このアドインは、BioConductorのQuasR（Quantifyの略称で、Rの短い読み取りに注釈を付ける）パッケージのラッパーとして機能します。シングルまたはペアエンドのリードをリファレンスゲノムに合わせるためにqAlignを使用し、マッピングされていないリードはオプションでさらに別のリファレンスに合わせます。インポート後、BAMフォーマットの既存の線形が生成されます。
実験計画ファイルは、タブ名で区切られたテキストファイルまたはsas7bdatファイルで、"FileName"と "SampleName"の列名が含まれています。生のシーケンスファイルは、gzip、bzip2、xz（拡張子 "gz"、"bz2"、"xz"）で圧縮できます。参照ゲノムは、アラインメントインデックスおよびさらなるアラインメントを作成するために必要とされる。
結果の出力：アライメントが生成され、JMP Genomics内でさらに詳細な分析を実行できます。たとえば、"BAMからのカウントの生成"プロセスを開始します。それはまた、配列品質およびアラインメント統計に関するプロットと共に品質管理報告を作成する。
引用：
Gaidatzis D、Lerch A、Hahne F、Stadler MB。ＱｕａｓＲ：Ｒ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ３１（７）：１１３０−１１３２（２０１５）における短読みの定量化および注釈。
Langmead B、Trapnell C、ポップM、Salzberg SL。ヒトへの短いDNA配列の超高速で記憶効率的なアラインメント
ゲノム。Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ １０（３）：Ｒ ２５（２００９）。
Au KF、江H、林L、興Y、王WH。SpliceMapによる対末端RNA配列データからのスプライス接合部の検出 Nucleic Acids Research、38（14）：4570-8（2010）。
