Complemento de parcela forestalEl complemento Forest Plot muestra varios intervalos de confianza o credibilidad verticalmente. El usuario proporciona los límites superior e inferior, el valor central (que podría representar el efecto medio) y etiquetas para cada intervalo de una tabla de datos. El usuario puede proporcionar un segundo valor central para presentar valores resumidos adicionales (por ejemplo, medianas) en la figura. Las opciones de color le permiten resaltar intervalos que excluyen el valor nulo (0 predeterminado), y este color varía según si el intervalo está por encima o por debajo del valor nulo. Se dibuja una línea de referencia vertical de puntos en el valor nulo. Los intervalos están ordenados en la figura según su orden en la tabla de datos.
La versión 3 permite al usuario especificar una variable para indicar el tamaño del valor central.El área del valor central es proporcional al tamaño del marcador.Los usuarios pueden especificar el tamaño mínimo para los símbolos centrales, aplicar un factor de escala para controlar el tamaño del símbolo y un factor de transparencia para que los intervalos estrechos contenidos enteramente dentro del símbolo de valor central sean visibles.Esto no afecta el tamaño del marcador Center Value 2, que se ha cambiado de un diamante a una tubería para mejorar la visibilidad.Consulte el blog de JMP para ver algunos ejemplos del diagrama de bosque con los datos de nicardipina proporcionados recientemente.
La siguiente figura muestra el cuadro de diálogo de un ejemplo que utiliza estadísticas resumidas para 20 000 muestras de MCMC de un modelo jerárquico bayesiano de 40 eventos adversos de Mehrotra y Heyse (2004).
La siguiente figura muestra los intervalos de credibilidad de colas iguales del 95% basados en los cuantiles inferiores del 2,5% y superiores del 97,5%.Utilizando los datos de muestra, los usuarios interesados pueden crear un gráfico similar para los intervalos de densidad posterior (HPD) más altos cambiando los límites superior e inferior.
Mehrotra DV y Heyse JF. (2004). Uso de la tasa de falsos descubrimientos para evaluar datos de seguridad clínica. Métodos estadísticos en investigación médica 13: 227-238.
La versión 4 corrige un error al reproducir los gráficos cuando se guardan en una tabla de datos y agrega símbolos distintivos cuando las etiquetas son "totales" o "generales".Vea la siguiente figura producida a partir de RoseMeta.jmp. El tamaño de las burbujas centrales se ajusta al recuento total de sujetos de un subgrupo concreto.En lugar de una burbuja cuyo tamaño depende del número de sujetos, el intervalo de confianza general (que representa a toda la población del ensayo) se muestra con un asterisco.Los datos proceden de un ensayo clínico en pacientes con diabetes tipo 2 para evaluar el exceso de riesgo cardiovascular de rosiglitazona (Home et al., 2009).
Inicio PD, Pocock SJ, Beck-Nielsen H, Curtis PS, Gomis R, Hanefeld M, Jones NP, Komajda M y JJV McMurray. (2009). Rosiglitazona evaluada para resultados cardiovasculares en la terapia de combinación de agentes orales para la diabetes tipo 2 (RECORD): un ensayo multicéntrico, aleatorizado y abierto. Lanceta 373: 2125–2135.
La versión 5 agrega dos características nuevas.La primera característica es una opción para agregar texto de intervalo de confianza. Esto permite al usuario incluir una cadena de texto a lo largo del eje derecho. Esto podría incluir texto para una prueba de interacción para el subgrupo en particular o, como se muestra aquí, la estimación y el intervalo de confianza del 95% para el índice de riesgo para rosiglitazona versus control. La segunda característica es una casilla de verificación para invertir el orden de los ejes. Esto ahorra el paso manual de tener que invertir el orden de los ejes verticales. Sin la presencia de esta segunda característica, texto proporcionado usando la primera característica requeriría invertir ambos ejes por separado.En orden inverso, el grupo General se coloca en la parte inferior de la figura. Cuando la opción no está marcada, General se coloca en la parte superior.
La versión 6 corrige un error que causaría un error cuando el script Forest Plot se guardaba en una tabla de datos y se volvía a ejecutar.
La versión 7 agrega una función de subgrupo al cuadro de diálogo para crear más fácilmente diagramas de bosque de subgrupos con líneas de referencia, y una opción para colorear el valor central 2 según la preferencia de color seleccionada o no (que por defecto es negro).A continuación se presenta el gráfico resultante basado en la selección del diálogo anterior.
La versión 8 corrige un error en JMP 13 cuando se utiliza la opción Tamaño de marcador.
Visualización de datosCiencias de la vidaRe: Complemento de parcela forestalRichard, este es un complemento invaluable. No puedo establecer cómo cambiar la forma de la estimación puntual de un círculo relleno a un cuadrado relleno. ¿Eso requeriría cambiar el jsl o hay una opción oculta?
Con gracias
Ivor Douglas, MD
Denver Colorado
Re: Complemento de parcela forestalHola ricardo
Utilicé el complemento de diagrama de bosque (V8) con las prevalencias (cadena de texto de prevalencia y CI del 95 %) en el lado derecho (como en el ejemplo anterior) y copié el script en mi archivo JSL.Cuando ejecuté todo el script, las prevalencias se ordenaron de menor a mayor independientemente de la figura o las etiquetas de la izquierda.Cuando moví las prevalencias hacia la izquierda, volvieron a ser correctas. Esta fue la única solución que pude encontrar. También intenté trazar los mismos datos en Graphbuilder sin el complemento y sucedió lo mismo.Vi este comportamiento tanto en la versión 14.3 como en la 15.0. Tal vez esté haciendo algo tonto, pero en cualquier caso vale la pena advertir que revisen sus tramas.
Salud
Gunter
Re: Complemento de parcela forestal<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Hola ricardo,
Acabo de probar la nueva opción de subgrupo de su complemento V7 usando un nuevo ejemplo y todo estuvo bien.
Además, noté que para mis ejemplos encajaría si usara el nombre de la variable del valor central como etiqueta del eje x del diagrama de bosque. Por favor, compruebe si está de acuerdo con eso. De lo contrario, esto no es un problema importante porque la etiqueta del eje x se puede editar fácilmente.
En general, este es el programa Forest Plot más fácil de usar y flexible que conozco.
Gracias y un saludo
winfried
Re: Complemento de parcela forestalHola Winfried. He desactivado la opción de ocultar la barra de herramientas. Debería ser visible para usted ahora en V5. El problema que está informando con el diario JMP probablemente se deba a Add Graphics Script(). Puedo intentar explorar por qué sucede esto, pero puede que no haya forma de evitarlo. Sin embargo, noté que si la tabla de datos estaba abierta y actualizada, reabrir el diario cerrado ejecutaría el gráfico correctamente. Sería un paso adicional, pero es posible agregar algo de texto al archivo de diario para abrir la tabla de datos y actualizarla. Por ejemplo,
dt = Abrir("C:\Users\rizink\Desktop\rosemeta.jmp", invisible);
Tabla de datos actuales (dt);
Con respecto al último punto, el complemento funciona agregando una propiedad de Ordenación de valores a la tabla de datos para la variable enumerada en Etiqueta. Esto se hace para mantener fácilmente el orden de la tabla de datos (o al revés) en Forest Plot. De lo contrario, el comportamiento predeterminado ordena las filas alfabéticamente, lo que probablemente no proporcionaría lo que se desea. A continuación se muestra una tabla de datos para la que se creó un diagrama de bosque. La estrella en el Subgrupo (donde está la mano) mostrará que hay un Orden de Valor en la variable. Al hacer clic en él, se abrirán las propiedades de esta columna y el orden de valores se puede eliminar haciendo clic en "Eliminar" en el cuadro de diálogo.Los datos se pueden ordenar y regenerar el gráfico.En general, el orden debe determinarse antes de ejecutar y guardar el trazado.
Re: Complemento de parcela forestalHola Winfried. Perdón por la demora en la respuesta. La cifra del subgrupo que se generó anteriormente para el estudio de Home et al se generó de la siguiente manera. El cuadro de diálogo se ejecutó como se muestra arriba en el gráfico. Luego hago clic en la opción del triángulo rojo para obtener el panel de control de Graph Builder, luego arrastro el nivel para anidarlo en el eje y. Necesito arrastrar el eje x para que se vea un poco más bonito.
Para las líneas entre subgrupos, haga clic derecho en el eje y elija Configuración del eje. Luego active Mostrar cuadrícula en la segunda pestaña (Fila de etiquetas 2). Esto agregará líneas para dividir los subgrupos.
Re: Complemento de parcela forestalMientras tanto, utilicé con éxito el complemento Forest Plot en un segundo proyecto. La opción de tamaño del marcador funciona bien, sólo es necesario experimentar un poco para establecer el tamaño mínimo correctamente para que el valor central sea visible para grupos pequeños. Quiero informar los siguientes problemas menores:
- la barra de herramientas no está disponible en el gráfico aunque configuré la preferencia JMP en nunca ocultar automáticamente,
- cuando guardé un diagrama de bosque en un diario, el diagrama se corrompió cuando volví a abrir el diario en un momento posterior,
- cuando guardé el script de un diagrama de bosque en la tabla de datos y luego ordené las filas de la tabla, el script no se volvió a ejecutar correctamente.
En general, el complemento Forest Plot es muy útil y se puede utilizar en muchas situaciones, incluso más allá del metanálisis.
Re: Complemento de parcela forestalHe utilizado el complemento V4.0 en una situación bastante compleja y encontré que funciona muy bien. Dos problemas menores fueron los siguientes:
- Cuando utilicé tamaños de marcadores proporcionales, el marcador del estudio con el tamaño de muestra más pequeño ya no estaba visible sino oculto en la línea del intervalo de confianza. Quizás en este caso debería ser posible editar la forma de este marcador que desaparece en una línea vertical.
- Me interesaba aplicar el subgrupo de estudios indicado en el Forest Plot de Home et al. pero no encontré una opción para implementar esto. Así que inserté líneas divisorias horizontales de colores para separar grupos de estudios.
En general, considero útil el uso de colores en dichos gráficos de bosque y recomiendo un mayor uso de colores en el complemento. Una de las razones por las que los diagramas de bosque generalmente se ven en blanco y negro puede ser que las versiones estándar más baratas de los programas de metanálisis no admiten colores, pero las versiones más caras a veces sí lo hacen. Para mí, el uso de colores es una fortaleza importante de JMP en general.
Re: Complemento de parcela forestalMuy apreciado, Ricardo. Colorear los CI es bueno, pero en realidad no es necesario. Casi todas las parcelas forestales que he visto son en blanco y negro.
Re: Complemento de parcela forestalHola phil,
He descubierto cómo satisfacer su solicitud permitiéndole elegir una variable de tamaño y una variable de escala para las burbujas. Una cosa que todavía estoy tratando de abordar es colorear las líneas del intervalo de confianza cuando el tamaño de la burbuja puede contener completamente el IC.Es probable que esto solo suceda en casos con una gran discrepancia entre tamaños pequeños y grandes. Debería tener algo para ti pronto.
¡Pido disculpas por la demora! ¡Gracias por tu paciencia y por la gran idea!
Ricardo
Re: Complemento de parcela forestalHola filo. Esta es una buena idea. Lo he investigado y todavía no he encontrado nada obvio, pero intentaré seguir trabajando en ello.
Re: Complemento de parcela forestal¿Es posible agregar otro campo al cuadro de diálogo que haga que el tamaño del marcador sea variable? Por ejemplo, estoy comparando varios ensayos y me gustaría representar los ensayos más grandes (más sujetos) con marcadores más grandes.
Re: Complemento de parcela forestalHola ricardo
Si las etiquetas del eje Y del texto del intervalo de confianza son las mismas, se unificarán en una sola etiqueta, pero ¿cómo puedo mostrar todos los duplicados?
