Asociación genética con JMP Genomics, Parte 5: Análisis de marcador único QTLLa herramienta QTL Single Marker Analysis en JMP Genomics realiza una regresión simple para correlacionar rasgos cuantitativos con marcadores dentro de un genoma. Esta herramienta es una excelente manera de escanear un conjunto completo de marcadores e identificar rápidamente los lugares de interés para un rasgo. En este ejemplo, analizaremos 90 líneas recombinantes de avena para determinar su calorimetría diferencial de barrido (DSC). Tenga en cuenta que los dos conjuntos de datos utilizados como entrada para este análisis, así como los grupos de vínculos definidos en esos conjuntos, se crearon en la publicación Asociación genética con JMP Genomics, Parte 4: Mapeo de enlaces básicos .
- Desde el Genomics Starter menú, seleccione Genética> Linkage Maps y QTL> QTL Single Marker Analysis .
- En el General pestaña, Elegir po_ingenotypes_subst. sas7bdat como el Conjunto de datos SAS de entrada .
- Este es un amplio conjunto de datos que contiene 4 mediciones medias de DSC y ~ 450 marcadores de 90 líneas de avena.
- Desde el Variables disponibles , seleccione las cuatro variables "MEAN_DSC" y muévalas a la Variables del rasgo
- Introduzca "GMI:" en el Especificación de estilo de lista de variables de marcador campo para designar cada columna que comienza con "GMI" como una columna que contiene datos de marcadores.
- Especifique un Carpeta de salida .
- En el Anotación pestaña, elige po_ingenotypes_lmo_subset. sas7bdat como el Anotación de conjunto de datos SAS .
- Seleccionar LGroup como el Cromosoma , _MarkerName_ como el Etiqueta de marcador y cM_Haldane como el Posición del marcador .
- En el Opciones pestaña, establecer un estándar Alfa nivel de 05 .
- Seleccionar Genotipos Numéricos como el Formato de las variables de marcador .
- Hacer clic correr en la parte inferior de la ventana para comenzar el análisis.
Resultados
- La ventana de salida inicial muestra cuatro histogramas. Uno para cada uno de los cuatro medios DSC medidos en el conjunto de datos de entrada. Estos histogramas muestran el número de marcadores significativos en cada grupo de enlace para el rasgo especificado.
- El grupo de enlace 28 parece tener varios marcadores significativos para cada rasgo. Para inspeccionar estos marcadores más, haga clic en el Tendencia botón debajo Ver el diagrama de Venn de marcadores significativos en el Drill Downs. Aparecerá un diagrama de venn que muestra los 25 marcadores y para qué rasgos son significativos. Para crear un subconjunto de estos marcadores, haga clic en cualquiera de los números que no sean cero en el diagrama de venn y seleccione Mostrar filas seleccionadas .
- En el Terreno Manhattan pestaña, se proporciona una gráfica de Manhattan para cada rasgo con marcadores significativos para cada grupo de enlace que se muestra sobre la línea roja punteada (que representa el nivel alfa de 0.05). Pase el cursor sobre los puntos en cada parcela para ver el nombre del marcador.
- los Todas las parcelas de valor P La pestaña proporciona una gráfica de marcadores individuales en cada grupo de vinculación para cada rasgo.
- los Parcelas de volcanes la pestaña muestra el significado de cada marcador con marcadores significativos para cada grupo de enlace que se muestra sobre la línea roja punteada y señala a la izquierda de las parcelas que representan una mayor incidencia del alelo menor y señala a la derecha de las parcelas que representan una mayor incidencia de la mayor alelo Seleccionando cualquier grupo de enlace o grupos de la LGroup El menú de la derecha resaltará solo los puntos de esos grupos en las parcelas.
* Los informes interactivos generados a partir de este flujo de trabajo se pueden ver en JMP Public .
Resumen
los Análisis de un solo marcador QTL La herramienta es una excelente manera de realizar una exploración rápida de un conjunto completo de datos de marcadores para las señales QTL. El software realiza una regresión simple para cada marcador con valores para cada rasgo. Para llevar a cabo el análisis, se necesita un conjunto de datos de genotipo con información de marcadores e información fenotípica en formato ancho, así como un conjunto de datos de anotación con grupo de enlace e información de posición. Los subconjuntos de marcadores de interés se pueden crear fácilmente usando el Drill downs menú.
La herramienta QTL Single Marker Analysis en JMP Genomics realiza una regresión simple para correlacionar rasgos cuantitativos con marcadores dentro de un genoma. Esta herramienta es una excelente manera de escanear un conjunto completo de marcadores e identificar rápidamente los lugares de interés para un rasgo. En este ejemplo, analizaremos 90 líneas recombinantes de avena para determinar su calorimetría diferencial de barrido (DSC). Tenga en cuenta que los dos conjuntos de datos utilizados como entrada para este análisis, así como los grupos de vínculos definidos en esos conjuntos, se crearon en la publicación Asociación genética con JMP Genomics, Parte 4: Mapeo de enlaces básicos . 
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