondant à chaque groupe de liaison étant indiqués au-dessus de la ligne pointillée rouge et les points situés à gauche des graphiques représentant l'augmentation de l'incidence de l'allèle mineur et les points situés à droite des graphiques représentant l'augmentation de l'incidence des principaux allèle. Sélectionner un ou plusieurs groupes de liaison parmi les LGroup Le menu de droite ne met en évidence que les points de ces groupes dans les parcelles.
* Les rapports interactifs générés à partir de ce flux de travail peuvent être visualisés sur JMP Public .
Résumé
le Analyse de marqueur unique QTL Cet outil est un excellent moyen d’analyser rapidement un ensemble complet de données de marqueur pour les signaux QTL. Le logiciel effectue une régression simple pour chaque marqueur avec des valeurs pour chaque trait. Afin de réaliser l'analyse, un ensemble de données de génotype est nécessaire avec des informations de marqueur et d'informations phénotypiques au format large, ainsi qu'un ensemble de données d'annotation avec un groupe de liens et des informations de position. Des sous-ensembles de marqueurs d’intérêt peuvent être facilement créés à l’aide des Drill Downs menu.
L’outil d’analyse de marqueur unique QTL en Génomique JMP effectue une régression simple pour corréler les traits quantitatifs avec les marqueurs d'un génome. Cet outil est un excellent moyen de numériser tout un ensemble de marqueurs et d'identifier rapidement les lieux d'intérêt d'un trait. Dans cet exemple, nous analyserons 90 lignées consanguines recombinantes pour déterminer leur analyse calorimétrique différentielle moyenne (DSC). Notez que les deux ensembles de données utilisés comme entrée pour cette analyse, ainsi que les groupes de liaison définis dans ces ensembles, ont été créés ultérieurement Association génétique avec JMP Genomics, Partie 4: Cartographie de liaison de base . 
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