SAS,JMP和JMP Genomics团队于5月24日至25日在SAS校园举办了第七次面对面的MicroArray质量控制(MAQC)联盟会议。在过去几年中,MAQC吸引了生物技术和制药,芯片制造商和分析提供商的思想领袖的极大关注,包括SAS的开发人员和测试人员,特别是由Russ Wolfinger领导的JMP Genomics团队的成员。
SAS执行副总裁兼JMP开发人员John Sall周四早上为MAQC会议提供了开场白,并评论了SAS在生命科学领域的悠久历史。他还分享了一些关于SAS历史的有趣的花絮,特别是举办会议的Building V的历史,该会议以前都是视频游戏开发和运动商业广告的制作!也许我只是SAS的新人,已经在这里待了一年,但是Building V历史中的那些章节对我来说都是新闻......
已经要求MAQC会议的与会者保持对科学报告内容的保密,因为它们将成为未来出版物的基础。但是,MAQC的目标无论如何都不是秘密。他们清楚地说明了 FDA主页为MAQC :“MAQC项目的目的是为微阵列社区提供质量控制工具,以避免程序失败,并通过向公众提供大量参考数据集以及易于获取的参考RNA样本来制定微阵列数据分析指南。”
JMP Genomics团队和SAS的其他团队参加了去年9月在Nature Biotechnology上发表的MAQC第一阶段的几篇论文,并参与了第二阶段数据集的分析工作。第二阶段的一个总体目标是提供有关使用基因组数据构建稳健预测模型的方法的指导。再加上用户对JMP Genomics中扩展预测建模的需求,该MAQC目标有助于推动JMP Genomics 3.0大大扩展的预测建模功能的开发。开发团队添加了径向基础机器流程和交叉验证模型比较平台,可轻松比较大型预测模型组(同一类型和不同类型的模型)的性能。在过去的几个月里,这些能力已经非常清楚,这些能力使JMP Genomics在基因组分析领域的竞争中脱颖而出。
从我的角度来看,MAQC参与者对可用于分析基因组学数据的统计技术和方法有很大的科学兴趣,但也真正希望看到优质的基因组学数据用于有益于人类健康并支持药物开发过程。随着将基因组学数据(VGDS)自愿提交到药物批准过程中,FDA明确希望对基因组学数据分析进行更严格的分析过程探索和标准化。MAQC的FDA协调员已经介入以促进该领域的研究,科学家和软件开发人员都可以从他们的研究结果和出版物中学到很多东西。
在SAS举行的MAQC会议上,一项特别令人兴奋的公共发展是MAQC全基因组协会(WGA)研究小组的宣布。同 JMP Genomics 3.0 ,我们支持分析一些非常大的WGA数据集。我们最近使用500k个SNP基因型对4000个样本进行了基准测试,其中一些基因型为4000个样本中的每个样本提供了高达100万个SNP。我毫不怀疑SAS和JMP Genomics开发人员将积极参与WGA研究小组的未来发展方向,并将他们所学到的知识融入到JMP Genomics中令人惊叹的遗传学分析能力的未来改进中。
我个人感谢John Sall,JMP Marketing以及SAS的所有其他人,他们帮助计划并支持这个为期两天的重要活动!