nav[aria-label="Primary Navigation"] { padding: 0; & ul { list-style: none; width: 100%; display: flex; flex-direction: row; justify-content: start; align-items: start; gap: 30px; padding: 0; & li { margin: 0; } & ul li { list-style: none; } } }

211995_ko-KR

liliconcom

JMP Genomics와의 유전 협회, Part 5 : QTL 단일 마커 분석

QTL 단일 마커 분석 도구 JMP Genomics 정량적 특성을 게놈 내의 마커와 상호 연관시키는 간단한 회귀 분석을 수행합니다. 이 도구는 전체 마커 세트를 스캔하고 특성에 대한 관심 장소를 신속하게 식별 할 수있는 좋은 방법입니다. 이 예에서는 평균 시차 주사 열량계 (DSC)에 대한 귀리의 90 가지 재조합 근친 계통을 분석합니다. 이 분석에 대한 입력으로 사용 된 두 개의 데이터 세트와 그 세트에 정의 된 연결 그룹은 게시물에서 작성되었습니다 JMP Genomics와의 유전 협회, Part 4 : 기본 링키지 매핑 .

로부터 Genomics Starter 메뉴, 선택 Genetics> Linkage Maps 및 QTL> QTL 단일 마커 분석 .
에서 일반 탭, 선택 po_ingenotypes_subst. sas7bdat ~로서 SAS 데이터 세트 입력 .
- 이것은 4 개의 평균 DSC 측정 값과 90 개의 귀리 라인에서 ~ 450 마커를 포함하는 넓은 데이터 세트입니다.
로부터 사용 가능한 변수 상자에서 네 개의 "MEAN_DSC"변수를 선택하고 특성 변수
"GMI :"를 마커 변수 목록 스타일 지정 필드는 "GMI"로 시작하는 모든 열을 마커 데이터가 포함 된 열로 지정합니다.
다음을 지정하십시오. 출력 폴더 .
에서 주석 탭에서 po_ingenotypes_lmo_subset. sas7bdat ~로서 Annotation SAS 데이터 세트 .
- 이 데이터 세트에는 링크 그룹 및 마커 위치가 포함되어 있습니다. JMP Genomics와의 유전 협회, Part 4 : 기본 링키지 매핑 우편.
고르다 LG 그룹 ~로서 염색체 , _ 마커 이름 _ ~로서 마커 라벨 , 및 cM_Haldane ~로서 마커 위치 .
에서 옵션 탭, 표준 설정 알파 수준 05 .
고르다 숫자 형 유전자형 ~로서 마커 변수의 형식 .
딸깍 하는 소리 운영 창 하단에서 분석을 시작하십시오.

결과

초기 출력 창에는 네 개의 히스토그램이 표시됩니다. 입력 데이터 세트에서 측정 된 4 가지 DSC 평균 각각 하나. 이 히스토그램은 지정된 특성에 대한 각 연결 그룹의 중요한 마커의 수를 보여줍니다.
연쇄 그룹 28은 각 형질에 대해 몇 가지 중요한 마커를 갖고있는 것으로 보인다. 이 마커를 자세히 검사하려면 경향 밑에있는 버튼 중요한 마커의 벤 다이어그램보기 ~ 안에 드릴 다운. 25 개의 마커와 어떤 특징이 있는지를 보여주는 도표가 나타납니다. 이러한 표식의 하위 집합을 만들려면 venn 다이어그램에서 0이 아닌 숫자 중 하나를 클릭하고 선택한 행 표시 .

에서 맨해튼 음모 탭에서 맨하탄 음모가 각 특성에 대해 주어지며 점선이있는 빨간색 선 (0.05 알파 수준을 나타냄) 위에 각 연결 그룹에 대한 중요한 표시가 나타납니다. 각 플롯의 점 위로 마우스를 가져 마커 이름을 봅니다.
그만큼 모든 P- 값 플롯 탭은 각 특성에 대한 각 연결 그룹의 개별 마커 플롯을 제공합니다.
그만큼 화산 그림 탭은 각 마커의 중요성을 보여 주며 각 연결 그룹은 점선으로 된 빨간색 선 위에 표시되고 마이너 대립 유전자의 빈도가 증가하는 것을 나타내는 플롯의 왼쪽을 가리키며 큰 부분의 빈도 증가를 나타내는 플롯의 오른쪽을 가리 킵니다 대립 유전자. 모든 연결 그룹을 LG 그룹 오른쪽 메뉴는 플롯에있는 그룹의 포인트 만 강조 표시합니다.

*이 워크 플로에서 생성 된 대화 형 보고서는 다음에서 볼 수 있습니다. JMP 공개 .

개요

그만큼 QTL 단일 마커 분석 도구는 QTL 신호에 대한 전체 마커 데이터 집합을 빠르게 스캔하는 좋은 방법입니다. 소프트웨어는 각 특성에 대한 값이있는 각 마커에 대해 간단한 회귀를 수행합니다. 분석을 수행하기 위해, 마커 정보 및 표현형 정보를 넓은 형식으로 포함하는 유전자형 데이터 세트와 연결 그룹 및 위치 정보가있는 주석 데이터 세트가 필요합니다. 관심있는 표식의 서브 세트는 드릴 다운 메뉴.