El complemento funciona como una envoltura alrededor del paquete QuasR (abreviatura de Cuantificación y anotación de lecturas cortas en R) en BioConductor. Utiliza qAlign para alinear las lecturas de final simple o emparejado a un genoma de referencia, y las lecturas no asignadas se alinean de manera opcional con referencias alternativas. Las alineaciones preexistentes en formato BAM se generarán después de la importación.
El archivo de diseño experimental es un archivo de texto delimitado por tabulaciones o un archivo sas7bdat que contiene los nombres de columna con "Nombre de archivo" y "Nombre de muestra"; El archivo de secuencia sin formato se puede comprimir con gzip, bzip2 o xz (con las extensiones "gz", "bz2" o "xz"); Se requiere un genoma de referencia para crear el índice de alineación y otras alineaciones.
Resultados de salida: Las alineaciones se generan y se pueden realizar análisis adicionales dentro de JMP Genomics, por ejemplo, iniciando el proceso "Generar cuentas desde BAM". También crea un informe de control de calidad con diagramas de calidades de secuencia y estadísticas de alineación.
Citaciones:
Gaidatzis D, Lerch A, Hahne F, Stadler MB. QuasR: Cuantificación y anotación de lecturas cortas en R. Bioinformatics 31 (7): 1130-1132 (2015).
Langmead B, Trapnell C, Pop M, Salzberg SL. Alineación ultrarrápida y eficiente en memoria de secuencias cortas de ADN con el humano
genoma Genome Biology 10 (3): R25 (2009).
Au KF, Jiang H, Lin L, Xing Y, Wong WH. Detección de uniones de empalme a partir de datos de RNA-seq de extremo emparejado por SpliceMap. Nucleic Acids Research, 38 (14): 4570-8 (2010).
