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Association génétique avec JMP Genomics

Génomique JMP est un outil à la fois large et spécialisé pour l'analyse de données génétiques, génomiques et autres données «-omiques».

Qu'il s'agisse d'analyse d'expression, de GWAS, de modélisation prédictive ou de sélection de plantes, JMP Genomics dispose d'un outil pour répondre à ces besoins.

Cette série de blogs couvre l'association génétique, en commençant par l'importation de données et en passant par plusieurs pipelines d'analyse.

Des liens vers chacun des neuf articles de blog peuvent être consultés ici à mesure qu’ils deviennent disponibles. Le versement de cette semaine est Association génétique avec JMP Genomics, Partie 1: Importation et nettoyage de données , et couvre l’importation d’une série de fichiers .txt dans JMP, la transposition et la fusion d’ensembles de données et la préparation des données de marqueur pour analyse.

 

 

Contour de la série

Importation

1. Association génétique avec JMP Genomics, Partie 1: Importation et nettoyage de données
   
   1. Importer des données EDF et Marker
   2. Transposer et fusionner
   3. Recoder manquant
   4. Génotypes numériques
   5. Importation d'annotation

Flux de travail génétique de base

2. Association génétique avec JMP Genomics, Partie 2: Flux de travail de base en génétique (Case-Control)
   1. Statistiques sur les marqueurs
   2. Propriétés du marqueur
   3. Cas-témoins

Modèle mixte QK

3. Association génétique avec JMP Genomics, partie 3a: matrice de relations basée sur les marqueurs

1. K Compression Matricielle

4. Association génétique avec JMP Genomics, partie 3b: matrice de structure de population
5. Association génétique avec JMP Genomics, partie 3c: modèle mixte QK
6. Association génétique avec JMP Genomics, Troisième partie: workflow de modèle mixte QK pour l'association génétique
   1. PCA et matrice de structure de population
   2. Matrice de relation à partir de données de marqueur
   3. Modèle mixte QK

Cartographie de liaison et QTL

7. Association génétique avec JMP Genomics, Partie 4: Cartographie de liaison de base
8. Association génétique avec JMP Genomics, Partie 5: Analyse de marqueur unique QTL

GWAS

9. Association génétique avec JMP Genomics, Partie 6: Association SNP-Trait

JMP Genomics est un outil à la fois vaste et spécialisé pour l'analyse de données génétiques, génomiques et autres données «-omiques». Qu'il s'agisse d'analyse d'expression, de GWAS, de modélisation prédictive ou de sélection de plantes, JMP Genomics dispose d'un outil pour répondre à ces besoins. Cette série de blogs (la première d'une série de quatre) traitera des associations génétiques à partir de l'importation des données et se poursuivra via plusieurs pipelines d'analyse.

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