フォレスト プロット アドインForest Plot アドインは、複数の信頼区間または信頼区間を垂直方向に表示します。 ユーザーは、データ テーブルから各間隔の下限値と上限値、中心値 (平均効果を表す可能性がある)、およびラベルを指定します。 ユーザーは、図に追加の要約値 (中央値など) を表示するために 2 番目の中心値を指定できます。 色のオプションを使用すると、NULL 値 (デフォルトは 0) を除外した間隔を強調表示できます。この色は、間隔が NULL 値より上か下かによって異なります。 Null 値の位置に点線の垂直参照線が描画されます。 図では、間隔はデータ テーブル内の順序に従って順序付けされています。
バージョン 3 では、ユーザーは中心値のサイズを示す変数を指定できます。中心値の面積はマーカー サイズに比例します。ユーザーは、中心値シンボルの最小サイズを指定したり、スケール係数を適用してシンボル サイズを制御したり、中心値シンボル内に完全に含まれる狭い間隔が表示されるように透明度係数を適用したりできます。これは、Center Value 2 マーカーのサイズには影響しません。視認性を向上させるために、マーカーはダイヤモンドからパイプに変更されました。新しく提供されたニカルジピン データを使用した森林プロットの例については、JMP ブログを参照してください。
以下の図は、Mehrotra & Heyse (2004) による 40 件の有害事象のベイジアン階層モデルからの 20,000 件の MCMC サンプルの要約統計量を使用する例のダイアログを示しています。
以下の図は、下位 2.5% と上位 97.5% の分位数に基づいた 95% の等尾信頼区間を表示しています。興味のあるユーザーは、サンプル データを使用して、下限と上限を変更して、最高事後密度 (HPD) 間隔の同様のプロットを作成できます。
メロトラDV&ヘイセJF。 (2004)。 臨床安全性データを評価するための誤検出率の使用。 医学研究における統計的方法 13: 227-238。
バージョン 4 では、データ テーブルに保存されたときにプロットを再現する際のバグが修正され、ラベルが「合計」または「全体」の場合に特有の記号が追加されます。RoseMeta.jmp から作成された以下の図を参照してください。 中央のバブルのサイズは、特定のサブグループ内の被験者の総数に応じて決まります。被験者の数によってサイズ設定されたバブルの代わりに、全体の信頼区間 (試験母集団全体を表す) がアスタリスクで表示されます。データは、過剰な心血管リスクを評価するための 2 型糖尿病患者を対象とした臨床試験からのものですロシグリタゾン (Home et al., 2009）。
ホームPD、ポーコックSJ、ベックニールセンH、カーティスPS、ゴミスR、ハネフェルドM、ジョーンズNP、コマジダM、JJVマクマリー。 （2009年）。 2 型糖尿病に対する経口剤併用療法におけるロシグリタゾンの心血管転帰の評価 (RECORD): 多施設共同無作為化非盲検試験。 ランセット373: 2125–2135。
バージョン 5 では 2 つの新機能が追加されています。最初の機能は、信頼区間テキストを追加するオプションです。 これにより、ユーザーは右軸に沿ってテキスト文字列を含めることができます。 これには、特定のサブグループの相互作用の検定のテキスト、またはここに示すように、サブグループのハザード比の推定値と 95% 信頼区間が含まれる可能性があります。ロシグリタゾンと対照。 2 番目の機能は、軸の順序を逆にするチェック ボックスです。 これにより、垂直軸の順序を逆にする手動の手順が省略されます。 この 2 番目の機能がなければ、最初の機能を使用して提供されたテキスト両方の軸を個別に反転する必要があります。逆の順序では、全体グループが図の一番下に配置されます。 オプションのチェックを外すと、全体が一番上に配置されます。
バージョン 6 では、Forest Plot スクリプトをデータ テーブルに保存して再実行するときにエラーが発生するバグが修正されています。
バージョン 7 では、ダイアログにサブグループの役割が追加され、参照線を含むサブグループ フォレスト プロットをより簡単に作成できるようになり、選択した色の設定に応じて中心値 2 に色を付けるかどうか (デフォルトは黒) のオプションが追加されました。上記のダイアログ選択に基づいて得られたプロットを以下に示します。
バージョン 8 では、マーカー サイズ オプションが使用されている場合の JMP 13 のバグが修正されています。
データの視覚化ライフサイエンスRe: Forest Plot アドインRichard これは非常に貴重なアドインです。 点推定の形状を黒丸から黒四角に変更する方法を確立できません。 そのためには JSL を変更する必要がありますか、それとも隠しオプションがあるのでしょうか?
感謝を込めて
アイバー・ダグラス医師
コロラド州デンバー
Re: Forest Plot アドインこんにちは、リチャード
(上記の例のように) 右側に有病率 (有病率と 95% CI のテキスト文字列) を表示したフォレスト プロット アドイン (V8) を使用し、スクリプトを JSL ファイルにコピーしました。スクリプト全体を実行すると、左側の図やラベルとは関係なく、有病率が小さいものから大きいものへと自動的に並べ替えられました。有病率を左に移動すると、再び正しくなりました。 これが私が見つけた唯一の回避策でした。 また、アドインを使用せずにグラフビルダーで同じデータをプロットしようとしましたが、同じことが起こりました。この動作は v14.3 と 15.0 の両方で見られました。たぶん私は何かばかげたことをしているかもしれませんが、いずれにせよ、プロットをチェックするように警告する価値があります。
乾杯
ギュンター
Re: Forest Plot アドイン<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />こんにちは、リチャードさん
新しい例を使用して V7 アドインの新しいサブグループ オプションをテストしましたが、すべて問題ありませんでした。
さらに、フォレスト プロットの x 軸のラベルとして中心値の変数名を使用すると、私の例では適合することに気づきました。 同意できるかどうかチェックしてください。 それ以外の場合、X 軸のラベルは簡単に編集できるため、これは大きな問題ではありません。
全体として、これは私が知る限り最もユーザーフレンドリーで柔軟な Forest Plot プログラムです。
よろしくお願いします
ウィンフリード
Re: Forest Plot アドインこんにちは、ウィンフリード。 ツールバーを非表示にするオプションをオフにしました。 V5 では表示されるはずです。 あなたが JMP ジャーナルに報告している問題は、Add Graphics Script() が原因である可能性があります。 なぜこれが起こるのかを調査してみることはできますが、回避方法はないかもしれません。 ただし、データ テーブルが開いていて最新の場合、閉じたジャーナルを再度開くとプロットが正しく実行されることに気付きました。 これは追加の手順ですが、ジャーナル ファイルにテキストを追加してデータ テーブルを開いて最新にすることができる場合があります。 例えば、
dt = Open("C:\Users\rizink\Desktop\rosemeta.jmp", 非表示);
現在のデータテーブル(dt);
最後の点に関しては、アドインは、Label にリストされている変数のデータ テーブルに Value Ordering プロパティを追加することによって機能します。 これは、フォレスト プロット内のデータ テーブルの順序 (またはその逆) を簡単に維持するために行われます。 それ以外の場合、デフォルトの動作では行がアルファベット順に並べられるため、必要な結果が得られない可能性があります。 以下は、Forest Plot が作成されたデータ テーブルです。 サブグループ (手の位置) の星は、変数に値の順序があることを示します。 これをクリックすると、この列のプロパティが開きます。ダイアログで [削除] をクリックすると、値の順序付けを削除できます。データを並べ替えたり、プロットを再生成したりできます。一般に、プロットを実行して保存する前に順序を決定する必要があります。
Re: Forest Plot アドインこんにちは、ウィンフリード。 返信が遅れて申し訳ありません。 Home et al の研究のために上記で生成されたサブグループ図は、次の方法で生成されました。 ダイアログは上の図のように実行されました。 次に、赤い三角形のオプションをクリックしてグラフ ビルダー コントロール パネルを表示し、レベルをドラッグして y 軸上にネストします。 見た目を少し良くするために、X 軸をドラッグする必要があります。
サブグループ間の線については、軸を右クリックして「軸の設定」を選択します。 次に、2 番目のタブ (ラベル行 2) で [グリッドの表示] をオンにします。 これにより、サブグループを分割するための線が追加されます。
Re: Forest Plot アドイン一方、私は 2 番目のプロジェクトで Forest Plot Add-Inn を使用することに成功しました。 マーカー サイズ オプションはうまく機能します。小さなグループに中心値が表示されるように最小サイズを正しく設定するには、少し実験するだけです。 次のような小さな問題について報告したいと思います。
- JMP 設定を自動非表示にしないように設定しましたが、プロットではツールバーが使用できません。
- 森林プロットをジャーナルに保存すると、後でジャーナルを再度開いたときにプロットが破損していました。
- フォレスト プロットのスクリプトをデータ テーブルに保存し、テーブルの行を並べ替えると、スクリプトが正しく再実行されませんでした。
一般に、Forest Plot Add-Inn は非常に便利で、メタ分析を超えてさまざまな状況で使用できます。
Re: Forest Plot アドイン私はかなり複雑な状況でアドイン V4.0 を使用しましたが、非常にうまく機能することがわかりました。 2 つの小さな問題は次のとおりです。
- 比例マーカー サイズを使用すると、サンプル サイズが最小の研究のマーカーが表示されなくなり、信頼区間の線に隠れてしまいました。 おそらくこの場合、この消えたマーカーの形状を垂直線に編集できるはずです。
- Home et al. による上記の Forest Plot に示されているように、研究のサブグループ化を適用することに興味がありました。しかし、これを実装するオプションが見つかりませんでした。 そこで、研究グループを区切るために水平方向の色付きの区切り線を挿入しました。
一般に、私はこのような森林プロットでの色の使用は有益であると考えており、アドインでさらに色を使用することをお勧めします。 フォレスト プロットが通常白黒として見られる理由の 1 つは、メタ分析プログラムの安価な標準バージョンでは色がサポートされていないが、より高価なバージョンでは色がサポートされている場合があるためである可能性があります。 私にとって、色の使用は一般的に JMP の重要な強みです。
Re: Forest Plot アドインとても感謝しています、リチャード。 CI に色を付けるのは良いことですが、実際には必要ありません。 私が見た森林区画のほとんどは白黒です。
Re: Forest Plot アドインこんにちは、フィルさん
バブルのサイズ変数とスケーリング変数を選択できるようにすることで、ご要望に応える方法を考え出しました。 私がまだ取り組んでいるのは、バブルのサイズ設定に CI が完全に含まれている可能性がある場合に、信頼区間の線に色を付けることです。これは、小さいサイズと大きいサイズの間に大きな差がある場合にのみ発生する可能性があります。 すぐに何か持ってくるはずです。
遅れてごめんなさい！ 忍耐強く待ってくれて、素晴らしいアイデアをありがとう!
リチャード
Re: Forest Plot アドインこんにちは、フィル。 これは良いアイデアです。 調べてみましたが、まだ明確な点は見つかりませんでしたが、引き続き検討していきたいと思います。
Re: Forest Plot アドインマーカー サイズを変数にする別のフィールドをダイアログ ボックスに追加することは可能ですか? たとえば、複数の試験を比較していて、より大きな試験（より多くの被験者）をより大きなマーカーで表したいと考えています。
Re: Forest Plot Add-Inこんにちはリチャードさん
confidence interval textのY軸ラベルが同一のものだと1つに統一されてしまうのですが、重複するものもすべて表示するにはどうすればよいでしょうか。
