Waldparzellen-Add-InDas Forest Plot-Add-in zeigt mehrere Konfidenz- oder Glaubwürdigkeitsintervalle vertikal an. Der Benutzer gibt die Unter- und Obergrenzen, den Mittelwert (der den mittleren Effekt darstellen könnte) und Beschriftungen für jedes Intervall aus einer Datentabelle an. Der Benutzer kann einen zweiten Mittelwert angeben, um zusätzliche zusammenfassende Werte (z. B. Mediane) in der Abbildung darzustellen. Mit den Farboptionen können Sie Intervalle hervorheben, die den Nullwert (Standard 0) ausschließen. Diese Farbe variiert je nachdem, ob das Intervall über oder unter dem Nullwert liegt. Beim Nullwert wird eine gepunktete vertikale Referenzlinie gezeichnet. Die Intervalle sind in der Abbildung entsprechend ihrer Reihenfolge in der Datentabelle geordnet.
In Version 3 kann der Benutzer eine Variable angeben, um die Größe des Mittelwerts anzugeben.Die Fläche des Mittelwerts ist proportional zur Markergröße.Benutzer können die Mindestgröße für Mittelsymbole festlegen, einen Skalierungsfaktor zur Steuerung der Symbolgröße und einen Transparenzfaktor anwenden, sodass schmale Intervalle, die vollständig im Mittelwertsymbol enthalten sind, sichtbar sind.Dies hat keinen Einfluss auf die Größe der Markierung „Mittelwert 2“, die zur besseren Sichtbarkeit von einer Raute in eine Röhre geändert wurde.Im JMP-Blog finden Sie einige Beispiele des Walddiagramms mit den neu bereitgestellten Nicardipin-Daten.
Die folgende Abbildung zeigt den Dialog für ein Beispiel mit zusammenfassenden Statistiken für 20.000 MCMC-Proben aus einem Bayes'schen hierarchischen Modell von 40 unerwünschten Ereignissen von Mehrotra & Heyse (2004).
Die folgende Abbildung zeigt die gleichseitigen 95 %-Glaubwürdigkeitsintervalle basierend auf den unteren 2,5 %- und oberen 97,5 %-Quantilen.Mithilfe der Beispieldaten können interessierte Benutzer ein ähnliches Diagramm für die Intervalle der höchsten hinteren Dichte (HPD) erstellen, indem sie die unteren und oberen Grenzen ändern.
Mehrotra DV & Heyse JF. (2004). Verwendung der False Discovery Rate zur Auswertung klinischer Sicherheitsdaten. Statistische Methoden in der medizinischen Forschung 13: 227-238.
Version 4 behebt einen Fehler beim Reproduzieren der Diagramme beim Speichern in einer Datentabelle und fügt eindeutige Symbole hinzu, wenn die Beschriftungen entweder „Gesamt“ oder „Gesamt“ sind.Siehe folgende Abbildung, erstellt aus RoseMeta.jmp. Die Größe der mittleren Blasen richtet sich nach der Gesamtzahl der Probanden in einer bestimmten Untergruppe.Anstelle einer Blase, deren Größe sich nach der Anzahl der Probanden richtet, wird das Gesamtkonfidenzintervall (das die gesamte Versuchspopulation darstellt) mit einem Sternchen angezeigt.Die Daten stammen aus einer klinischen Studie mit Patienten mit Typ-2-Diabetes zur Beurteilung eines erhöhten kardiovaskulären Risikos von Rosiglitazon (Home et al., 2009).
Home PD, Pocock SJ, Beck-Nielsen H, Curtis PS, Gomis R, Hanefeld M, Jones NP, Komajda M & JJV McMurray. (2009). Rosiglitazon wurde auf kardiovaskuläre Ergebnisse in der oralen Kombinationstherapie bei Typ-2-Diabetes untersucht (RECORD): Eine multizentrische, randomisierte, offene Studie. Lanzette 373: 2125–2135.
Version 5 fügt zwei neue Funktionen hinzu.Die erste Funktion ist eine Option zum Hinzufügen von Konfidenzintervalltext. Dadurch kann der Benutzer eine Textzeichenfolge entlang der rechten Achse einfügen. Dies könnte Text für einen Interaktionstest für die bestimmte Untergruppe oder, wie hier gezeigt, die Schätzung und das 95-%-Konfidenzintervall für die Gefährdungsquote für umfassen Rosiglitazon versus Kontrolle. Die zweite Funktion ist ein Kontrollkästchen zum Umkehren der Achsenreihenfolge. Dies erspart den manuellen Schritt, die Reihenfolge für die vertikalen Achsen umkehren zu müssen. Ohne das Vorhandensein dieses zweiten Merkmals Text, der mit der ersten Funktion bereitgestellt wird würde erfordern, dass beide Achsen separat umgekehrt werden.In umgekehrter Reihenfolge wird die Gesamtgruppe am unteren Rand der Abbildung platziert. Wenn die Option deaktiviert ist, wird „Gesamt“ ganz oben angezeigt.
Version 6 behebt einen Fehler, der einen Fehler verursachte, wenn das Forest Plot-Skript in einer Datentabelle gespeichert und erneut ausgeführt wurde.
Version 7 fügt dem Dialog eine Untergruppenrolle hinzu, um Untergruppen-Gesamtdiagramme mit Referenzlinien einfacher zu erstellen, und eine Option zum Einfärben von Mittelwert 2 entsprechend der ausgewählten Farbpräferenz (die standardmäßig Schwarz ist).Das resultierende Diagramm basierend auf der obigen Dialogauswahl wird unten dargestellt.
Version 8 behebt einen Fehler in JMP 13, wenn die Option „Markergröße“ verwendet wird.
DatenvisualisierungBiowissenschaftenBetreff: Forest Plot Add-InRichard, das ist eine unschätzbare Ergänzung. Ich kann nicht herausfinden, wie ich die Form der Punktschätzung von einem gefüllten Kreis in ein gefülltes Quadrat ändern kann. Würde das eine Änderung der JSL erfordern oder gibt es eine versteckte Option?
Mit Dank
Ivor Douglas, MD
Denver CO
Betreff: Forest Plot Add-InHallo Richard
Ich habe das Forest-Plot-Add-In (V8) mit den Prävalenzen (Textzeichenfolge der Prävalenz und 95 %-KI) auf der rechten Seite verwendet (wie im Beispiel oben) und das Skript in meine JSL-Datei kopiert.Als ich das gesamte Skript ausführte, sortierten sich die Prävalenzen unabhängig von der Abbildung oder den Beschriftungen auf der linken Seite vom kleinsten zum größten.Als ich die Prävalenzen nach links verschoben habe, waren sie wieder korrekt. Dies war die einzige Lösung, die ich finden konnte. Ich habe auch versucht, dieselben Daten im Graphbuilder ohne das Add-In darzustellen, und das Gleiche ist passiert.Ich habe dieses Verhalten sowohl in Version 14.3 als auch in Version 15.0 gesehen. Vielleicht mache ich etwas Dummes, aber auf jeden Fall ist es eine Warnung wert, Ihre Pläne zu überprüfen.
Prost
Günter
Betreff: Forest Plot Add-In<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />Hallo Richard,
Ich habe gerade die neue Untergruppenoption Ihres V7-Add-Ins anhand eines neuen Beispiels getestet und alles war in Ordnung.
Außerdem ist mir aufgefallen, dass es für meine Beispiele passen würde, wenn man den Variablennamen des Mittelwerts als Beschriftung der x-Achse des Forest Plots verwenden würde. Bitte prüfen Sie, ob Sie damit einverstanden sind. Ansonsten stellt dies kein großes Problem dar, da die Beschriftung der x-Achse leicht bearbeitet werden kann.
Insgesamt ist dies das benutzerfreundlichste und flexibelste Forest Plot-Programm, das ich kenne.
Danke und viele Grüße
Winfried
Betreff: Forest Plot Add-InHallo Winfried. Ich habe die Option zum Ausblenden der Symbolleiste deaktiviert. Es sollte jetzt in V5 für Sie sichtbar sein. Das von Ihnen gemeldete Problem mit dem JMP-Journal ist wahrscheinlich auf Add Graphics Script() zurückzuführen. Ich kann versuchen herauszufinden, warum das passiert, aber es gibt möglicherweise keinen Ausweg. Allerdings ist mir aufgefallen, dass der Plot korrekt ausgeführt werden würde, wenn die Datentabelle geöffnet und aktuell wäre, wenn das geschlossene Journal erneut geöffnet würde. Dies wäre ein zusätzlicher Schritt, es wäre jedoch möglich, der Journaldatei Text hinzuzufügen, um die Datentabelle zu öffnen und auf den neuesten Stand zu bringen. Zum Beispiel,
dt = Open("C:\Benutzer\rizink\Desktop\rosemeta.jmp", unsichtbar);
Aktuelle Datentabelle (dt);
Was den letzten Punkt betrifft, fügt das Add-in der Datentabelle für die in Label aufgeführte Variable eine Eigenschaft „Value Ordering“ hinzu. Dies geschieht, um die Reihenfolge der Datentabelle (oder umgekehrt) im Gesamtstrukturdiagramm einfach beizubehalten. Andernfalls ordnet das Standardverhalten die Zeilen alphabetisch an, was wahrscheinlich nicht das gewünschte Ergebnis liefern würde. Unten finden Sie eine Datentabelle, in der ein Walddiagramm erstellt wurde. Der Stern auf der Untergruppe (wo sich die Hand befindet) zeigt an, dass für die Variable eine Wertreihenfolge vorliegt. Wenn Sie darauf klicken, werden die Eigenschaften dieser Spalte geöffnet und die Wertreihenfolge kann entfernt werden, indem Sie im Dialogfeld auf „Entfernen“ klicken.Daten können sortiert und der Plot neu generiert werden.Im Allgemeinen sollte die Reihenfolge festgelegt werden, bevor der Plot ausgeführt und gespeichert wird.
Betreff: Forest Plot Add-InHallo Winfried. Entschuldigung für die Verzögerung bei der Antwort. Die oben für die Studie von Home et al. generierte Untergruppenzahl wurde auf folgende Weise generiert. Der Dialog wurde wie oben in der Grafik ausgeführt. Dann klicke ich auf die Option mit dem roten Dreieck, um das Bedienfeld „Graph Builder“ aufzurufen, und ziehe dann die Ebene, um sie auf der Y-Achse zu verschachteln. Ich muss die x-Achse herausziehen, damit es etwas schöner aussieht.
Klicken Sie für die Linien zwischen Untergruppen mit der rechten Maustaste auf die Achse und wählen Sie „Achseneinstellungen“. Aktivieren Sie dann „Raster anzeigen“ auf der zweiten Registerkarte (Beschriftungszeile 2). Dadurch werden Linien hinzugefügt, um die Untergruppen zu unterteilen.
Betreff: Forest Plot Add-InMittlerweile habe ich das Forest Plot Add-In in einem zweiten Projekt erfolgreich eingesetzt. Die Option „Markierungsgröße“ funktioniert gut. Man muss nur ein wenig experimentieren, um die Mindestgröße richtig einzustellen und den Mittelwert für kleine Gruppen sichtbar zu machen. Ich möchte die folgenden kleineren Probleme melden:
- Die Symbolleiste ist im Plot nicht verfügbar, obwohl ich die JMP-Einstellung auf „Niemals automatisch ausblenden“ eingestellt habe.
- Als ich ein Waldstück in einem Tagebuch gespeichert habe, war das Grundstück beschädigt, als ich das Tagebuch zu einem späteren Zeitpunkt erneut öffnete.
- Als ich das Skript eines Walddiagramms in der Datentabelle gespeichert und dann die Zeilen der Tabelle sortiert habe, wurde das Skript nicht ordnungsgemäß erneut ausgeführt.
Generell ist das Forest Plot Add-In sehr hilfreich und kann in vielen Situationen auch über die Metaanalyse hinaus eingesetzt werden.
Betreff: Forest Plot Add-InIch habe das Add-In V4.0 in einer ziemlich komplexen Situation verwendet und fand, dass es wirklich sehr gut funktioniert. Zwei kleinere Probleme waren wie folgt:
- Wenn ich proportionale Markergrößen verwendet habe, war der Marker der Studie mit der kleinsten Stichprobengröße nicht mehr sichtbar, sondern in der Linie des Konfidenzintervalls verborgen. Vielleicht sollte es in diesem Fall möglich sein, die Form dieser verschwindenden Markierung in eine vertikale Linie zu ändern.
- Ich war daran interessiert, die Untergruppierung von Studien anzuwenden, wie sie im obigen Forest Plot von Home et al. angegeben ist. aber ich habe keine Option gefunden, dies umzusetzen. Deshalb habe ich horizontale farbige Trennlinien eingefügt, um Studiengruppen zu trennen.
Im Allgemeinen halte ich die Verwendung von Farben in solchen Walddiagrammen für hilfreich und empfehle die weitere Verwendung von Farben im Add-In. Ein Grund dafür, dass Forest Plots normalerweise als Schwarzweißdarstellungen angesehen werden, könnte sein, dass die günstigeren Standardversionen von Metaanalyseprogrammen keine Farben unterstützen, teurere Versionen jedoch manchmal schon. Für mich ist der Einsatz von Farben generell eine wichtige Stärke von JMP.
Betreff: Forest Plot Add-InSehr geschätzt, Richard. Das Einfärben der CIs ist schön, aber wirklich nicht notwendig. Fast alle Waldgrundstücke, die ich gesehen habe, sind schwarzweiß.
Betreff: Forest Plot Add-InHallo Phil,
Ich habe herausgefunden, wie ich Ihrer Anfrage nachkommen kann, indem ich Ihnen die Möglichkeit gegeben habe, eine Größenvariable und eine Skalierungsvariable für die Blasen auszuwählen. Eine Sache, mit der ich immer noch zu kämpfen habe, ist die Einfärbung der Konfidenzintervalllinien, wenn die Größe der Blase das CI möglicherweise vollständig enthält.Dies wird wahrscheinlich nur in Fällen mit einer großen Diskrepanz zwischen kleinen und großen Größen der Fall sein. Ich sollte bald etwas für dich haben.
Entschuldigung für die Verzögerung! Vielen Dank für eure Geduld und die tolle Idee!
Richard
Betreff: Forest Plot Add-InHallo, Phil. Das ist eine gute Idee. Ich habe es mir angesehen und noch nichts Offensichtliches gefunden, aber ich werde versuchen, weiter daran zu arbeiten.
Betreff: Forest Plot Add-InIst es möglich, dem Dialogfeld ein weiteres Feld hinzuzufügen, das die Markierungsgröße variabel macht? Ich vergleiche beispielsweise mehrere Studien und möchte die größeren Studien (mehr Probanden) mit größeren Markern darstellen
Betreff: Forest Plot Add-InHallo Richard
Wenn die Beschriftungen der Konfidenzintervalltexte auf der Y -Achse gleich sind, werden sie zu einer Beschriftung zusammengefasst. Wie kann ich jedoch alle Duplikate anzeigen?
