Genomica JMP ha pipeline analitiche o Flussi di lavoro per eseguire una serie di analisi su un set di dati. IL Flusso di lavoro della genetica di base è un metodo semplice e veloce per acquisire una comprensione più approfondita dei dati prima di iniziare un'analisi più approfondita. Questo flusso di lavoro ricodifica i dati dei marcatori in un formato numerico, imputa i dati genotipici mancanti e crea sottoinsiemi di dati basati sulla frequenza allelica minore (MAF), sulle proporzioni genotipiche mancanti e sull'equilibrio di Hardy-Weinberg (HWE). Il flusso di lavoro quindi dà Proprietà dei marcatori output ed esegue a Associazione caso-controllo per identificare i marcatori di interesse. Si noti che in questo flusso di lavoro, l'analisi caso-controllo è utile solo per una variabile fenotipica binaria (interessata vs. non influenzata). Per le variabili fenotipiche continue o discrete, altre analisi come l'associazione SNP-Trait (che sarà trattata in un post successivo) sono più appropriate. In questo esempio, esploriamo circa 22.000 marcatori in un campione di 474 bovari del bernese affetti o non affetti da sarcomi istiocitici (tumori).
- Apri il set di dati sas7bdat e ispezionarlo. Si noti che il fenotipo la colonna ha due livelli: “sarcoma istiocitico” per i cani con tumore e “non affetto” per i cani senza. Questi devono essere ricodificati come variabile binaria (0 o 1).
- Evidenzia il fenotipo colonna facendo clic sulla cella dell'intestazione della colonna. Sulla barra degli strumenti sopra i dati, fare clic su Ricodificare icona (evidenziata sotto). Questo strumento consente una rapida ricodifica di tutti i livelli in una determinata colonna.
- Quando si apre la finestra risultante, inserisci 0 per fenotipi non affetti e 1 per i fenotipi HS nel Nuovi valori colonna, quindi fare clic su Fatto . Verrà visualizzato un menu a discesa con le opzioni per includere la nuova colonna nel set di dati. Selezionare A posto per sostituire la vecchia colonna del fenotipo con quella appena ricodificata. Salvare il set di dati, poiché verrà utilizzato come input per il flusso di lavoro.
- Con i dati fenotipici binari ora salvati, torna al file Inizio della genomica menu e selezionare Flussi di lavoro > Base > Flusso di lavoro Genetica di base .
- Nel Generale scheda, seleziona quello appena salvato sas7bdat come il Inserisci il set di dati SAS .
- Nella casella etichettata Prefisso delle variabili del genotipo del marcatore , digitare " recgeno: " per specificare che tutti i nomi di colonna che iniziano con quella stringa di caratteri contengono dati marcatori.
- Come parte di questo flusso di lavoro, i genotipi non numerici possono essere ricodificati controllando il file Ricodificare numericamente i genotipi .Questo set di dati contiene già genotipi codificati numericamente.
- Quindi, seleziona il fenotipo colonna come Variabile di tratto binario .
- Le caselle di controllo sotto il Variabili disponibili casella specificare i tipi di analisi da eseguire. Per questo esempio, seleziona solo Eseguire test di associazione caso-controllo .
- Seleziona un Cartella di output e specificare basic_gene_wf come il Nome dell'output del flusso di lavoro .
- Sul Annotazione scheda, selezionare il file sas7bdat come il Set di dati SAS di annotazione .
- Seleziona la colonna SNP_ID_rg come il Variabile etichetta di annotazione , Chr come il Variabile del gruppo di annotazioni , E Posizione come il Variabile posizione annotazione .
- Facoltativamente, seleziona GENOMA_ACC come il Variabile del numero di adesione .
- IL Sottoinsieme La scheda fornisce opzioni per filtrare singoli campioni (righe) dal set di dati. Questo può essere fatto testando un sottoinsieme di SNP o su ogni SNP ed è filtrato da a Proporzione minima di genotipi non mancanti . In questo caso, entra 95 nella casella per includere solo gli individui con il 90% o più dei dati presenti nella tabella.
- Tieni presente che è possibile creare eccezioni a questo filtraggio nel file Filtra per includere gli individui dove
- Lasciare il Valore delle caratteristiche degli individui da includere nel test HWE vuoto per includere l'intera popolazione nel test. Il valore fenotipico degli individui affetti o non affetti può essere inserito qui per eseguire il test HWE solo sugli individui di quel fenotipo.
- Apri il Filtraggio Questa scheda offre opzioni per rimuovere i dati SNP (colonne) con un MAF basso, troppi genotipi mancanti o uno che probabilmente non è in HWE. Impostare il Proporzione minima di genotipi non mancanti A 0.9 , IL Frequenza allelica minore minima A 0,05 , e il Valore p HWE minimo A 0,05 .
- Impostare il Taglio del valore p per i grafici A 05 . Ciò imposta la soglia per determinare quali marcatori sono significativi.
- Clic Correre per iniziare l'analisi.
Risultati
- La finestra di output sarà un JMP Journal (mostrato di seguito) con ciascuna delle quattro analisi del flusso di lavoro. Ciascuno dei risultati è cliccabile e apre una nuova finestra con i risultati di quell'analisi. Tieni presente che questo diario può essere riaperto e i risultati riesaminati in qualsiasi momento purché i file non vengano spostati dalla posizione specificata Cartella di output .
- Fare clic sul primo risultato Sottoinsieme e riordino dei dati genetici . Apparirà la finestra sottostante che fornisce un riepilogo del numero di marcatori e individui nel sottoinsieme. I criteri per questo sottoinsieme sono stati specificati nel Sottoinsieme scheda e ha rimosso 244 individui con meno del 95% di dati non mancanti.
- Clicca il Aprire pulsanti accanto a ciascun set di dati per aprirli. Il set superiore è il sottoinsieme genotipico e il set inferiore è il sottoinsieme di annotazioni corrispondente.
- Torna al diario e apri il file Proprietà dei marcatori risultati.
- La scheda iniziale fornisce a Grafico riepilogativo di marcatori significativi da parte del cromosoma per l'equilibrio di Hardy Weinberg.
- Nota: ciascuna delle barre sul grafico può essere selezionata e inserita in un sottoinsieme Approfondimenti Basta selezionare la barra corrispondente al cromosoma desiderato, evidenziarla e fare clic Creare sottoinsiemi di dati di genotipo e annotazione a sinistra della finestra sotto il Approfondimenti intestazione.
- I singoli cromosomi possono anche essere esaminati selezionando un cromosoma di interesse dal file Schede sezione sul lato sinistro della finestra dei risultati. Selezionare Risultati Chr 1 E Apri in una nuova finestra . La finestra risultante presenta il significato HWE di ciascun marcatore sul cromosoma 1 tracciato per posizione, nonché le distribuzioni per MAF e proporzione del genotipo mancante.
- Tieni presente che le impostazioni dell'asse per il grafico sovrapposto possono essere regolate facendo clic con il pulsante destro del mouse sull'asse su qualsiasi grafico.
- IL Trama di Manhattan la scheda mostra un grafico di ogni SNP nei dati separato e colorato in base al numero di cromosomi. L'asse y del diagramma di Manhattan rappresenta la significatività statistica di ciascun indicatore per l'equilibrio di Hardy Weinberg. Il primo cromosoma del diagramma (colorato di nero) è il cromosoma X.
- È possibile creare un sottoinsieme dal Manhattan Plot trascinando il cursore per evidenziare una sezione di SNP e quindi facendo clic Creare sottoinsiemi di dati di genotipo e annotazione a sinistra della finestra sotto il Approfondimenti
- Si noti che dal Proprietà dei marcatori finestra dei risultati, è possibile impostare nuovi marcatori e criteri individuali e creare un nuovo sottoinsieme di dati. Gli strumenti di filtro si trovano sulla sinistra della finestra. Di seguito è mostrato un esempio di nuovo filtraggio e il relativo riepilogo dell'output.
- IL Tutte le distribuzioni La scheda fornisce le distribuzioni per MAF e la proporzione del genotipo mancante per ciascun cromosoma, nonché le statistiche riassuntive di ciascuna distribuzione.
- IL Proporzione genotipica mancante individuale La scheda fornisce una distribuzione della percentuale di genotipi mancanti negli individui (righe) e statistiche riassuntive.
- Torna al diario e apri il Sottoinsieme e riordino dei dati genetici risultati. Questo è il sottoinsieme dei criteri specificati nel Filtraggio scheda e rimuove i marcatori (colonne) in base a MAF, HWE e alla proporzione del genotipo mancante. Quando i risultati vengono aperti, la finestra di riepilogo mostrerà nuovamente quali punti dati sono stati rimossi (8.292 marcatori).
- Ritorna al diario e apri l'output finale, Associazione caso-controllo . Questa analisi utilizza un test chi quadrato per identificare marcatori significativi per il tratto specificato. I grafici restituiti sono molto simili a quelli del file Proprietà dei marcatori output, che fornisce informazioni su HWE.
- Proprio come l'output di Proprietà dei marcatori , i singoli cromosomi possono essere analizzati da Schede sezione e sottoinsiemi possono essere creati nella sezione Approfondimenti sezione evidenziando i punti di interesse sul grafico.
- Dal Trama di Manhattan scheda, trascinare il cursore attorno ai due SNP significativi del cromosoma 11 per evidenziarli. Quindi seleziona Tracciare i tratti per genotipo dal Approfondimenti .Ciò apre una distribuzione dei genotipi per questi due marcatori per fenotipo.
*I report interattivi di questo flusso di lavoro possono essere visualizzati su JMP Pubblico .
Riepilogo
I flussi di lavoro in JMP Genomics rappresentano un ottimo modo per eseguire più analisi su un singolo set di dati. Questo flusso di lavoro di genetica di base è un modo efficace per apprendere rapidamente i dettagli dei dati, impostare criteri di filtraggio sia per i marcatori che per gli individui e ottenere un'identificazione iniziale dei marcatori di interesse. Dal Approfondimenti menu, ci sono opzioni per ulteriori sottoinsiemi, tracciare tratti per genotipo ed esplorare database collegati tramite i numeri di accesso del gene dal set di dati di annotazione. Questo flusso di lavoro include un'analisi caso-controllo, che è appropriata solo per i tratti binari.Per i tratti continui, funzionerà un'associazione SNP-Trait (che verrà trattata più avanti nella serie). Ora che abbiamo una buona conoscenza dei nostri dati e abbiamo eliminato righe e colonne indesiderate, possiamo iniziare un'analisi più approfondita sui nostri sottoinsiemi.
JMP Genomics dispone di pipeline analitiche o Flussi di lavoro per eseguire una serie di analisi su un set di dati. IL Flusso di lavoro della genetica di base è un metodo semplice e veloce per acquisire una comprensione più approfondita dei dati prima di iniziare un'analisi più approfondita. Questo flusso di lavoro ricodifica i dati dei marcatori in un formato numerico, imputa i dati genotipici mancanti e crea sottoinsiemi di dati basati sulla frequenza allelica minore (MAF), sulle proporzioni genotipiche mancanti e sull'equilibrio di Hardy-Weinberg (HWE).Il flusso di lavoro quindi dà Proprietà dei marcatori output ed esegue a Associazione caso-controllo per identificare i marcatori di interesse. Si noti che in questo flusso di lavoro, l'analisi caso-controllo è utile solo per una variabile fenotipica binaria (interessata vs. non influenzata). Per variabili fenotipiche continue o discrete, altre analisi come l'associazione dei tratti SNP (che sarà trattata in un post successivo) sono più appropriate. In questo esempio, esploriamo circa 22.000 marcatori in un campione di 474 bovari del bernese affetti o non affetti da sarcomi istiocitici (tumori).
