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JMPゲノムとの遺伝的関連

JMPゲノミクス遺伝的、ゲノムおよび他の「 - ゲノム」データを分析するための特殊でありながら広いツールです。

発現解析、GWAS、予測モデリング、植物育種など、JMP Genomicsにはそのニーズを満たすツールがあります。

このブログシリーズでは、データのインポートから始めていくつかの分析パイプラインまで続く、遺伝的関連について説明します。

9つのブログ記事のそれぞれへのリンクは、利用可能になったときにここにアクセスできます。今週の分割払いは JMPゲノムとの遺伝的関連、パート1：データのインポートとクリーニングまた、一連の.txtファイルのJMPへのインポート、データセットの転置とマージ、および分析用のマーカーデータの準備についても説明します。

 

 

シリーズ概要

インポート

1. JMPゲノムとの遺伝的関連、パート1：データのインポートとクリーニング
   
   1. EDFとマーカーデータをインポートする
   2. 転置とマージ
   3. 再コーディングがありません
   4. 数値遺伝子型
   5. 注釈をインポート

基本的な遺伝的ワークフロー

2. JMPゲノミクスとの遺伝的関連、パート2：基本的な遺伝学のワークフロー（ケースコントロール）
   1. マーカー統計
   2. マーカーのプロパティ
   3. ケースコントロール

QKミックスモデル

3. JMPゲノミクスとの遺伝的関連、第3a部：マーカーベースの関係マトリックス

1. K行列圧縮

4. JMPゲノミクスとの遺伝的関連、パート3b：人口構造マトリックス
5. JMPゲノミクスとの遺伝的関連、パート3c：QK混合モデル
6. JMPゲノムとの遺伝的関連、パート3d：遺伝的関連のためのQK混合モデルワークフロー
   1. PCAと人口構造マトリックス
   2. マーカーデータからの関係マトリックス
   3. QKミックスモデル

リンケージマッピングとQTL

7. JMPゲノムとの遺伝的関連、第4部：基本的な連鎖マッピング
8. JMPゲノムとの遺伝的関連、第5部：QTLシングルマーカー解析

GWAS

9. JMPゲノムとの遺伝的関連、第6部：SNP-形質関連

JMP Genomicsは、遺伝的データ、ゲノムデータ、その他の「-omic」データを分析するための特殊でありながら幅広いツールです。発現解析、GWAS、予測モデリング、植物育種など、JMP Genomicsにはそのニーズを満たすツールがあります。このブログシリーズ（一連の4つのシリーズのうちの最初のシリーズ）は、データのインポートから始まり、いくつかの分析パイプラインまで続く遺伝的関連付けを処理します。

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