Cette feuille de calcul du JMP contient des données environnementales des îles Australes de la Polynésie française et des îles Cook, ainsi que des données moléculaires et physiologiques de 43 échantillons de coraux (dont un a été exclu car il s'agissait d'une espèce non ciblée). Mes objectifs étaient d'examiner la relation entre l'environnement et la physiologie, ainsi que d'identifier les valeurs aberrantes. Bien que j'aie mesuré 10 variables de réponse dans les échantillons de corail (longueur maximale de la colonie, surface plane, rapport ARN/ADN, Symbiodinium GCP [densité de dinoflagellés dans le corail] et six gènes ARNm), je n'ai considéré que le rapport ARN/ADN, Symbiodinium GCP, et les cinq premiers gènes dans l'analyse des données. J'ai utilisé à la fois des approches univariées (par exemple, ANOVA et régression pas à pas) et des approches multivariées (MANOVA, PCA, MDS) et j'ai découvert qu'en général, l'espèce de corail hôte était le facteur "environnemental" le plus important (c'est-à-dire le facteur le plus important de variation). Pour les approches multivariées, j'ai converti les valeurs en scores z de sorte qu'elles soient toutes sur la même échelle. J'ai calculé la distance de Mahalanobis pour chaque échantillon, car je pense en fait que c'est le paramètre le plus intéressant à mesurer dans un corail (dans lequel nous ne SAVONS pas ce qui constitue la santé, comme nous le savons chez les humains) ; le degré d'écart d'un échantillon par rapport au centroïde moyen peut, en fin de compte, être le facteur le plus important pour déterminer si un corail est sensible au changement climatique. Voir le tracé PCA écrit dans la table, par exemple. Je pense que vous conviendrez que la colonie 88.2 pourrait être "intéressante". La plupart des gens le jetteraient, cependant, en raison de son statut aberrant ! Maintenant, la question demeure : les valeurs aberrantes sont-elles les coraux « les plus forts » ou les plus faibles ? Je ne sais pas, mais essayez de le savoir.
En bref, j'essaie de développer un moyen d'identifier les coraux au comportement aberrant en l'absence de savoir ce qui constitue une bonne santé. C'est une question délicate, et je ne sais pas si quelqu'un a traité ce problème dans d'autres domaines (je sais avec certitude que personne ne l'a fait dans le domaine des récifs coralliens.). Si vous avez des idées sur ce problème, n'hésitez pas à nous en faire part.
https://public.jmp.com/packages/Principal-Components-on-Correlations/js-p/5c16dba996f7cc0eec8b4bbc
(veuillez me faire savoir si ce lien public JMP ne fonctionne pas)
Merci Anderson.@abmayfield Le lien public JMP fonctionne pour moi.Problème et analyse intéressants.
