Le complément fonctionne comme une enveloppe autour du paquet QuasR (abréviation de Quantifier et annoter les lectures courtes en R) dans BioConductor. Il utilise qAlign pour aligner les lectures simples ou appariées sur un génome de référence, et les lectures non mappées sont facultativement alignées sur des références alternatives. Les alignements préexistants au format BAM seront générés après l’importation.
Le fichier de dessin expérimental est un fichier texte délimité par des tabulations ou un fichier sas7bdat contenant les noms de colonne avec "NomFichier" et "NomEchantillon"; Le fichier de séquence brute peut être compressé avec gzip, bzip2 ou xz (avec les extensions "gz", "bz2" ou "xz"); Un génome de référence est requis pour créer l’indice d’alignement et d’autres alignements.
Résultats de sortie: les alignements sont générés et une analyse supplémentaire peut être effectuée dans JMP Genomics, par exemple en lançant le processus "Générer des comptes à partir de BAM". Il crée également un rapport de contrôle qualité avec des tracés sur les qualités de séquence et les statistiques d'alignement.
Citations:
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