Associazione genetica con Genomica di JMP, parte 5: QTL Single Marker AnalysisLo strumento di analisi dei singoli indicatori QTL in Genomica di JMP esegue una semplice regressione per correlare i tratti quantitativi con i marker all'interno di un genoma. Questo strumento è un ottimo modo per scansionare un intero set di marcatori e identificare rapidamente i luoghi di interesse per un tratto. In questo esempio analizzeremo 90 linee inbred ricombinanti di avena per la loro calorimetria a scansione differenziale media (DSC). Si noti che i due set di dati utilizzati come input per questa analisi, nonché i gruppi di collegamento definiti in tali insiemi, sono stati creati nel post Associazione genetica con Genomica di JMP, parte 4: Mappatura di base del collegamento .
- Dal Genomics Starter menu, selezionare Genetica> Linkage Maps and QTL> QTL Single Marker Analysis .
- Nel Generale scheda, scegli po_ingenotypes_subst. sas7bdat come il Inserire il set di dati SAS .
- Si tratta di un ampio set di dati contenente 4 misurazioni DSC medie e ~ 450 marker da 90 linee di avena.
- Dal Variabili disponibili casella, selezionare le quattro variabili "MEAN_DSC" e spostarle nel Trait Variables
- Inserisci "GMI:" nel Specifica dello stile elenco delle variabili dell'indicatore campo per designare ogni colonna che inizia con "GMI" come una colonna contenente i dati del marker.
- Specificare un Cartella di output .
- Nel Annotazione scheda, scegliere po_ingenotypes_lmo_subset. sas7bdat come il Set di dati SAS annotazione .
- Selezionare lgroup come il Cromosoma , _MarkerName_ come il Etichetta Marker , e cM_Haldane come il Posizione dell'indicatore .
- Nel Opzioni scheda, impostare uno standard Alfa livello di 05 .
- Selezionare Genotipi numerici come il Formato delle variabili dell'indicatore .
- Clic Correre nella parte inferiore della finestra per iniziare l'analisi.
risultati
- La finestra di output iniziale visualizza quattro istogrammi. Uno per ciascuno dei quattro mezzi DSC misurati nel set di dati di input. Questi istogrammi mostrano il numero di marcatori significativi in ciascun gruppo di collegamento per il tratto specificato.
- Il gruppo di collegamento 28 sembra avere diversi marcatori significativi per ciascun tratto. Per ispezionare ulteriormente questi indicatori, fare clic su Tendenza pulsante sotto Visualizza il diagramma di Venn dei marcatori significativi nel Drill Downs. Apparirà un diagramma di Venn che mostra i 25 indicatori e le caratteristiche per cui sono significativi. Per creare un sottoinsieme di questi marcatori, fare clic su uno qualsiasi dei numeri diversi da zero nel diagramma di venn e selezionare Mostra righe selezionate .
- Nel Trama di Manhattan tab, viene fornito un diagramma di manhattan per ogni tratto con marcatori significativi per ciascun gruppo di collegamento mostrato sopra la linea rossa tratteggiata (che rappresenta il livello alfa 0,05). Passa il mouse sopra i punti su ciascun grafico per vedere il nome del marcatore.
- Il Tutti i grafici P-Value scheda fornisce una trama di singoli marcatori in ciascun gruppo di collegamento per ogni tratto.
- Il Volcano Plots tab mostra il significato di ogni marcatore con marcatori significativi per ciascun gruppo di collegamento mostrato sopra la linea rossa tratteggiata e punta a sinistra dei grafici che rappresentano un aumento dell'incidenza dell'allele minore e punta a destra dei grafici che rappresentano l'incidenza aumentata del maggiore allele. Selezione di qualsiasi gruppo o gruppo di collegamento dal lgroup il menu a destra evidenzierà solo i punti di quei gruppi nelle trame.
* I report interattivi generati da questo flusso di lavoro possono essere visualizzati su Pubblico JMP .
Sommario
Il QTL Single Marker Analysis strumento è un ottimo modo per eseguire una scansione rapida di un intero set di dati marker per i segnali QTL. Il software esegue una semplice regressione per ciascun marker con valori per ciascun tratto. Per eseguire l'analisi, è necessario un set di dati genotipico con informazioni sui marker e informazioni fenotipiche in formato ampio, nonché un set di dati di annotazione con gruppo di linkage e informazioni sulla posizione. Sottoinsiemi di marcatori di interesse possono essere facilmente creati usando il Drill Downs menu.
Lo strumento di analisi dei singoli indicatori QTL in Genomica di JMP esegue una semplice regressione per correlare i tratti quantitativi con i marker all'interno di un genoma. Questo strumento è un ottimo modo per scansionare un intero set di marcatori e identificare rapidamente i luoghi di interesse per un tratto. In questo esempio analizzeremo 90 linee inbred ricombinanti di avena per la loro calorimetria a scansione differenziale media (DSC). Si noti che i due set di dati utilizzati come input per questa analisi, nonché i gruppi di collegamento definiti in tali insiemi, sono stati creati nel post Associazione genetica con Genomica di JMP, parte 4: Mappatura di base del collegamento . 
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