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與JMP基因組學的遺傳關聯，第5部分：QTL單標記分析

QTL單標記分析工具 JMP基因組學進行簡單回歸以將數量性狀與基因組內的標記相關聯。該工具是掃描整組標記并快速識別特徵感興趣的基因座的好方法。在這個例子中，我們將分析90個重組自交系燕麥的平均差示掃描量熱法（DSC）。請注意，用作此分析的輸入的兩個數據集以及這些集合中定義的鏈接組是在帖子中創建的與JMP基因組學的遺傳關聯，第4部分：基本連鎖作圖。

來自基因組學初學者菜單，選擇遺傳學>連鎖圖和QTL> QTL單標記分析 。
在裡面一般選項卡，選擇 po_ingenotypes_subst。 sas7bdat 作為輸入SAS數據集 。
- 這是一個包含4個平均DSC測量值和來自90個燕麥品系的約450個標記的寬數據集。
來自可用變量框，選擇四個“MEAN_DSC”變量並將它們移動到特質變量
輸入“GMI：”進入標記變量的列表式規範字段用於將以“GMI”開頭的每列指定為包含標記數據的列。
指定一個導出目錄 。
在裡面註解選項卡，選擇 po_ingenotypes_lmo_subset。 sas7bdat 作為註釋SAS數據集 。
- 此數據集包含在中創建的鏈接組和標記位置與JMP基因組學的遺傳關聯，第4部分：基本連鎖作圖帖子。
選擇的lgroup 作為染色體 ， _MarkerName_ 作為標記標籤 ，和 cM_Haldane 作為標記位置 。
在裡面選項選項卡，設置標準 Α 水平 05 。
選擇數字基因型作為標記變量的格式 。
點擊跑在窗口的底部開始分析。

結果

初始輸出窗口顯示四個直方圖。在輸入數據集中測量的四個DSC裝置中的每一個都是一個。這些直方圖顯示了指定特徵的每個連鎖群中的重要標記的數量。
連鎖群28似乎對每種性狀具有幾個顯著標記。要進一步檢查這些標記，請單擊趨勢按鈕下查看重要標記的維恩圖在裡面 Drill Downs。 將出現一個維恩圖，顯示25個標記以及它們對哪些特徵具有重要意義。要創建這些標記的子集，請單擊維恩圖中的任何非零數字並選擇顯示選定的行 。

在裡面曼哈頓情節在圖中，給出了每個性狀的曼哈頓圖，其中每個連鎖群的顯著標記顯示在紅色虛線上方（代表0.05α水平）。將鼠標懸停在每個繪圖上的點上以查看標記名稱。
該所有P值圖 tab給出了每個性狀的每個連鎖群中各個標記的圖。
該火山地塊表格顯示每個標記的顯著性，每個連鎖群的顯著標記顯示在紅色虛線上方，並且點的左側表示次要等位基因的發生率增加，並且指向右側的點表示主要的發病率增加等位基因。從中選擇任何一個或多個鏈接組的lgroup 右側的菜單將僅突出顯示圖中這些組的點。

*可以查看從此工作流程生成的交互式報告 JMP公眾。

摘要

該 QTL單標記分析工具是一種快速掃描QTL信號的整套標記數據的好方法。該軟件使用每個特徵的值對每個標記進行簡單回歸。為了進行分析，需要具有寬格式的標記信息和表型信息的基因型數據集，以及具有連鎖組和位置信息的註釋數據集。可以使用以下方法輕鬆創建感興趣的標記子集 Drill Downs 菜單。