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與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 4 部分：基本連鎖圖譜

基本連結映射工作流程JMP基因組學使用遺傳標記資料建立連鎖圖。 工作流程包括來自重組與連鎖群、連鎖圖順序、和聯動地圖檢視器。 這包括計算重組頻率、測試分離扭曲、將連鎖群分配給標記組、產生可視化連鎖圖譜以及根據 QTL 分析的連鎖圖譜重新排序資料。 此範例將使用來自 90 個重組自交燕麥品系的約 450 個遺傳標記的燕麥資料。

1. 來自基因組學入門視窗，選擇工作流程 > 基本 > 基本連結映射工作流程開啟對話框。
2. 在裡面一般的選項卡，選擇po_ingenotypes。 sas7bdat作為輸入基因型 SAS 資料集。
   • 檢查數據，每個標記都是一列，從第 10 列開始。 注意，基因型以數字編碼，0代表主要等位基因的純合基因型，2代表次要等位基因的純合基因型。 有關數字編碼基因型的更多信息，請參閱與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 1 部分：導入和清理數據

      

3. 輸入“GMI：”到標記變數的列表式規範欄位指定以“GMI”開頭的每個變數作為標記變數。
4. 選擇一個匯出目錄。
5. 在裡面選項選項卡，選擇數位基因型作為標記變數的格式。
6. 這註解在此範例中，選項卡不需要輸入，並且始終是可選的。 對於具有單獨註釋資料集的數據，可以在此處輸入它們。
7. 這框架圖選項卡也是可選的。 如果一組標記有預先定義的連鎖群組，則使用此選項卡。 在這種情況下，輸入燕麥框架。 sas7bdat作為框架圖資料集。
   • 開啟資料集，您會發現 172 個標記已被分類到 22 個已知框架組中。 每個標記都在其相應的框架組內排序。
8. 選擇標記作為框架標記名稱變數,框架_組作為框架聯動組變量， 和框架_訂單作為框架順序變數。
9. 在裡面連動組選項卡，選擇IRILself作為十字型。
   • 此實驗群體為雜交重組自交系。 下表顯示了交叉類型及其描述的清單。
10. 對於數量近親繁殖前的隨機交配世代， 進入2 。 這是在初始雜交和近親繁殖開始之間發生的隨機交配的代數。
11. 如果實驗雜交具有獨特的預期分離比，則可以在預期分離率RIL 自交（如該群體中的自交）的預期比率為 0.5 : 0 : 0.5 - 如果未輸入其他值，則這是預設值。
12. 選擇羅斯福作為分離測試的多重測試方法。 這最大限度地減少了錯誤發現率。
13. 設定分組重組分數閾值到25 。 這將是用於將標記分配給連鎖組的最大重組分數。 該數字越低，將標記放置在同一組中所需的連鎖量就越大。
14. 上聯動圖順序選項卡，選擇霍爾丹作為地圖功能。 這些是將重組分數轉換為以厘摩 (cM) 為單位的距離的不同方法。
15. 選中該框以打破具有大有序距離的標記之間的連鎖組。 透過以下方式將組分開遺傳距離並設定遺傳距離突破值到40 。 這意味著如果連鎖群中兩個標記之間的距離超過 40，則該連鎖群將被分成多個連鎖群。
16. 取消選擇旁邊的框顯示標記基因型細胞顏色圖。 這將創建細胞圖，其中每個標記代表每個基因型。 這裡沒有必要，會增加計算時間。
17. 選取旁邊的方塊運行子集和重新排序遺傳數據過程以排序用於 QTL 分析的標記數據根據其連結組對資料重新排序。
    • 生成的資料集在稍後執行時會很方便QTL分析。
18. 這聯動地圖檢視器選項卡允許更改 3D 染色體連鎖圖的配色方案和輸出佈局。 此處保留預設選項。
19. 選擇跑步開始分析。 分析運行完成後，出現以下結果JMP期刊會出現。

結果

20. 點選第一個結果按鈕，重組和連鎖群。
21. 第一個出現的輸出是熱圖聯動組結果。 熱圖中的紅色塊代表非常低的重組頻率，因此代表高度連鎖的標記。 每個連結組 (27) 都列在視窗右側的下面L集團括號中顯示每組中的標記數。 按一下此清單中的任何連結群組可僅顯示該群組的熱圖。
22. 熱圖左側的點圖代表基因型頻率。 當點靠得更近時，純合的主要基因型更頻繁，而當點遠離時，純合的次要基因型更頻繁。
23. 這分離和連鎖群標籤顯示每個連鎖組（使用重組頻率建立）和框架組（在框架圖資料集中指定）的分離比圖。 連鎖基團在圖中以點表示，框架基團以星星表示。 請注意，其中許多組彼此一致。 紅色虛線表示其上方的點具有統計顯著性。 點擊任何框架或連結群組以在圖中突出顯示它們。
24. 返回JMP期刊並選擇聯動圖順序。 所得輸出是每個連鎖群中標記的遺傳距離（以 cM 為單位）的圖。 標記根據其原始框架組著色，x 軸具有每個連鎖組。 與原始框架圖相比，現在有 37 個連鎖群。 這是由於標記間隔大於 40 cM 的組分裂所致。
25. 在裡面深入研究在輸出視窗左側的選單中，可以選擇每個單獨的連結組以進行進一步檢查。 選擇連動組17 。 將開啟新窗口，顯示該連鎖組中每個標記的熱圖及其重組頻率，以及包含該組中每個標記之間重組頻率的資料集。 每個標記在連鎖組中的位置可以在熱圖上方的水平連鎖圖上看到。

      

26. 接下來，回到JMP期刊並選擇聯動地圖瀏覽器。 這3D聯動圖輸出將出現在新視窗中。 此輸出給出了每個連鎖組的可視化，其中位置註釋在左側，標記名稱在右側。 視窗頂部的滑桿可調整地圖的美觀程度。 下面是連鎖群2的圖。
27. 最後的輸出來自JMP期刊是個遺傳資料的子集和重新排序，它們都是基因型（ po_ingenotypes。 sas7bdat ）和註釋（ po_ingenotypes_lmo_sr.sas7bdat ）可用於QTL分析的資料集。 這些數據集將被保存到匯出目錄指定於一般的標籤。 以下是包含 453 個標記和每個標記的連鎖資料的註解集。

*從此工作流程產生的互動式報告可以在JMP 公共。

概括

基本連鎖圖譜工作流程使用重組頻率執行多項有用的分析，將標記放入連鎖組中，計算其分離比，並顯示連鎖圖譜。 在此範例中，我們從標記資料和框架圖開始，該框架圖將某些標記指派給預定的框架組。 請注意，執行連結映射工作流程不需要框架圖以及註釋資料。 現在每個標記已放入連鎖群中並且每個標記之間的距離已被估計，可以進行QTL分析。 有關該過程的信息，請參閱標題為“與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 5 部分：QTL 單標記分析。

基本連結映射工作流程JMP基因組學使用遺傳標記資料建立連鎖圖。 工作流程包括來自重組與連鎖群、連鎖圖順序、和聯動地圖瀏覽器。 這包括計算重組頻率、測試分離扭曲、將連鎖群分配給標記組、產生視覺化連鎖圖譜，以及根據 QTL 分析的連鎖圖譜重新排序資料。 此範例將使用來自 90 個重組自交燕麥品系的約 450 個遺傳標記的燕麥資料。