L'analisi dell'associazione QK è stata sviluppata per eseguire la mappatura dell'associazione controllando la struttura della popolazione e/o la parentela familiare. La "QK" in questo nome si riferisce ai due tipi di informazioni che vengono incluse nel modello. La matrice Q contiene informazioni sulla struttura della popolazione (cfr Parte 3b: Matrice della struttura della popolazione ). La matrice K contiene informazioni più dettagliate sulla parentela, solitamente misure IBD calcolate dai dati del marcatore (Vedi Parte 3a: Matrice delle relazioni basata sui marcatori ).
Come in altri tipi di mappatura delle associazioni, nell'analisi delle associazioni QK viene creato un modello statistico individuale per ciascun marcatore, utilizzando il tratto come variabile dipendente e il marcatore come variabile indipendente. In questi modelli sono incluse anche le variabili che costituiscono le matrici Q e K: le variabili Q come effetti fissi e le variabili K come effetti casuali. Le variabili Q o K possono essere omesse dai modelli, come desiderato.
Per eseguire l'analisi dell'associazione QK in Genomica di JMP , sono necessarie tre cose: un file di dati contenente i tratti da analizzare, i genotipi marcatori e le variabili Q e K da utilizzare nell'analisi. Un set di dati di annotazione è facoltativo.
- Usa il File > Apri comando per aprire il file unito dei risultati PCA, chiamato uscita_pca_pcm. sas7bdat
- Anche Aprire il file con la "radice quadrata" della matrice IBD da Matrice di relazione procedura, chiamata rice_genos_recgeno_rm. sas7bdat .
- Si noti che questo file deve essere sostituito con il file di matrice K compresso, rice_genos_recgeno_ibd_kc. sas7bdat , se applicabile.
- Con il dossier rice_genos_recgeno_ibd_kc. sas7bdat in primo piano, seleziona Tabelle > Unisci .
- Nella casella in alto a sinistra, seleziona il file uscita_pca_pcm. sas7bdat
- Seleziona la casella etichettata Unisci colonne con lo stesso nome
- Seleziona la variabile GID nei due Colonne di origine caselle, quindi fare clic su Incontro
- Assegna il Nome della tabella di output come core_qk .
- Clic OK per creare il nuovo file unito.
- Quando viene visualizzato il nuovo file di dati, selezionare File > Salva con nome...
- Cambiare il Salva come tipo opzione a Set di dati SAS e clicca Salva
- Dal Iniziatore di genomica menù, scegli Genetica > Altri test di associazione > Modello misto QK.
- Scegliere core_qk. sas7bdat come la Immettere il set di dati SAS .
- Selezionare GW come la Variabile di tratto .
- accedere recgeno: nella casella sotto Specifica in stile elenco delle variabili SNP .
- Scegli un Cartella di output .
- Sul Q e K scheda, digitare pc: nel Specifica in stile elenco delle variabili della matrice Q casella e tipo IBD: nel Specifica in stile elenco delle variabili radice quadrata della matrice K
- Se si utilizza la matrice K compressa, selezionare la casella La matrice K è compressa .
- Sul Variabili del modello scheda, selezionare Continuo per Tipo di Tratto. Non ci sono effetti aggiuntivi in questo set di dati.
- Il Selezione del modello La scheda consente l'implementazione di un modello multimarcatore, basato su marcatori ruotati e variabili fenotipiche. Quando selezionato, l'utente può scegliere tra metodi come ElasticNet, Stepwise, e LASSO . In questo esempio non adatteremo un modello multi-marcatore.
- Sul Annotazione scheda, Scegli rice_anno_recgeno. sas7bdat come la Set di dati SAS di annotazione .
- Compila il Annotazione scheda con RS_RG come la Etichetta di annotazione Variabile , cromo come la Variabile del gruppo di annotazioni , pos come la Variabile di posizione dell'annotazione , e _Allele Maggiore_ come la Annotazione Allele Maggiore Variabile .
- Sul Opzioni scheda, modificare il file Formato delle variabili SNP a Genotipi numerici .
- Per un tempo di elaborazione più breve, deselezionare il Genotipo Prova di associazione . Facoltativamente, il Genotipo test esegue test chi-quadrato basati sui genotipi, dove il Tendenza test esegue un test di Cochran-Armitage.
- Clic Correre per iniziare l'analisi.
Risultati
- Quando si apre il dashboard dei risultati, il file Grafico riassuntivo scheda mostra il numero di marcatori significativi su ciascun cromosoma per il Resa in grano (GW)
- Le barre blu rappresentano i risultati del Trend test. Il test di tendenza cerca una relazione lineare nei punteggi di tendenza quando si passa dall'omozigote minore all'eterozigote all'omozigote maggiore.
- Quando si esegue un modello su più tratti, è possibile visualizzare marcatori significativi che si sovrappongono tra i tratti e creare sottoinsiemi di dati tramite un output del diagramma di Venn.
- Ci sono cinque marcatori che sono significativi in comune tra GW, FL e PH.
- Il Trama di Manhattan la scheda mostra ancora una volta marcatori significativi per cromosoma come determinato dal test di tendenza.
- Selezione di uno qualsiasi dei cromosomi dal Schede menu a sinistra visualizzerà un grafico di ogni marcatore sul cromosoma tracciato per posizione. Di seguito è mostrato cromo 3 Risultati .
- Il Modello Fitness Trama la scheda mostra le statistiche di fitness per ciascun marcatore. Per separare i grafici di fitness per modello, fai clic sul triangolo rosso e seleziona Grafici sovrapposti > Sovrapposizione Ys . I test vengono tracciati in base alla forma, con i punti più in basso sul grafico che rappresentano una maggiore precisione.
- Il Trama del vulcano la scheda fornisce un grafico del vulcano per ciascun marcatore, con un minore effetto del genotipo allelico sull'asse x e il valore p trasformato in logaritmo sull'asse y. I punti sopra la linea rossa sono considerati significativi.
- Facendo clic sul file Filtro dati locali le opzioni sulla destra forniranno i grafici del vulcano per ogni singolo cromosoma.
- Nel Approfondimenti menu, è possibile creare un sottoinsieme per i marcatori selezionati o un grafico di Resa in grano i valori per genotipo possono essere creati selezionando Traccia Tratto Per Genotipo .
- Questo è un ottimo modo per vedere rapidamente l'effetto che diversi genotipi hanno su un tratto per un dato marcatore.
- Di seguito sono mostrati i grafici tratto per genotipo, ordinati per significato, da tre marcatori sul cromosoma 5.
*I risultati interattivi di questa analisi sono disponibili su Pubblico JMP .
Riepilogo
Questa guida ha delineato il file Modello misto QK processo per la mappatura delle associazioni tenendo conto dello squilibrio di collegamento causato dalla struttura della popolazione e dalla parentela familiare. L'analisi QK può essere eseguita in due modi diversi in JMP Genomics. Un'opzione più semplice è il Flusso di lavoro dell'analisi QK genetica , che esegue tutti i passaggi per l'analisi QK e unisce automaticamente i dati. Tuttavia, è meno flessibile del processo descritto in questo post. Il flusso di lavoro consente solo una matrice Q calcolata da PCA e una matrice K da calcoli IBD da Matrice di relazione processi. Per informazioni dettagliate su questo processo, vedere il post del blog della prossima settimana: Parte 3d: Flusso di lavoro dell'associazione genetica del modello misto QK.
L'analisi dell'associazione QK è stata sviluppata per eseguire la mappatura dell'associazione controllando la struttura della popolazione e/o la parentela familiare. La "QK" in questo nome si riferisce ai due tipi di informazioni che vengono incluse nel modello. La matrice Q contiene informazioni sulla struttura della popolazione (cfr Parte 3b: Matrice della struttura della popolazione ). La matrice K contiene informazioni più dettagliate sulla parentela, solitamente misure IBD calcolate dai dati del marcatore (Vedi Parte 3a: Matrice delle relazioni basata sui marcatori ).
Come in altri tipi di mappatura delle associazioni, nell'analisi delle associazioni QK viene creato un modello statistico individuale per ciascun marcatore, utilizzando il tratto come variabile dipendente e il marcatore come variabile indipendente. In questi modelli sono incluse anche le variabili che costituiscono le matrici Q e K: le variabili Q come effetti fissi e le variabili K come effetti casuali. Le variabili Q o K possono essere omesse dai modelli, come desiderato.
Per eseguire l'analisi dell'associazione QK in JMP Genomics, sono necessarie tre cose: un file di dati contenente i tratti da analizzare, i genotipi dei marcatori e le variabili Q e K da utilizzare nell'analisi. Un set di dati di annotazione è facoltativo.
