El flujo de trabajo básico de mapeo de vínculos en Genómica JMP Crea mapas de vinculación utilizando datos de marcadores genéticos. El flujo de trabajo incluye la salida del Grupos de recombinación y vinculación, orden del mapa de vinculación, y Visor de mapas de vinculación . Esto incluye el cálculo de frecuencias de recombinación, pruebas de distorsión de segregación, asignación de grupos de vinculación a conjuntos de marcadores, generación de mapas de vinculación visualizados y reordenación de los datos de acuerdo con el mapa de vinculación para el análisis de QTL. Este ejemplo utilizará datos de avena con alrededor de 450 marcadores genéticos de 90 líneas endogámicas de avena recombinantes.
- Desde el Iniciador de genómica ventana, seleccione Flujos de trabajo > Básico > Flujo de trabajo básico de asignación de vínculos para abrir el cuadro de diálogo.
- En el General pestaña, seleccione po_ingenotipos. sas7bdat como el Conjunto de datos SAS de genotipo de entrada .
- Inspeccione los datos, cada marcador es una columna, comenzando en la columna 10. Tenga en cuenta que los genotipos están codificados numéricamente, donde 0 representa un genotipo homocigoto para el alelo mayor y 2 representa un genotipo homocigoto para el alelo menor. Para obtener más información sobre los genotipos codificados numéricamente, consulte Asociación genética con JMP Genomics, Parte 1: Importación y limpieza de datos
- Escriba "GMI:" en el Especificación de estilo de lista de variables de marcador para especificar cada variable que comience con “GMI” como variable marcadora.
- Seleccione un Carpeta de salida .
- En el Opciones pestaña, seleccione Genotipos numéricos como el Formato de variables de marcador .
- El Anotación La pestaña no requiere entrada en este ejemplo y siempre es opcional. Para datos con conjuntos de datos de anotación separados, se pueden ingresar aquí.
- El Mapa marco La pestaña también es opcional. Esta pestaña se utiliza si hay grupos de vinculación predefinidos para un conjunto de marcadores. En este caso, ingrese avena_framework. sas7bdat como el Conjunto de datos del mapa marco .
- Abra el conjunto de datos y observe que 172 de los marcadores ya están ordenados en 22 grupos de marcos conocidos. Cada marcador está ordenado dentro de su correspondiente grupo marco.
- Seleccionar Marcador como el Variable de nombre de marcador de marco , Marco_grupos como el Variable del grupo de vinculación del marco , y Orden_marco como el Variable de orden marco .
- En el Grupos de vinculación pestaña, Seleccionar IRILyo mismo como el Tipo cruzado .
- Esta población experimental es una línea endogámica recombinante cruzada. En la siguiente tabla se muestra una lista de tipos cruzados y sus descripciones.
- Para el número de Generaciones de apareamiento aleatorio antes de la endogamia , ingresar 2 . Este es el número de generaciones de apareamiento aleatorio que ocurrieron entre el cruce inicial y el inicio de la endogamia.
- Si el cruce experimental tiene proporciones de segregación esperadas únicas, se pueden especificar en el Ratios de segregación esperados Las proporciones esperadas para un autocruce de RIL como el de esta población son 0,5: 0: 0,5, que es el valor predeterminado si no se ingresan otros valores.
- Seleccionar FDR como el Método de prueba múltiple para pruebas de segregación . Esto minimiza la tasa de falsos descubrimientos.
- Selecciona el Umbral de fracción de recombinación de agrupación a 25 . Esta será la fracción de recombinación máxima para asignar un marcador a un grupo de enlace. Cuanto menor sea este número, mayor será la cantidad de vinculación que será necesaria para que los marcadores se coloquen dentro del mismo grupo.
- Sobre el Orden del mapa de vinculación pestaña, seleccione Haldane como el Función de mapa . Estos son diferentes métodos para convertir fracciones de recombinación en distancias en centimorgans (cM).
- Marque la casilla para Romper grupos de vínculos entre marcadores con grandes distancias ordenadas . Divida los grupos por Distancia genética y establece eso Valor de ruptura de distancia genética a 40 . Esto significa que si la distancia entre dos marcadores en un grupo de vinculación excede 40, ese grupo se dividirá en más de un grupo de vinculación.
- Deselecciona la casilla al lado de Mostrar gráficos de color de células de genotipo marcador . Esto crea gráficos celulares con cada genotipo representado para cada marcador. Aquí no es necesario y aumenta el tiempo de cálculo.
- Marque la casilla junto a Ejecute el proceso de subconjunto y reordenación de datos genéticos para ordenar datos de marcadores para el análisis de QTL para reordenar los datos según sus grupos de vinculación.
- El conjunto de datos resultante será útil más adelante al realizar Análisis QTL .
- El Visor de mapas de vinculación La pestaña permite cambios en la combinación de colores y el diseño de salida de los mapas de enlace cromosómico 3D. Deje las opciones predeterminadas aquí.
- Seleccionar Correr para comenzar el análisis. Cuando el análisis termina de ejecutarse, lo siguiente Revista JMP aparecerá.
Resultados
- Haga clic en el primer botón de resultados, Grupos de recombinación y vinculación .
- El primer resultado que aparece es el mapa de calor del Resultados del grupo de vinculación . Los bloques rojos en el mapa de calor representan frecuencias de recombinación muy bajas y, por lo tanto, marcadores altamente vinculados. Cada grupo de vinculación (27) aparece a la derecha de la ventana debajo Grupo LG con el número de marcadores en cada grupo mostrado entre paréntesis. Haga clic en cualquiera de los grupos de vinculación en esta lista para mostrar un mapa de calor solo para ese grupo.
- El diagrama de puntos a la izquierda del mapa de calor representa las frecuencias genotípicas. Cuando los puntos están más juntos es más frecuente un genotipo mayor homocigoto, y cuando los puntos están muy separados es más frecuente un genotipo menor homocigoto.
- El Grupos de segregación y vinculación La pestaña muestra una gráfica de las proporciones de segregación para cada uno de los grupos de enlace (creados usando frecuencias de recombinación) y grupos marco (especificados en el conjunto de datos del mapa marco). Los grupos de enlace se representan en el gráfico con puntos y los grupos de estructura con estrellas. Tenga en cuenta que muchos de estos grupos coinciden entre sí. La línea roja punteada representa la significación estadística de los puntos que se encuentran encima de ella. Haga clic en cualquiera de los marcos o grupos de vínculos para resaltarlos en el gráfico.
- Volver a la Revista JMP y seleccione Orden del mapa de vinculación . El resultado resultante es una gráfica de las distancias genéticas en cM de los marcadores en cada grupo de enlace. Los marcadores están coloreados según su grupo de estructura original y el eje x tiene cada grupo de enlace. Ahora hay 37 grupos de vinculación en comparación con el mapa marco original. Esto se debe a la división de grupos con marcadores separados por más de 40 cM.
- En el Profundizaciones menú a la izquierda de la ventana de resultados, cada uno de los grupos de vinculación individuales se puede seleccionar para una inspección más detallada. Seleccionar Grupo de enlace 17 . Se abrirán nuevas ventanas que mostrarán un mapa de calor de cada marcador en ese grupo de vinculación y su frecuencia de recombinación, así como un conjunto de datos con las frecuencias de recombinación entre cada marcador en el grupo. El lugar de cada marcador en el grupo de vinculación se puede ver en el mapa de vinculación horizontal encima del mapa de calor.
- A continuación, regrese al Revista JMP y seleccione el Visor de mapas de vinculación . El Mapa de enlace 3D La salida aparecerá en una nueva ventana. Este resultado ofrece una visualización de cada grupo de vinculación, con posiciones anotadas a la izquierda y nombres de marcadores a la derecha. Los controles deslizantes en la parte superior de la ventana ajustan la estética de los mapas. A continuación se muestra el mapa del grupo de enlace 2.
- La última salida del Revista JMP es el Subconjunto y reordenamiento de datos genéticos, que son a la vez un genotipo ( po_ingenotipos. sas7bdat ) y una anotación ( po_ingenotypes_lmo_sr.sas7bdat ) conjunto de datos que se puede utilizar para el análisis QTL. Estos conjuntos de datos se guardarán en el Carpeta de salida designado en el General pestaña. A continuación se muestra el conjunto de anotaciones con 453 marcadores y datos de vinculación para cada uno.
*Los informes interactivos generados a partir de este flujo de trabajo se pueden ver en Público JMP .
Resumen
El flujo de trabajo de mapeo de vínculos básico realiza varios análisis útiles utilizando frecuencias de recombinación para colocar marcadores en grupos de vínculos, calcular sus índices de segregación y mostrar mapas de vínculos. En este ejemplo, comenzamos con datos de marcadores y un mapa de marco que asignaba ciertos marcadores a grupos de marco predeterminados. Tenga en cuenta que el mapa de marco, así como los datos de anotaciones, no son necesarios para ejecutar el flujo de trabajo de mapeo de vínculos. Ahora que cada marcador se ha colocado en un grupo de enlace y se han estimado las distancias entre cada marcador, se puede realizar el análisis QTL. Para obtener información sobre ese proceso, consulte la publicación titulada Asociación genética con JMP Genomics, Parte 5: Análisis de marcador único QTL .
