He analizado un conjunto de datos de biomarcador (LOG2 FC P) utilizando un modelo de ajuste lineal de Medición repetida como se muestra a continuación

Ahora, me gustaría comparar los tratamientos (LEAD_TAG) en cada punto de tiempo (Visit_Description) sin generar todos los pares de comparación posibles producidos por el método Tukey HSD de Diferencias de LSMEans (consulte el gráfico a continuación):
- ¿Es posible hacerlo?
- ¿Importa? (es decir, hay un "costo" para comparar todos los pares [36 comparaciones] en lugar de los deseados [6 comparaciones])

Hola @Thierry_S ,
Hay un costo en usar el El método por pares de Tukey HSD desde la corrección aplicada para mantener su alfa general en el nivel establecido tiene en cuenta el número de comparaciones. Si necesita ver solo 3, esencialmente está pagando con poder estadístico corrigiendo 36.
Usaría una de las opciones de contraste de medios de LS, justo al lado de Tukey HSD en el triángulo rojo para su interacción entre el tratamiento y el punto de tiempo. Puede especificar los contrastes lineales usted mismo seleccionando LSMeans Contrast tres veces, o usando "Probar cortes", que probará automáticamente cada factor en un corte a lo largo del otro factor. En su caso, eso significa que obtendrá 6 pruebas: tres pruebas de tiempo, una para cada tratamiento y tres pruebas de tratamiento, una para cada vez. Es lo último que desea, y se etiquetarán según corresponda (línea de base, semana 2, semana 8), y verifican si tiene pruebas de que el tratamiento tenga un efecto en el intervalo de tiempo determinado.
Tenga en cuenta que estas pruebas no corregirán las comparaciones múltiples: los valores de p informados no están ajustados. Con tres comparaciones planificadas, una corrección de Bonferroni probablemente será la más útil.
@Julian