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与JMP基因组学的遗传关联

JMP基因组学是一种专门用于分析遗传，基因组和其他“基因”数据的广泛工具。

无论是表达分析，GWAS，预测建模还是植物育种，JMP Genomics都能提供满足需求的工具。

这个博客系列涵盖了遗传关联，从数据导入开始，并继续通过几个分析管道。

可以在此处访问九个博客帖子中的每个博客文章的链接。本周的分期付款是与JMP基因组学的遗传关联，第1部分：导入和清洁数据 ，并涵盖将一系列.txt文件导入JMP，转置和合并数据集，以及准备标记数据以进行分析。

 

 

系列大纲

进口

1. 与JMP基因组学的遗传关联，第1部分：导入和清洁数据
   
   1. 导入EDF和标记数据
   2. 转置和合并
   3. 重新编码丢失
   4. 数字基因型
   5. 导入注释

基本遗传工作流程

2. 与JMP基因组学的遗传关联，第2部分：基础遗传学工作流程（病例对照）
   1. 标记统计
   2. 标记属性
   3. 病例对照

QK混合模型

3. 与JMP基因组学的遗传关联，第3a部分：基于标记的关系矩阵

1. K矩阵压缩

4. 与JMP基因组学的遗传关联，第3b部分：种群结构矩阵
5. 与JMP基因组学的遗传关联，第3c部分：QK混合模型
6. 与JMP基因组学的遗传关联，第3d部分：遗传关联的QK混合模型工作流程
   1. PCA与人口结构矩阵
   2. 标记数据的关系矩阵
   3. QK混合模型

连锁图谱和QTL

7. 与JMP基因组学的遗传关联，第4部分：基本连锁作图
8. 与JMP基因组学的遗传关联，第5部分：QTL单标记分析

GWAS

9. 与JMP基因组学的遗传关联，第6部分：SNP-Trait Association

JMP Genomics是一种专门用于分析遗传，基因组和其他“基因”数据的广泛工具。无论是表达分析，GWAS，预测建模还是植物育种，JMP Genomics都能提供满足需求的工具。这个博客系列（一组四个系列中的第一个）将处理遗传关联，从数据导入开始，并继续通过几个分析管道。

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