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Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 5: QTL-Einzelmarkeranalyse

Das Tool zur QTL-Einzelmarkeranalyse in JMP Genomics führt eine einfache Regression durch, um quantitative Merkmale mit Markern innerhalb eines Genoms zu korrelieren. Mit diesem Tool können Sie eine ganze Reihe von Markern scannen und schnell die für ein Merkmal interessanten Stellen identifizieren. In diesem Beispiel analysieren wir 90 rekombinante Inzuchtlinien von Hafer auf ihre mittlere Differential Scanning Calorimetry (DSC). Beachten Sie, dass die beiden für diese Analyse als Eingabe verwendeten Datensätze sowie die in diesen Sätzen definierten Verknüpfungsgruppen im Beitrag erstellt wurden Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 4: Basic Linkage Mapping .

1. Von dem Genomics Starter Menü auswählen Genetik> Verknüpfungskarten und QTL> QTL-Einzelmarkeranalyse .
2. In dem Allgemeines Registerkarte Wählen Sie po_ingenotypes_subst. sas7bdat als die SAS-Datensatz eingeben .
   • Dies ist ein breiter Datensatz, der 4 mittlere DSC-Messungen und ~ 450 Marker von 90 Haferlinien enthält.
3. Von dem Verfügbare Variablen Wählen Sie die vier Variablen "MEAN_DSC" aus und verschieben Sie sie in das Feld Merkmalsvariablen
4. Geben Sie "GMI:" in das Feld ein List-Style-Spezifikation von Marker-Variablen Feld, um jede Spalte, die mit „GMI“ beginnt, als Spalte mit Markierungsdaten zu kennzeichnen.
5. Geben Sie eine an Ausgabeordner .
6. In dem Anmerkung Registerkarte, wählen Sie po_ingenotypes_lmo_subset. sas7bdat als die Anmerkung SAS-Datensatz .
   • Dieser Datensatz enthält die Verknüpfungsgruppen und Markierungspositionen, die im erstellt wurden Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 4: Basic Linkage Mapping Post.
7. Wählen LGroup als die Chromosom , _MarkerName_ als die Marker Label , und cM_Haldane als die Marker Position .
8. In dem Optionen Registerkarte, setzen Sie einen Standard Alpha Niveau von 05 .
9. Wählen Numerische Genotypen als die Format der Markierungsvariablen .
10. Klicken Lauf am unteren Rand des Fensters, um die Analyse zu starten.

Ergebnisse

11. Das anfängliche Ausgabefenster zeigt vier Histogramme an. Eine für jede der vier im Eingabedatensatz gemessenen DSC-Mittelwerte. Diese Histogramme zeigen die Anzahl der signifikanten Marker in jeder Verknüpfungsgruppe für das angegebene Merkmal.
12. Die Verknüpfungsgruppe 28 scheint mehrere signifikante Marker für jedes Merkmal zu haben. Um diese Marker weiter zu überprüfen, klicken Sie auf Trend Knopf unter Venn-Diagramm wichtiger Marker anzeigen in dem Drilldowns. Ein Venn-Diagramm wird angezeigt, in dem die 25 Marker und die Merkmale aufgeführt sind, für die sie von Bedeutung sind. Um eine Teilmenge dieser Marker zu erstellen, klicken Sie auf eine der Zahlen ungleich Null im VENN-Diagramm und wählen Sie Ausgewählte Zeilen anzeigen .

 

13. In dem Manhattan-Anschlag Auf der Registerkarte "Manhattan" wird für jedes Merkmal ein Manhattan-Plot angegeben, wobei für jede Verknüpfungsgruppe über der gepunkteten roten Linie (die das Alpha-Niveau von 0,05 darstellt) signifikante Marker angezeigt werden. Bewegen Sie den Mauszeiger über die Punkte in jedem Diagramm, um den Markierungsnamen anzuzeigen.
14. Das Alle P-Wert-Diagramme Registerkarte gibt eine Darstellung der einzelnen Marker in jeder Verknüpfungsgruppe für jedes Merkmal.
15. Das Vulkan Parzellen Registerkarte zeigt die Signifikanz jedes Markers mit signifikanten Markern für jede Verknüpfungsgruppe, die über der gepunkteten roten Linie angezeigt werden, und zeigt auf der linken Seite der Diagramme, die eine erhöhte Inzidenz des Nebenallels darstellen, und auf der rechten Seite der Diagramme, die eine erhöhte Inzidenz des Hauptallels darstellen Allel. Auswählen einer Verknüpfungsgruppe oder von Verknüpfungsgruppen aus LGroup Das Menü auf der rechten Seite hebt nur Punkte aus diesen Gruppen in den Plots hervor.

* Die aus diesem Workflow generierten interaktiven Berichte können unter angezeigt werden JMP Public .

Zusammenfassung

Das QTL-Einzelmarker-Analyse Mit diesem Tool können Sie einen schnellen Scan eines gesamten Satzes von Markierungsdaten für QTL-Signale durchführen. Die Software führt für jeden Marker eine einfache Regression mit Werten für jedes Merkmal durch. Für die Analyse wird ein Genotypdatensatz mit Markerinformationen und phänotypischen Informationen in großem Format sowie ein Anmerkungsdatensatz mit Verknüpfungsgruppen- und Positionsinformationen benötigt. Untermengen von Markern von Interesse können mit dem einfach erstellt werden Drilldowns Speisekarte.

Das Tool zur QTL-Einzelmarkeranalyse in JMP Genomics führt eine einfache Regression durch, um quantitative Merkmale mit Markern innerhalb eines Genoms zu korrelieren. Mit diesem Tool können Sie eine ganze Reihe von Markern scannen und schnell die für ein Merkmal interessanten Stellen identifizieren. In diesem Beispiel analysieren wir 90 rekombinante Inzuchtlinien von Hafer auf ihre mittlere Differential Scanning Calorimetry (DSC). Beachten Sie, dass die beiden für diese Analyse als Eingabe verwendeten Datensätze sowie die in diesen Sätzen definierten Verknüpfungsgruppen im Beitrag erstellt wurden Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 4: Basic Linkage Mapping .

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