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Genetische Assoziation mit JMP Genomics

JMP-Genomik ist ein spezialisiertes und dennoch umfassendes Tool zur Analyse genetischer, genomischer und anderer „omischer“ Daten.

Ganz gleich, ob es sich um Expressionsanalyse, GWAS, prädiktive Modellierung oder Pflanzenzüchtung handelt, JMP Genomics verfügt über ein Tool, das den Anforderungen gerecht wird.

Diese Blogreihe befasst sich mit der genetischen Assoziation, beginnend mit dem Datenimport bis hin zu mehreren analytischen Pipelines.

Links zu jedem der neun Blogbeiträge können hier abgerufen werden, sobald sie verfügbar sind. Die Folge dieser Woche ist Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 1: Importieren und Bereinigen von Daten und umfasst das Importieren einer Reihe von TXT-Dateien in JMP, das Transponieren und Zusammenführen von Datensätzen sowie das Vorbereiten von Markierungsdaten für die Analyse.

 

 

Serienübersicht

Importieren

1. Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 1: Importieren und Bereinigen von Daten
   
   1. Importieren Sie EDF- und Marker-Daten
   2. Transponieren und Zusammenführen
   3. Neucodierung fehlt
   4. Numerische Genotypen
   5. Anmerkung importieren

Grundlegender genetischer Arbeitsablauf

2. Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 2: Grundlegender Genetik-Workflow (Fallkontrolle)
   1. Marker-Statistiken
   2. Markierungseigenschaften
   3. Fallkontrolle

QK Gemischtes Modell

3. Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 3a: Markerbasierte Beziehungsmatrix

1. K-Matrix-Komprimierung

4. Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 3b: Populationsstrukturmatrix
5. Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 3c: QK Mixed Model
6. Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 3d: QK Mixed Model Workflow für genetische Assoziation
   1. PCA und Bevölkerungsstrukturmatrix
   2. Beziehungsmatrix aus Markerdaten
   3. QK Gemischtes Modell

Linkage Mapping und QTL

7. Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 4: Grundlegende Verknüpfungskartierung
8. Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 5: QTL-Einzelmarkeranalyse

GWAS

9. Genetische Assoziation mit JMP Genomics, Teil 6: SNP-Trait Association

JMP Genomics ist ein spezialisiertes und dennoch umfassendes Tool zur Analyse genetischer, genomischer und anderer „omischer“ Daten. Ganz gleich, ob es sich um Expressionsanalyse, GWAS, prädiktive Modellierung oder Pflanzenzüchtung handelt, JMP Genomics verfügt über ein Tool, das den Anforderungen gerecht wird. Diese Blogserie (die erste von vier Serien) befasst sich mit der genetischen Assoziation, angefangen beim Datenimport bis hin zu mehreren Analysepipelines.