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与 JMP Genomics 的遗传关联，第 4 部分：基本连锁图谱

基本链接映射工作流程JMP基因组学使用遗传标记数据创建连锁图。 工作流程包括来自重组和连锁群、连锁图顺序、和联动地图查看器。 这包括计算重组频率、测试分离扭曲、将连锁群分配给标记组、生成可视化连锁图谱以及根据 QTL 分析的连锁图谱重新排序数据。 此示例将使用来自 90 个重组自交燕麦品系的约 450 个遗传标记的燕麦数据。

1. 来自基因组学入门窗口，选择工作流程 > 基本 > 基本链接映射工作流程打开对话框。
2. 在里面一般的选项卡，选择po_ingenotypes。 sas7bdat作为输入基因型 SAS 数据集。
   • 检查数据，每个标记都是一列，从第 10 列开始。 注意，基因型用数字编码，0代表主要等位基因的纯合基因型，2代表次要等位基因的纯合基因型。 有关数字编码基因型的更多信息，请参阅与 JMP Genomics 的遗传关联，第 1 部分：导入和清理数据

      

3. 输入“GMI：”到标记变量的列表式规范字段指定以“GMI”开头的每个变量作为标记变量。
4. 选择一个导出目录。
5. 在里面选项选项卡，选择数字基因型作为标记变量的格式。
6. 这注解在此示例中，选项卡不需要输入，并且始终是可选的。 对于具有单独注释数据集的数据，可以在此处输入它们。
7. 这框架图选项卡也是可选的。 如果一组标记有预定义的连锁组，则使用此选项卡。 在这种情况下，输入燕麦框架。 sas7bdat作为框架图数据集。
   • 打开数据集，您会发现 172 个标记已被分类到 22 个已知框架组中。 每个标记都在其相应的框架组内排序。
8. 选择标记作为框架标记名称变量,框架_组作为框架联动组变量， 和框架_订单作为框架顺序变量。
9. 在里面联动组选项卡，选择IRILself作为十字型。
   • 该实验群体是杂交重组自交系。 下表显示了交叉类型及其描述的列表。
10. 对于数量近亲繁殖前的随机交配世代， 进入2 。 这是在初始杂交和近亲繁殖开始之间发生的随机交配的代数。
11. 如果实验杂交具有独特的预期分离比，则可以在预期分离率RIL 自交（如该群体中的自交）的预期比率为 0.5 : 0 : 0.5 - 如果未输入其他值，则这是默认值。
12. 选择罗斯福作为分离测试的多重测试方法。 这最大限度地减少了错误发现率。
13. 设置分组重组分数阈值到25 。 这将是用于将标记分配给连锁组的最大重组分数。 该数字越低，将标记放置在同一组内所需的连锁量就越大。
14. 上联动图顺序选项卡，选择霍尔丹作为地图功能。 这些是将重组分数转换为以厘摩 (cM) 为单位的距离的不同方法。
15. 选中该框以打破具有大有序距离的标记之间的连锁组。 通过以下方式将组分开遗传距离并设置遗传距离突破值到40 。 这意味着如果连锁群中两个标记之间的距离超过 40，则该连锁群将被分成多个连锁群。
16. 取消选择旁边的框显示标记基因型细胞颜色图。 这将创建细胞图，其中每个标记代表每个基因型。 这里没有必要，并且会增加计算时间。
17. 选中旁边的框运行子集和重新排序遗传数据过程以排序用于 QTL 分析的标记数据根据其链接组对数据重新排序。
    • 生成的数据集在稍后执行时会很方便QTL分析。
18. 这联动地图查看器选项卡允许更改 3D 染色体连锁图的配色方案和输出布局。 此处保留默认选项。
19. 选择跑步开始分析。 分析运行完成后，出现以下结果JMP期刊会出现。

结果

20. 单击第一个结果按钮，重组和连锁群。
21. 第一个出现的输出是热图联动组结果。 热图中的红色块代表非常低的重组频率，因此代表高度连锁的标记。 每个链接组 (27) 都列在窗口右侧的下面L集团括号中显示每组中的标记数。 单击此列表中的任何链接组可仅显示该组的热图。
22. 热图左侧的点图代表基因型频率。 当点靠得更近时，纯合的主要基因型更频繁，而当点远离时，纯合的次要基因型更频繁。
23. 这分离和连锁群选项卡显示每个连锁组（使用重组频率创建）和框架组（在框架图数据集中指定）的分离比图。 连锁基团在图中用点表示，框架基团用星表示。 请注意，其中许多组彼此一致。 红色虚线表示其上方的点具有统计显着性。 单击任何框架或链接组以在图中突出显示它们。
24. 返回到JMP期刊并选择联动图顺序。 所得输出是每个连锁群中标记的遗传距离（以 cM 为单位）的图。 标记根据其原始框架组着色，x 轴具有每个连锁组。 与原始框架图相比，现在有 37 个连锁群。 这是由于标记间隔大于 40 cM 的组分裂所致。
25. 在里面深入研究在输出窗口左侧的菜单中，可以选择每个单独的链接组以进行进一步检查。 选择联动组17 。 将打开新窗口，显示该连锁组中每个标记的热图及其重组频率，以及包含该组中每个标记之间重组频率的数据集。 每个标记在连锁组中的位置可以在热图上方的水平连锁图上看到。

      

26. 接下来，返回到JMP期刊并选择联动地图查看器。 这3D联动图输出将出现在新窗口中。 此输出给出了每个连锁组的可视化，其中位置注释在左侧，标记名称在右侧。 窗口顶部的滑块可调整地图的美观程度。 下面是连锁群2的图。
27. 最后的输出来自JMP期刊是个遗传数据的子集和重新排序，它们都是基因型（ po_ingenotypes。 sas7bdat ）和注释（ po_ingenotypes_lmo_sr.sas7bdat ）可用于QTL分析的数据集。 这些数据集将被保存到导出目录指定于一般的标签。 下面是包含 453 个标记和每个标记的连锁数据的注释集。

*从此工作流程生成的交互式报告可以在JMP 公共。

概括

基本连锁图谱工作流程使用重组频率执行多项有用的分析，将标记放入连锁组中，计算其分离比，并显示连锁图谱。 在此示例中，我们从标记数据和框架图开始，该框架图将某些标记分配给预定的框架组。 请注意，运行链接映射工作流程不需要框架图以及注释数据。 现在每个标记已被放入连锁群中并且每个标记之间的距离已被估计，可以进行QTL分析。 有关该过程的信息，请参阅标题为“与 JMP Genomics 的遗传关联，第 5 部分：QTL 单标记分析。

基本链接映射工作流程JMP基因组学使用遗传标记数据创建连锁图。 工作流程包括来自重组和连锁群、连锁图顺序、和联动地图浏览器。 这包括计算重组频率、测试分离扭曲、将连锁群分配给标记组、生成可视化连锁图谱，以及根据 QTL 分析的连锁图谱重新排序数据。 此示例将使用来自 90 个重组自交燕麦品系的约 450 个遗传标记的燕麦数据。