추가 기능은 QuasR (Quantify의 약자 및 R의 짧은 읽기 주석) 패키지 주위의 래퍼로서 BioConductor에서 작동합니다. 그것은 qAlign을 사용하여 단일 또는 쌍 엔드 읽기를 참조 게놈에 정렬하고, 매핑되지 않은 읽기는 선택적으로 대체 참조에 추가로 정렬됩니다. 가져온 후에 BAM 형식의 기존 정렬이 생성됩니다.
Experimental Design File은 "FileName"및 "SampleName"과 함께 열 이름을 포함하는 탭으로 구분 된 텍스트 파일 또는 sas7bdat 파일입니다. 원시 시퀀스 파일은 gzip, bzip2 또는 xz (확장자 "gz", "bz2"또는 "xz")로 압축 할 수 있습니다. 참조 게놈은 정렬 색인 및 추가 정렬을 생성하는 데 필요합니다.
결과 출력 : 정렬이 생성되고 JMP Genomics 내에서 "BAM에서 카운트 생성"프로세스를 시작하는 등 더 복잡한 분석을 수행 할 수 있습니다. 또한 서열 특성 및 정렬 통계에 대한 플롯을 사용하여 품질 관리 보고서를 작성합니다.
인용문 :
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게놈. 게놈 생물학 10 (3) : R25 (2009).
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