Complément de parcelle forestièreLe complément Forest Plot affiche verticalement plusieurs intervalles de confiance ou de crédibilité. L'utilisateur fournit les limites inférieure et supérieure, la valeur centrale (qui pourrait représenter l'effet moyen) et les étiquettes pour chaque intervalle d'un tableau de données. L'utilisateur peut fournir une deuxième valeur centrale pour présenter des valeurs récapitulatives supplémentaires (par exemple, des médianes) dans la figure. Les options de couleur vous permettent de mettre en évidence les intervalles qui excluent la valeur nulle (0 par défaut), et cette couleur varie selon que l'intervalle est supérieur ou inférieur à la valeur nulle. Une ligne de référence verticale en pointillés est tracée à la valeur nulle. Les intervalles sont classés dans la figure selon leur ordre dans le tableau de données.
La version 3 permet à l'utilisateur de spécifier une variable pour indiquer la taille de la valeur centrale.La zone de la valeur centrale est proportionnelle à la taille du marqueur.Les utilisateurs peuvent spécifier la taille minimale des symboles centraux, appliquer un facteur d'échelle pour contrôler la taille du symbole et un facteur de transparence afin que les intervalles étroits contenus entièrement dans le symbole de valeur centrale soient visibles.Cela n'affecte pas la taille du marqueur Center Value 2, qui est passé d'un diamant à un tuyau pour améliorer la visibilité.Consultez le blog JMP pour quelques exemples de parcelles forestières avec les données sur la nicardipine nouvellement fournies.
La figure ci-dessous affiche la boîte de dialogue d'un exemple utilisant des statistiques récapitulatives pour 20 000 échantillons MCMC à partir d'un modèle hiérarchique bayésien de 40 événements indésirables de Mehrotra & Heyse (2004).
La figure ci-dessous montre les intervalles de crédibilité égaux à 95 % basés sur les quantiles inférieur de 2,5 % et supérieur de 97,5 %.À l’aide des exemples de données, les utilisateurs intéressés peuvent créer un tracé similaire pour les intervalles de densité postérieure (HPD) les plus élevés en modifiant les limites inférieure et supérieure.
Mehrotra DV et Heyse JF. (2004). Utilisation du taux de fausses découvertes pour évaluer les données de sécurité clinique. Méthodes statistiques dans la recherche médicale 13 : 227-238.
La version 4 corrige un bug lors de la reproduction des tracés lorsqu'ils sont enregistrés dans un tableau de données et ajoute un symbole distinctif lorsque les étiquettes sont "totales" ou "globales".Voir la figure ci-dessous produite à partir de RoseMeta.jmp. Les bulles centrales sont dimensionnées en fonction du nombre total de sujets dans un sous-groupe particulier.Au lieu d'une bulle dimensionnée en fonction du nombre de sujets, l'intervalle de confiance global (représentant l'ensemble de la population étudiée) est affiché avec un astérisque.Les données proviennent d'un essai clinique mené auprès de patients atteints de diabète de type 2 visant à évaluer le risque cardiovasculaire excessif. de rosiglitazone (Home et al., 2009).
PD à domicile, Pocock SJ, Beck-Nielsen H, Curtis PS, Gomis R, Hanefeld M, Jones NP, Komajda M et JJV McMurray. (2009). Rosiglitazone évaluée pour les résultats cardiovasculaires dans le cadre d'une thérapie combinée d'agents oraux pour le diabète de type 2 (RECORD) : un essai multicentrique, randomisé et ouvert. Lancette 373 : 2125-2135.
La version 5 ajoute deux nouvelles fonctionnalités.La première fonctionnalité est une option permettant d'ajouter un texte d'intervalle de confiance. Cela permet à l'utilisateur d'inclure une chaîne de texte le long de l'axe droit. Cela pourrait inclure du texte pour un test d'interaction pour le sous-groupe particulier ou, comme indiqué ici, l'estimation et l'intervalle de confiance à 95 % pour le rapport de risque pour rosiglitazone versus contrôle. La deuxième fonctionnalité est une case à cocher pour inverser l'ordre des axes. Cela évite l'étape manuelle consistant à inverser l'ordre des axes verticaux. Sans la présence de cette seconde fonctionnalité, texte fourni en utilisant la première fonctionnalité nécessiterait que les deux axes soient inversés séparément.Dans l'ordre inverse, le groupe Global est placé en bas de la figure. Lorsque l'option est décochée, Globalement est placé en haut.
La version 6 corrige un bug qui provoquait une erreur lorsque le script Forest Plot était enregistré dans une table de données et réexécuté.
La version 7 ajoute un rôle de sous-groupe à la boîte de dialogue pour créer plus facilement des parcelles forestières de sous-groupes avec des lignes de référence, et une option pour colorer la valeur centrale 2 en fonction de la préférence de couleur sélectionnée ou non (qui est par défaut le noir).Le tracé résultant basé sur la sélection de la boîte de dialogue ci-dessus est présenté ci-dessous.
La version 8 corrige un bug dans JMP 13 lorsque l'option Marker Size est utilisée.
Visualisation de donnéesSciences de la vieRe : Complément pour parcelle forestièreRichard, c'est un complément inestimable. Je ne parviens pas à déterminer comment changer la forme de l'estimation ponctuelle d'un cercle rempli à un carré rempli. Cela nécessiterait-il de changer le jsl ou y a-t-il une option cachée ?
Avec mes remerciements
Ivor Douglas, MD
Denver CO
Re : Complément pour parcelle forestièreSalut Richard
J'ai utilisé le complément de parcelle forestière (V8) avec les prévalences (chaîne de texte de prévalence et IC à 95 %) sur le côté droit (comme dans l'exemple ci-dessus) et j'ai copié le script dans mon fichier JSL.Lorsque j'ai exécuté l'intégralité du script, les prévalences se sont classées de la plus petite à la plus grande, indépendamment de la figure ou des étiquettes à gauche.Lorsque j'ai déplacé les prévalences vers la gauche, elles étaient à nouveau correctes. C'était le seul travail que j'ai pu trouver. J'ai également essayé de tracer les mêmes données dans graphbuilder sans le complément et la même chose s'est produite.J'ai vu ce comportement dans les versions 14.3 et 15.0. Peut-être que je fais quelque chose de stupide, mais dans tous les cas, cela vaut la peine d'être averti pour vérifier vos intrigues.
Acclamations
Günter
Re : Complément pour parcelle forestière<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Salut Richard,
Je viens de tester la nouvelle option de sous-groupe de votre complément V7 à l'aide d'un nouvel exemple et tout s'est bien passé.
De plus, j'ai remarqué que pour mes exemples, cela conviendrait si vous utilisiez le nom de variable de la valeur centrale comme étiquette de l'axe des x du tracé forestier. Veuillez vérifier si vous êtes d'accord avec cela. Sinon, ce n'est pas un problème majeur car l'étiquette de l'axe des x peut être facilement modifiée.
Dans l’ensemble, il s’agit du programme Forest Plot le plus convivial et le plus flexible que je connaisse.
Merci et meilleures salutations
Winfried
Re : Complément pour parcelle forestièreSalut Winfried. J'ai désactivé l'option permettant de masquer la barre d'outils. Il devrait être visible pour vous maintenant dans la V5. Le problème que vous signalez avec le journal JMP est probablement dû à Add Graphics Script(). Je peux essayer d’explorer pourquoi cela se produit, mais il n’y a peut-être pas de moyen de contourner ce problème. Cependant, j'ai remarqué que si la table de données était ouverte et à jour, la réouverture du journal fermé exécuterait le tracé correctement. Ce serait une étape supplémentaire, mais il peut être possible d'ajouter du texte au fichier journal pour ouvrir le tableau de données et le mettre à jour. Par exemple,
dt = Open("C:\Users\rizink\Desktop\rosemeta.jmp", invisible);
Tableau de données actuel (dt);
Concernant le dernier point, le complément fonctionne en ajoutant une propriété Value Ordering à la table de données pour la variable répertoriée dans Label. Ceci est fait pour maintenir facilement l'ordre du tableau de données (ou l'inverse) dans la parcelle forestière. Sinon, le comportement par défaut classe les lignes par ordre alphabétique, ce qui ne donnera probablement pas ce que l'on souhaite. Vous trouverez ci-dessous un tableau de données dans lequel une parcelle forestière a été créée. L'étoile sur le sous-groupe (là où se trouve la main) indiquera qu'il existe un ordre de valeur sur la variable. En cliquant dessus, les propriétés de cette colonne s'ouvriront et l'ordre des valeurs pourra être supprimé en cliquant sur "Supprimer" dans la boîte de dialogue.Les données peuvent être triées et le tracé régénéré.En général, l'ordre doit être déterminé avant d'exécuter et de sauvegarder le tracé.
Re : Complément pour parcelle forestièreSalut Winfried. Désolé pour le retard de réponse. Le chiffre du sous-groupe généré ci-dessus pour l'étude de Home et al a été généré de la manière suivante. La boîte de dialogue a été exécutée comme ci-dessus dans le graphique. Ensuite, je clique sur l'option triangle rouge pour obtenir le panneau de configuration Graph Builder, puis je fais glisser le niveau pour l'imbriquer sur l'axe y. Je dois faire glisser l'axe X pour le rendre un peu plus joli.
Pour les lignes entre les sous-groupes, faites un clic droit sur l'axe et choisissez Paramètres de l'axe. Activez ensuite Afficher la grille sur le deuxième onglet (Label Row 2). Cela ajoutera des lignes pour diviser les sous-groupes.
Re : Complément pour parcelle forestièreEntre-temps, j'ai utilisé avec succès Forest Plot Add-Inn dans un deuxième projet. L'option de taille du marqueur fonctionne bien, il suffit d'expérimenter un peu pour définir correctement la taille minimale afin de rendre la valeur centrale visible pour les petits groupes. Je souhaite signaler les problèmes mineurs suivants :
- la barre d'outils n'est pas disponible dans le tracé alors que j'ai défini la préférence JMP sur ne jamais masquer automatiquement,
- lorsque j'ai enregistré une parcelle forestière dans un journal, la parcelle a été corrompue lorsque j'ai rouvert le journal ultérieurement,
- lorsque j'ai enregistré le script d'une parcelle forestière dans la table de données et que j'ai ensuite trié les lignes de la table, le script ne s'est pas réexécuté correctement.
En général, le Forest Plot Add-Inn est très utile et peut être utilisé dans de nombreuses situations, même au-delà de la méta-analyse.
Re : Complément pour parcelle forestièreJ'ai utilisé le complément V4.0 dans une situation assez complexe et je l'ai trouvé très bien fonctionné. Deux problèmes mineurs étaient les suivants :
- Lorsque j'utilisais des tailles de marqueurs proportionnelles, le marqueur de l'étude avec la plus petite taille d'échantillon n'était plus visible mais caché dans la ligne de l'intervalle de confiance. Peut-être que dans ce cas, il devrait être possible de modifier la forme de ce marqueur qui disparaît en une ligne verticale.
- Je souhaitais appliquer le sous-groupe d'études comme indiqué dans le Forest Plot ci-dessus de Home et al. mais je n'ai pas trouvé d'option pour mettre en œuvre cela. J’ai donc inséré des lignes de séparation horizontales colorées pour séparer les groupes d’études.
En général, je considère l'utilisation de couleurs dans de tels tracés forestiers comme utile et j'encourage une utilisation ultérieure des couleurs dans le complément. L'une des raisons pour lesquelles les tracés forestiers sont généralement considérés comme en noir et blanc peut être que les versions standard moins chères des programmes de méta-analyse ne prennent pas en charge les couleurs, alors que les versions plus chères le font parfois. Pour moi, l'utilisation des couleurs est un point fort important de JMP en général.
Re : Complément pour parcelle forestièreTrès apprécié, Richard. Colorer les CI est sympa, mais vraiment pas nécessaire. Presque toutes les parcelles forestières que j'ai vues sont en noir et blanc.
Re : Complément pour parcelle forestièreSalut Phil,
J'ai trouvé comment répondre à votre demande en vous permettant de choisir une variable de dimensionnement et une variable de mise à l'échelle pour les bulles. Une chose que j'essaie encore de résoudre est la coloration des lignes d'intervalle de confiance lorsque la taille de la bulle peut contenir complètement l'IC.Cela ne se produira probablement que dans les cas où il existe un écart important entre les petites et les grandes tailles. Je devrais avoir quelque chose pour toi bientôt.
Désolé pour le retard! Merci pour votre patience et pour cette excellente idée !
Richard
Re : Complément pour parcelle forestièreSalut Phil. C'est une bonne idée. J'ai étudié la question et je n'ai encore rien trouvé d'évident, mais je vais essayer de continuer à y travailler.
Re : Complément pour parcelle forestièreEst-il possible d'ajouter un autre champ dans la boîte de dialogue qui ferait de la taille du marqueur une variable ? Par exemple, je compare plusieurs essais et j'aimerais représenter les essais les plus importants (plus de sujets) avec des marqueurs plus grands.
Re : Complément pour parcelle forestièreBonjour Richard
Si les étiquettes de l’axe Y du texte de l’intervalle de confiance sont les mêmes, elles seront unifiées en une seule étiquette, mais comment puis-je afficher tous les doublons ?
