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與 JMP Genomics 的遺傳關聯

JMP基因組學是一種專門但廣泛的工具，用於分析遺傳、基因組和其他“組學”數據。

無論是表達分析、GWAS、預測模型還是植物育種，JMP Genomics 都有滿足需求的工具。

該博客系列涵蓋遺傳關聯，從數據導入開始，並繼續通過多個分析流程。

九篇博客文章中每一篇的鏈接一旦可用，都可以在此處訪問。 本週的分期付款是與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 1 部分：導入和清理數據，並涵蓋將一系列 .txt 文件導入 JMP、轉置和合併數據集以及準備用於分析的標記數據。

 

 

系列概要

進口

1. 與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 1 部分：導入和清理數據
   
   1. 導入 EDF 和標記數據
   2. 轉置和合併
   3. 重新編碼丟失
   4. 數字基因型
   5. 導入註解

基本遺傳工作流程

2. 與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 2 部分：基本遺傳學工作流程（病例對照）
   1. 標記統計
   2. 標記屬性
   3. 病例對照

QK混合模型

3. 與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 3a 部分：基於標記的關係矩陣

1. K 矩陣壓縮

4. 與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 3b 部分：群體結構矩陣
5. 與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 3c 部分：QK 混合模型
6. 與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 3d 部分：遺傳關聯的 QK 混合模型工作流程
   1. PCA 和群體結構矩陣
   2. 標記數據的關係矩陣
   3. QK混合模型

連鎖作圖和QTL

7. 與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 4 部分：基本連鎖圖譜
8. 與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 5 部分：QTL 單標記分析

全基因組關聯分析

9. 與 JMP Genomics 的遺傳關聯，第 6 部分：SNP-性狀關聯

JMP Genomics 是一款專業而廣泛的工具，用於分析遺傳、基因組和其他“組學”數據。 無論是表達分析、GWAS、預測模型還是植物育種，JMP Genomics 都有滿足需求的工具。 該博客系列（四個系列中的第一個）將從數據導入開始處理遺傳關聯，並繼續通過多個分析管道。