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与 JMP Genomics 的遗传关联，第 5 部分：QTL 单标记分析

QTL单标记分析工具JMP基因组学执行简单的回归，将数量性状与基因组内的标记相关联。 该工具是扫描整套标记并快速识别性状感兴趣位点的好方法。 在本例中，我们将分析 90 个燕麦重组自交系的平均差示扫描量热法 (DSC)。 请注意，用作此分析输入的两个数据集以及这些集中定义的连锁组是在帖子中创建的与 JMP Genomics 的遗传关联，第 4 部分：基本连锁图谱。

1. 来自基因组学入门菜单，选择遗传学 > 连锁图谱和 QTL > QTL 单标记分析。
2. 在里面一般的选项卡，选择po_ingenotypes_subst。 sas7bdat作为输入 SAS 数据集。
   • 这是一个广泛的数据集，包含 4 个平均 DSC 测量值和来自 90 个燕麦品系的约 450 个标记。
3. 来自可用变量框中，选择四个“MEAN_DSC”变量并将它们移动到特质变量
4. 输入“GMI：”到标记变量的列表式规范字段将以“GMI”开头的每一列指定为包含标记数据的列。
5. 指定一个导出目录。
6. 在里面注解选项卡，选择po_ingenotypes_lmo_subset。 sas7bdat作为注释 SAS 数据集。
   • 该数据集包含在中创建的连锁组和标记位置与 JMP Genomics 的遗传关联，第 4 部分：基本连锁图谱邮政。
7. 选择L集团作为染色体, _标记名称_作为标记标签， 和cM_霍尔丹作为标记位置。
8. 在里面选项选项卡，设置标准Α水平05 。
9. 选择数字基因型作为标记变量的格式。
10. 点击跑步单击窗口底部开始分析。

结果

11. 初始输出窗口显示四个直方图。 四个 DSC 均指在输入数据集中测量的一个。 这些直方图显示了指定性状的每个连锁群中显着标记的数量。
12. 连锁群 28 的每个性状似乎都有几个显着的标记。 为了进一步检查这些标记，请单击趋势按钮下查看重要标记的维恩图在里面深入研究。将出现一个维恩图，显示 25 个标记以及它们对哪些性状具有重要意义。 要创建这些标记的子集，请单击维恩图中的任何非零数字并选择显示选定的行。

 

13. 在里面曼哈顿情节选项卡中，为每个性状给出了曼哈顿图，每个连锁群的显着标记显示在红虚线上方（代表 0.05 alpha 水平）。 将鼠标悬停在每个图上的点上可查看标记名称。
14. 这所有 P 值图选项卡给出了每个性状的每个连锁组中的单个标记的图。
15. 这火山地块选项卡显示每个标记的显着性，其中每个连锁组的显着标记显示在红色虚线上方，并指向图的左侧，表示次要等位基因的发生率增加，指向图的右侧，表示主要等位基因的发生率增加等位基因。 从以下列表中选择任意一个或多个链接组L集团右侧的菜单将仅突出显示图中这些组中的点。

*从此工作流程生成的交互式报告可以在JMP 公共。

概括

这QTL单标记分析该工具是快速扫描 QTL 信号的整套标记数据的好方法。 该软件对每个标记和每个性状的值进行简单回归。 为了进行分析，需要具有宽格式的标记信息和表型信息的基因型数据集，以及具有连锁群和位置信息的注释数据集。 使用以下命令可以轻松创建感兴趣的标记子集深入研究菜单。

QTL单标记分析工具JMP基因组学执行简单的回归，将数量性状与基因组内的标记相关联。 该工具是扫描整套标记并快速识别性状感兴趣位点的好方法。 在本例中，我们将分析 90 个燕麦重组自交系的平均差示扫描量热法 (DSC)。 请注意，用作此分析输入的两个数据集以及这些集中定义的连锁组是在帖子中创建的与 JMP Genomics 的遗传关联，第 4 部分：基本连锁图谱。