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Asociación Genética con JMP Genomics

JMP Genomics es una herramienta especializada pero amplia para analizar datos genéticos, genómicos y otros datos "-ómicos".

Ya sea análisis de expresión, GWAS, modelos predictivos o fitomejoramiento, JMP Genomics tiene una herramienta para satisfacer las necesidades.

Esta serie de blogs cubre la asociación genética, comenzando con la importación de datos y continuando a través de varios canales analíticos.

Los enlaces a cada una de las nueve publicaciones del blog se pueden acceder aquí a medida que estén disponibles. La entrega de esta semana es Asociación genética con JMP Genomics, Parte 1: Importación y limpieza de datos , y cubre la importación de una serie de archivos .txt en JMP, la transposición y la combinación de conjuntos de datos, y la preparación de datos de marcadores para su análisis.

 

 

Esquema de la serie

Importar

1. Asociación genética con JMP Genomics, Parte 1: Importación y limpieza de datos
   
   1. Importar datos EDF y Marcador
   2. Transposición y fusión.
   3. Recode Missing
   4. Genotipos Numéricos
   5. Anotación de importación

Flujo de trabajo genético básico

2. Asociación genética con JMP Genomics, Parte 2: Flujo de trabajo de genética básica (control de casos)
   1. Estadísticas de marcadores
   2. Propiedades del marcador
   3. Control de caso

Modelo QK Mixto

3. Asociación genética con JMP Genomics, Parte 3a: Matriz de relaciones basada en marcadores

1. K Matrix Compression

4. Asociación genética con JMP Genomics, Parte 3b: Matriz de estructura de la población
5. Asociación genética con JMP Genomics, Parte 3c: Modelo mixto QK
6. Asociación genética con JMP Genomics, Parte 3d: flujo de trabajo de modelo mixto QK para asociación genética
   1. PCA y Matriz de Estructura de la Población
   2. Matriz de relaciones a partir de datos de marcador
   3. Modelo QK Mixto

Mapeo de enlaces y QTL

7. Asociación genética con JMP Genomics, Parte 4: Mapeo de enlaces básicos
8. Asociación genética con JMP Genomics, Parte 5: Análisis de marcador único QTL

GWAS

9. Asociación genética con JMP Genomics, Parte 6: Asociación SNP-Rasgo

JMP Genomics es una herramienta especializada pero amplia para analizar datos genéticos, genómicos y otros datos "económicos". Ya sea análisis de expresión, GWAS, modelos predictivos o fitomejoramiento, JMP Genomics tiene una herramienta para satisfacer las necesidades. Esta serie de blogs (la primera en un conjunto de cuatro series) manejará la asociación genética comenzando con la importación de datos y continuando a través de varias líneas analíticas.

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