Questo foglio di lavoro JMP contiene dati ambientali delle Isole Australi della Polinesia francese e delle Isole Cook, nonché dati molecolari e fisiologici di 43 campioni di corallo (uno dei quali è stato escluso poiché era una specie non bersaglio). I miei obiettivi erano esaminare la relazione tra ambiente e fisiologia, nonché identificare i valori anomali. Sebbene abbia misurato 10 variabili di risposta nei campioni di corallo (lunghezza massima della colonia, superficie planare, rapporto RNA/DNA, Symbiodinium GCP [densità dei dinoflagellati all'interno del corallo] e sei mRNA genici), ho considerato solo il rapporto RNA/DNA, Symbiodinium GCP e i primi cinque geni nell'analisi dei dati. Ho utilizzato sia approcci univariati (ad es. ANOVA e regressione graduale) sia approcci multivariati (MANOVA, PCA, MDS) e ho scoperto che, in generale, la specie di corallo ospite era il fattore "ambientale" più importante (ovvero, il driver più importante di variazione). Per gli approcci multivariati, ho convertito i valori in z-score in modo che fossero tutti sulla stessa scala. Ho calcolato la distanza di Mahalanobis per ogni campione, poiché in realtà penso che questo sia il parametro più interessante da misurare in un corallo (in cui non SAPPIAMO cosa costituisce sano, come nell'uomo); il grado di deviazione di un campione dal baricentro medio può, a quanto pare, essere il fattore più importante per determinare se un corallo è suscettibile ai cambiamenti climatici. Vedi il grafico PCA scritto sulla tabella, per esempio. Penso che saresti d'accordo sul fatto che la colonia 88.2 potrebbe essere "interessante". La maggior parte delle persone lo butterebbe via, però, a causa del suo stato anomalo! Ora la domanda rimane: i valori anomali sono i coralli "più forti" o i più deboli? Non lo so, ma punta a scoprirlo.
In breve, sto cercando di sviluppare un modo per identificare i coralli che si comportano in modo anomalo in assenza di sapere cosa costituisce la salute. Questa è una domanda difficile e non so se qualcuno ha affrontato questo problema in altri campi (so per certo che nessuno l'ha fatto nel campo della barriera corallina). Se hai qualche idea su questo problema, non esitare a intervenire.
https://public.jmp.com/packages/Principal-Components-on-Correlations/js-p/5c16dba996f7cc0eec8b4bbc
(per favore fatemi sapere se questo collegamento pubblico JMP non funziona)
Grazie Anderson.@abmayfield Il collegamento pubblico JMP funziona per me.Problema e analisi interessanti.
