Le workflow de mappage de liens de base dans JMP Génomique crée des cartes de liaison à l'aide de données de marqueurs génétiques. Le flux de travail inclut la sortie du Groupes de recombinaison et de liaison, ordre des cartes de liaison, et Visionneuse de cartes de liaison . Cela comprend le calcul des fréquences de recombinaison, le test de la distorsion de ségrégation, l'attribution de groupes de liaison à des ensembles de marqueurs, la génération de cartes de liaison visualisées et la réorganisation des données en fonction de la carte de liaison pour l'analyse QTL. Cet exemple utilisera des données sur l'avoine avec environ 450 marqueurs génétiques provenant de 90 lignées d'avoine consanguines recombinantes.
- Du Débutant en génomique fenêtre, sélectionnez Workflows > De base > Workflow de mappage de liens de base pour ouvrir la boîte de dialogue.
- Dans le Général onglet, sélectionnez po_ingenotypes. sas7bdat comme le Ensemble de données SAS de génotype d'entrée .
- Tapez « GMI : » dans le champ Spécification de style liste des variables de marqueur champ pour spécifier chaque variable commençant par « GMI » comme variable de marqueur.
- Sélectionnez un Dossier de sortie .
- Dans le Possibilités onglet, sélectionnez Génotypes numériques comme le Format des variables de marqueur .
- Le Annotation L'onglet ne nécessite aucune saisie dans cet exemple et est toujours facultatif. Pour les données comportant des ensembles de données d'annotation distincts, elles peuvent être saisies ici.
- Le Carte du cadre L'onglet est également facultatif. Cet onglet est utilisé s'il existe des groupes de liaison prédéfinis pour un ensemble de marqueurs. Dans ce cas, saisissez oat_framework. sas7bdat comme le Ensemble de données cartographiques-cadres .
- Ouvrez l'ensemble de données et remarquez que 172 des marqueurs sont déjà triés en 22 groupes de cadres connus. Chaque marqueur est classé dans son groupe de cadres correspondant.
- Sélectionner Marqueur comme le Variable de nom de marqueur de cadre , Framework_Groups comme le Variable de groupe de liaison de cadre , et Cadre_Ordre comme le Variable d'ordre-cadre .
- Dans le Groupes de liaison onglet, Sélectionner IRILlui-même comme le Type croisé .
- Cette population expérimentale est une lignée consanguine recombinante croisée. Une liste des types de croisements et leurs descriptions est présentée dans le tableau ci-dessous.
- Pour le nombre de Générations d'accouplement aléatoires avant la consanguinité , entrer 2 . Il s'agit du nombre de générations d'accouplements aléatoires intervenus entre le croisement initial et le début de la consanguinité.
- Si le croisement expérimental a des taux de ségrégation attendus uniques, ils peuvent être spécifiés dans le Ratios de ségrégation attendus Les ratios attendus pour un auto-croisement RIL comme celui de cette population sont de 0,5 : 0 : 0,5 -- ce qui est la valeur par défaut si aucune autre valeur n'est saisie.
- Sélectionner RAD comme le Méthode de tests multiples pour les tests de ségrégation . Cela minimise le taux de fausses découvertes.
- Met le Seuil de fraction de recombinaison de regroupement à 25 . Ce sera la fraction de recombinaison maximale pour attribuer un marqueur à un groupe de liaison. Plus ce nombre est bas, plus le nombre de liens nécessaires pour que les marqueurs soient placés dans le même groupe est important.
- Sur le Ordre des cartes de liaison onglet, sélectionnez Haldane comme le Fonction de carte . Il s'agit de différentes méthodes permettant de convertir les fractions de recombinaison en distance en centimorgans (cM).
- Cochez la case pour Rompre les groupes de liaison entre les marqueurs avec de grandes distances ordonnées . Répartissez les groupes par Distance génétique et réglez cela Valeur de rupture de distance génétique à 40 . Cela signifie que si la distance entre deux marqueurs dans un groupe de liaison dépasse 40, ce groupe sera divisé en plusieurs groupes de liaison.
- Décochez la case à côté de Afficher les tracés de couleur des cellules du génotype marqueur . Cela crée des parcelles cellulaires avec chaque génotype représenté pour chaque marqueur. Ce n'est pas nécessaire ici et cela augmente le temps de calcul.
- Cochez la case à côté Exécutez le processus de sous-ensemble et de réorganisation des données génétiques pour commander les données de marqueur pour l'analyse QTL pour réorganiser les données en fonction de leurs groupes de liaison.
- L'ensemble de données résultant sera utile plus tard lors de l'exécution Analyse QTL .
- Le Visionneuse de cartes de liaison L'onglet permet de modifier la palette de couleurs et la disposition de sortie des cartes de liaison chromosomique 3D. Laissez les options par défaut ici.
- Sélectionner Courir pour commencer l'analyse. Une fois l'analyse terminée, les éléments suivants Journal JMP apparaîtra.
Résultats
- Cliquez sur le premier bouton de résultats, Groupes de recombinaison et de liaison .
- La première sortie à apparaître est la carte thermique du Résultats du groupe de liaison . Les blocs rouges dans la carte thermique représentent des fréquences de recombinaison très faibles et donc des marqueurs hautement liés. Chaque groupe de liaison (27) est répertorié à droite de la fenêtre sous LGroupe avec le nombre de marqueurs dans chaque groupe indiqué entre parenthèses. Cliquez sur l'un des groupes de liaison de cette liste pour afficher une carte thermique pour ce groupe uniquement.
- Le dotplot à gauche de la carte thermique représente les fréquences des génotypes. Lorsque les points sont plus rapprochés, un génotype majeur homozygote est plus fréquent, et lorsque les points sont éloignés, un génotype mineur homozygote est plus fréquent.
- Le Groupes de ségrégation et de liaison L'onglet affiche un tracé des taux de ségrégation pour chacun des groupes de liaison (créés à l'aide des fréquences de recombinaison) et des groupes-cadres (spécifiés dans l'ensemble de données de la carte-cadre). Les groupes de liaison sont représentés sur le tracé par des points et les groupes de charpente par des étoiles. Notez que bon nombre de ces groupes coïncident les uns avec les autres. La ligne pointillée rouge représente la signification statistique des points situés au-dessus. Cliquez sur l’un des groupes de cadres ou de liens pour les mettre en surbrillance dans le tracé.
- Retour au Journal JMP et sélectionnez Ordre des cartes de liaison . Le résultat obtenu est un tracé des distances génétiques en cM des marqueurs dans chaque groupe de liaison. Les marqueurs sont colorés en fonction de leur groupe de structure d'origine et l'axe des X comporte chaque groupe de liaison. Il existe désormais 37 groupes de liaison, contrairement à la carte-cadre originale. Cela est dû à la division des groupes dont les marqueurs sont espacés de plus de 40 cM.
- Dans le Explorations approfondies à gauche de la fenêtre de sortie, chacun des groupes de liaison individuels peut être sélectionné pour une inspection plus approfondie. Sélectionner Groupe de liaison 17 . De nouvelles fenêtres s'ouvriront montrant une carte thermique de chaque marqueur de ce groupe de liaison et sa fréquence de recombinaison ainsi qu'un ensemble de données avec les fréquences de recombinaison entre chaque marqueur du groupe. La place de chaque marqueur dans le groupe de liaison est visible sur la carte de liaison horizontale au-dessus de la carte thermique.
- Ensuite, revenez au Journal JMP et sélectionnez le Visionneuse de cartes de liaison . Le Carte de liaison 3D la sortie apparaîtra dans une nouvelle fenêtre. Cette sortie donne une visualisation de chaque groupe de liaison, avec les positions annotées à gauche et les noms de marqueurs à droite. Les curseurs en haut de la fenêtre ajustent l'esthétique des cartes. Vous trouverez ci-dessous la carte du groupe de liaison 2.
- La dernière sortie du Journal JMP est le Sous-ensemble et réorganisation des données génétiques, qui sont à la fois un génotype ( po_ingenotypes. sas7bdat ) et une annotation ( po_ingenotypes_lmo_sr.sas7bdat ) ensemble de données pouvant être utilisé pour l'analyse QTL. Ces ensembles de données seront enregistrés dans le Dossier de sortie désigné dans le Général languette. Vous trouverez ci-dessous l'ensemble d'annotations avec 453 marqueurs et données de liaison pour chacun.
*Les rapports interactifs générés à partir de ce workflow peuvent être consultés sur JMP Public .
Résumé
Le workflow de cartographie de liaison de base effectue plusieurs analyses utiles à l'aide de fréquences de recombinaison pour placer des marqueurs dans des groupes de liaison, calculer leurs taux de ségrégation et afficher des cartes de liaison. Dans cet exemple, nous avons commencé avec des données de marqueurs et une carte-cadre qui attribuait certains marqueurs à des groupes de cadres prédéterminés. Notez que la carte-cadre, ainsi que les données d'annotation, ne sont pas requises pour exécuter le workflow de mappage de liens. Maintenant que chaque marqueur a été placé dans un groupe de liaison et que les distances entre chaque marqueur ont été estimées, l'analyse QTL peut être effectuée. Pour plus d'informations sur ce processus, voir l'article intitulé Association génétique avec JMP Genomics, partie 5 : analyse de marqueur unique QTL .
