Componente aggiuntivo per il tracciato forestaleIl componente aggiuntivo Forest Plot visualizza verticalmente diversi intervalli di confidenza o credibilità. L'utente fornisce i limiti inferiore e superiore, il valore centrale (che potrebbe rappresentare l'effetto medio) e le etichette per ciascun intervallo da una tabella dati. L'utente può fornire un secondo valore centrale per presentare ulteriori valori di riepilogo (ad esempio, mediane) nella figura. Le opzioni di colore consentono di evidenziare gli intervalli che escludono il valore nullo (predefinito 0) e questo colore varia a seconda che l'intervallo sia sopra o sotto il valore nullo. Una linea di riferimento verticale tratteggiata viene tracciata in corrispondenza del valore nullo. Gli intervalli sono ordinati nella figura in base al loro ordine nella tabella dati.
La versione 3 consente all'utente di specificare una variabile per indicare la dimensione del valore centrale.L'area del valore centrale è proporzionale alla dimensione del marcatore.Gli utenti possono specificare la dimensione minima per i simboli centrali, applicare un fattore di scala per controllare la dimensione dei simboli e un fattore di trasparenza in modo che siano visibili gli intervalli stretti contenuti interamente nel simbolo del valore centrale.Ciò non influisce sulle dimensioni dell'indicatore del valore centrale 2, che è stato modificato da un diamante a un tubo per migliorare la visibilità.Consultare il blog JMP per alcuni esempi dell'appezzamento forestale con i dati sulla nicardipina appena forniti.
La figura seguente mostra la finestra di dialogo per un esempio che utilizza statistiche riassuntive per 20.000 campioni MCMC da un modello gerarchico bayesiano di 40 eventi avversi di Mehrotra & Heyse (2004).
La figura seguente mostra gli intervalli credibili a coda uguale del 95% basati sui quantili inferiore del 2,5% e superiore del 97,5%.Utilizzando i dati di esempio, gli utenti interessati possono creare un grafico simile per gli intervalli di densità posteriore più alta (HPD) modificando i limiti inferiore e superiore.
Mehrotra DV e Heyse JF. (2004). Utilizzo del tasso di scoperta di falsi per la valutazione dei dati sulla sicurezza clinica. Metodi statistici nella ricerca medica 13: 227-238.
La versione 4 corregge un bug durante la riproduzione dei grafici quando vengono salvati in una tabella dati e aggiunge simboli distintivi quando le etichette sono "totali" o "complessive".Vedi sotto la figura prodotta da RoseMeta.jmp. Le bolle centrali vengono dimensionate in base al conteggio totale dei soggetti in un particolare sottogruppo.Al posto di una bolla dimensionata per numero di soggetti, l'intervallo di confidenza complessivo (che rappresenta l'intera popolazione dello studio) viene visualizzato con un asterisco.I dati provengono da uno studio clinico condotto su pazienti con diabete di tipo 2 per valutare l’eccesso di rischio cardiovascolare del rosiglitazone (Home et al., 2009).
Home PD, Pocock SJ, Beck-Nielsen H, Curtis PS, Gomis R, Hanefeld M, Jones NP, Komajda M e JJV McMurray. (2009). Rosiglitazone valutato per gli esiti cardiovascolari nella terapia di combinazione con agenti orali per il diabete di tipo 2 (RECORD): uno studio multicentrico, randomizzato, in aperto. Lancetta 373: 2125–2135.
La versione 5 aggiunge due nuove funzionalità.La prima funzionalità è un'opzione per aggiungere il testo dell'intervallo di confidenza. Ciò consente all'utente di includere una stringa di testo lungo l'asse destro. Ciò potrebbe includere testo per un test di interazione per il particolare sottogruppo o, come mostrato qui, la stima e l'intervallo di confidenza al 95% per l'hazard ratio per rosiglitazone rispetto al controllo. La seconda caratteristica è una casella di controllo per invertire l'ordine degli assi. Ciò evita il passaggio manuale di dover invertire l'ordine per gli assi verticali. Senza la presenza di questa seconda caratteristica, testo fornito utilizzando la prima funzionalità richiederebbe che entrambi gli assi fossero invertiti separatamente.Con l'ordine inverso, il gruppo Generale viene posizionato nella parte inferiore della figura. Quando l'opzione è deselezionata, Complessivo viene posizionato in alto.
La versione 6 corregge un bug che causava un errore quando lo script Forest Plot veniva salvato in una tabella dati e rieseguito.
La versione 7 aggiunge un ruolo di sottogruppo alla finestra di dialogo per creare più facilmente forest plot di sottogruppi con linee di riferimento e un'opzione per colorare Valore centrale 2 in base alla preferenza di colore selezionata o meno (che per impostazione predefinita è nero).Il grafico risultante basato sulla selezione della finestra di dialogo precedente è presentato di seguito.
La versione 8 risolve un bug in JMP 13 quando viene utilizzata l'opzione Dimensione contrassegno.
Visualizzazione datiScienze di vitaRi: Componente aggiuntivo Forest PlotRichard, questo è un componente aggiuntivo di inestimabile valore. Non sono in grado di stabilire come modificare la forma della stima puntuale da un cerchio pieno a un quadrato pieno. Ciò richiederebbe la modifica del jsl o esiste un'opzione nascosta?
Grazie
Ivor Douglas, medico
DenverCO
Ri: Componente aggiuntivo Forest PlotCiao Riccardo
Ho utilizzato il componente aggiuntivo Forest plot (V8) con le prevalenze (stringa di testo di prevalenza e IC al 95%) sul lato destro (come nell'esempio sopra) e ho copiato lo script nel mio file JSL.Quando ho eseguito l'intero script, le prevalenze si sono ordinate dal più piccolo al più grande indipendentemente dalla figura o dalle etichette a sinistra.Quando ho spostato le prevalenze a sinistra erano di nuovo corrette. Questa è stata l'unica soluzione che ho trovato. Ho anche provato a tracciare gli stessi dati in graphbuilder senza il componente aggiuntivo e si è verificata la stessa cosa.Ho visto questo comportamento sia nella versione 14.3 che nella versione 15.0. Forse sto facendo qualcosa di stupido, ma in ogni caso vale la pena avvertire di controllare le tue trame.
Saluti
Gunter
Ri: Componente aggiuntivo Forest Plot<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Ciao Riccardo,
Ho appena testato la nuova opzione sottogruppo del componente aggiuntivo V7 utilizzando un nuovo esempio e tutto è andato bene.
Inoltre ho notato che per i miei esempi sarebbe adatto se si utilizzasse il nome della variabile del valore centrale come etichetta dell'asse x del Forest Plot. Per favore controlla se sei d'accordo con questo. Altrimenti questo non è un grosso problema perché l'etichetta dell'asse x può essere facilmente modificata.
Nel complesso questo è il programma Forest Plot più intuitivo e flessibile di cui sia a conoscenza.
grazie e distinti saluti
Winfried
Ri: Componente aggiuntivo Forest PlotCiao Winfried. Ho disattivato l'opzione per nascondere la barra degli strumenti. Dovrebbe essere visibile ora nella V5. Il problema che stai segnalando con il journal JMP è probabilmente dovuto a Add Graphics Script(). Posso provare a esplorare il motivo per cui ciò accade, ma potrebbe non esserci un modo per aggirarlo. Tuttavia, ho notato che se la tabella dati fosse aperta e corrente, la riapertura del diario chiuso avrebbe eseguito correttamente il grafico. Sarebbe un passaggio aggiuntivo, ma potrebbe essere possibile aggiungere del testo al file journal per aprire la tabella dati e renderla corrente. Per esempio,
dt = Open("C:\Users\rizink\Desktop\rosemeta.jmp", invisibile);
Tabella dati corrente(dt);
Per quanto riguarda l'ultimo punto, il componente aggiuntivo funziona aggiungendo una proprietà Ordinamento valori alla tabella dati per la variabile elencata in Etichetta. Questo viene fatto per mantenere facilmente l'ordine della tabella dati (o viceversa) nel Forest Plot. Altrimenti, il comportamento predefinito ordina le righe in ordine alfabetico, il che probabilmente non darebbe ciò che si desidera. Di seguito è riportata una tabella dati in cui è stato creato un Forest Plot. La stella sul sottogruppo (dove si trova la mano) mostrerà che c'è un ordinamento dei valori sulla variabile. Facendo clic su di esso si apriranno le proprietà di questa colonna e l'ordinamento dei valori può essere rimosso facendo clic su "Rimuovi" nella finestra di dialogo.I dati possono essere ordinati e il grafico rigenerato.In generale, l'ordine dovrebbe essere determinato prima di eseguire e salvare la trama.
Ri: Componente aggiuntivo Forest PlotCiao Winfried. Ci scusiamo per il ritardo nella risposta. La cifra del sottogruppo generata sopra per lo studio Home et al è stata generata nel modo seguente. La finestra di dialogo è stata eseguita come sopra nel grafico. Quindi faccio clic sull'opzione del triangolo rosso per ottenere il pannello di controllo del Costruttore di grafici, quindi trascino il livello per annidarlo sull'asse y. Devo trascinare l'asse x per renderlo un po' più gradevole.
Per le linee tra i sottogruppi, fare clic con il tasto destro sull'asse e scegliere Impostazioni asse. Quindi attiva Mostra griglia nella seconda scheda (Riga etichetta 2). Ciò aggiungerà linee per dividere i sottogruppi.
Ri: Componente aggiuntivo Forest PlotNel frattempo ho utilizzato con successo il componente aggiuntivo Forest Plot in un secondo progetto. L'opzione dimensione indicatore funziona bene, basta sperimentare un po' per impostare correttamente la dimensione minima per rendere visibile il valore centrale per piccoli gruppi. Desidero segnalare i seguenti problemi minori:
- la barra degli strumenti non è disponibile nella trama anche se ho impostato la preferenza JMP su mai nascondere automaticamente,
- quando ho salvato un appezzamento di foresta in un diario, la trama era danneggiata quando ho riaperto il diario in un secondo momento,
- Quando ho salvato lo script di un forest plot nella tabella dati e poi ho ordinato le righe della tabella, lo script non è stato eseguito nuovamente correttamente.
In generale il componente aggiuntivo Forest Plot è molto utile e può essere utilizzato in molte situazioni anche oltre la meta-analisi.
Ri: Componente aggiuntivo Forest PlotHo utilizzato il componente aggiuntivo V4.0 in una situazione piuttosto complessa e ho trovato che funziona davvero molto bene. Due problemi minori erano i seguenti:
- Quando ho utilizzato le dimensioni dei marcatori proporzionali, il marcatore dello studio con la dimensione del campione più piccola non era più visibile ma nascosto nella linea dell'intervallo di confidenza. Forse in questo caso dovrebbe essere possibile modificare la forma di questo indicatore che scompare in una linea verticale.
- Ero interessato ad applicare il sottogruppo di studi come indicato nel precedente Forest Plot di Home et al. ma non ho trovato un'opzione per implementarlo. Quindi ho inserito delle linee divisorie colorate orizzontali per separare i gruppi di studi.
In generale ritengo utile l'uso dei colori in tali grafici forestali e incoraggio un ulteriore utilizzo dei colori nel componente aggiuntivo. Uno dei motivi per cui i Forest Plot di solito sono visti come in bianco e nero potrebbe essere che le versioni standard più economiche dei programmi di meta-analisi non supportano i colori, ma a volte le versioni più costose lo fanno. Per me l'uso dei colori è un punto di forza importante di JMP in generale.
Ri: Componente aggiuntivo Forest PlotMolto apprezzato, Richard. Colorare gli elementi della configurazione è carino, ma in realtà non è necessario. Quasi tutti gli appezzamenti forestali che ho visto sono in bianco e nero.
Ri: Componente aggiuntivo Forest PlotCiao, Phil,
Ho capito come soddisfare la tua richiesta permettendoti di scegliere una variabile di dimensionamento e una variabile di ridimensionamento per le bolle. Una cosa che sto ancora cercando di affrontare è colorare le linee dell'intervallo di confidenza quando il dimensionamento della bolla può contenere completamente l'IC.Ciò probabilmente accadrà solo nei casi in cui vi è una grande discrepanza tra dimensioni piccole e grandi. Dovrei avere qualcosa per te presto.
Scusate il ritardo! Grazie per la pazienza e per la fantastica idea!
Richard
Ri: Componente aggiuntivo Forest PlotCiao, Phil. Questa è una buona idea. Ho esaminato la questione e non ho ancora trovato nulla di ovvio, ma cercherò di continuare a lavorarci.
Ri: Componente aggiuntivo Forest PlotÈ possibile aggiungere un altro campo nella finestra di dialogo che renda variabile la dimensione del marcatore? Ad esempio, sto confrontando più studi e vorrei rappresentare gli studi più ampi (più soggetti) con marcatori più grandi
Ri: Componente aggiuntivo Forest PlotCiao Riccardo
Se le etichette dell'asse Y del testo dell'intervallo di confidenza sono le stesse, verranno unificate in un'unica etichetta, ma come posso visualizzare tutti i duplicati?
