手法の比較このアドインは、CLSI ガイドラインに従って測定方法を比較するのに役立ちます。バックグラウンドでさまざまな JMP プラットフォームを呼び出してデータを適合させ、さまざまなグラフや表の結果を作成します。
アドインは、精度、精度、直線性、パフォーマンスの 4 つの主要なルーチンで構成されています。それぞれへの入力データ テーブルはスタック形式、つまり、個々の応答ごとに 1 行である必要があります。1 つの列は、使用されるさまざまなメソッドに対応するさまざまなデータ行を識別する必要があります (メソッド識別子列)。その他に必要なデータ列は、使用するルーチンによって異なります。
アドインをインストールするには、「Method Comparison.jmaddin」をダウンロードし、開いている JMP ウィンドウにドラッグして、「インストール」をクリックします。
分析の例では、アドインをインストールした後、「アドイン」>「メソッド比較」>「ヘルプ」をクリックします。 このアドインには、「化合物の比較」、「ピーク呼気流量」、「シミュレートされた例」、および「最高血圧」という 4 つのサンプル データ セットも含まれています。[アドイン] > [メソッド比較] > [サンプル データ] をクリックして開きます。
いくつかのスクリーンショットの例を以下に示します。
データの視覚化探索的データ分析ライフサイエンス品質工学信頼性統計Re: メソッドの比較@jzadzka @クエリーダPassing-Bablok ルーチンの欠落データをより適切に処理するアドインの更新をアップロードしたところです。おそらく、あなたが指摘した問題は修正されるでしょう。
@TCGMこれの原因はまだわかりません。JMP ログにメッセージはありますか (Ctrl-Shift-L を押して確認してください)。最初の [パフォーマンス] ダイアログでは、左下のボックスの [正のレベル] としてデフォルトで値 1 が選択されている必要があります。実行前に手動で選択すると役に立ちますか?もしかして英語以外の言語設定はありませんか？
Re: メソッドの比較こんにちは@russ_wolfinger 、
まず最初に、このアドインを作成していただきありがとうございます。 まだ発見したばかりですが、日々の仕事に非常に役立つと思います。
「パフォーマンス」分析オプションで問題が発生しました。 サンプルドキュメントの指示に従いましたが、結果は得られませんでした。 私が入力したものは次のとおりです。
そして出力は次のとおりです。
[ロジスティックフィット] オプションで何かを選択すると、次のエラー メッセージが表示されます。
これに対処する方法をアドバイスしていただけますか? JMPを再起動してみました。 もしそれが関連しているのであれば、私は JMP バージョン 16.0.0 を持っています。
ありがとう！
Re: メソッドの比較こんにちは@クエリーダ値のサイズが大きいため、数値が不安定になる可能性があります。V1 と V2 を 10000 で除算して効果があるかどうかを確認し、JMP ログ (Ctrl+Shift+L) でメッセージを確認してください。ダメな場合はデータをお送りくださいruss.wolfinger@jmp.comさらに詳しく調査することができます。
Re: メソッドの比較こんにちは@russ_wolfinger
私は JMP Pro 16 アドインで pass-bablok を使用しています。 ただし、プログラムはデータの半分についてのみ回帰を実行し、エラーは表示されないにもかかわらず、残りの半分については実行しません。 以下の欠落している傾き、切片、および信頼限界を参照してください。 すべてのデータに対して、一致したペア/bland-altman が正常に実行されます。 データが bablok を渡すことに問題があるかどうかを確認するために、MethComp R パッケージを使用したところ、JMP では回帰が実行できない一方で、MethComp R パッケージでは回帰を実行できることがわかりました。 R パッケージでは信頼区間の計算方法が異なるようですので、JMP でこれを解決するための提案をいただければ幸いです (JMP で機能したデータをテストすることでこれを学びました) ありがとうございます。
Re: メソッドの比較どうもありがとうございます。 @russ_wolfinger私に知らせてくれて。 実際、私はすでに早期導入バージョンを使用しているので、見てみるつもりです:)
最善
カミラ
Re: メソッドの比較こんにちは@カミラリシオお問い合わせいただきありがとうございます。残念ながら、CUSUM 線形性テストはアドインでは利用できませんが、Passing-Bablok を実行した後に JSL を使用して計算することは可能です。さらに嬉しいことに、ご報告させていただきます@jianfeng_dingは、Passing-Bablok 回帰と CUSUM テストを正式に JMP 17 に追加する作業を行っています。おそらく、今後の早期導入バージョン (7 または 8) のいずれかで最初に利用可能になる予定で、次の URL からリクエストできます。 jmp.com/earlyadopter
Re: メソッドの比較こんにちは@russ_wolfinger 、
何よりもまず、この素晴らしいアドインをまとめていただきありがとうございます。私が取り組んでいるプロジェクトにとって、このアドインは非常に役立つと感じています。
関連した問題についてあなたの知恵を借りたいと思っていました。
最近の JMP サミットでの Roche Diagnostics GmbH の Anja Wörner による私の読み物/顧客のアドバイス/非常に有益なプレゼンテーションに基づいて、これらのメソッド比較回帰アプローチは、使用の条件として、Cusum テストによる直線性テストの成功に依存しています。 JMP CUSUM の実装は実際には Anja のプレゼンテーションの一部だったと思いますが、その情報を取得できないようです。
これを JMP で実装する方法を教えていただけますか?
Uber さんのご協力に感謝します
最善
カミラ
Re: メソッドの比較どうもありがとうございます。 @russ_wolfinger 、それを修正するためにこの解決策を試してみます。
Re: メソッドの比較@jzadzka大変遅くなってしまい申し訳ございません。完全な JMP テーブルを次の宛先に送っていただけますか? russ.wolfinger@jmp.com ?エラーを再現して修正を実装してみます。あなたが送った内容によると、何が起こっているのかわかりません。
@エティエンヌ88これはほぼ確実に言語設定に関係しています。エラー メッセージは列 "Min" を検索していることに注意してください。お使いのマシンではフランス語で表示されます。このアドインは英語向けにのみ開発されており、言語に依存しない修正を実装する機会がまだありません。修正のための 1 つのアイデアは、名前ではなく番号で列を参照することです。それまでの間、[表示] > [アドイン] をクリックして JSL にアクセスし、コードが機能するように変更できる可能性があります。
Re: メソッドの比較こんにちは、 @russ_wolfinger 、
私も同じ問題を抱えているようですアイノア。
実際、データを使用してメソッドの比較と精度テストを実行すると、次のエラー メッセージが表示されます。
手伝ってもらえますか？
ありがとう
Re: メソッドの比較申し訳ありませんが、データ形式は次のとおりです。
Re: メソッドの比較こんにちは、 @russ_wolfinger 、
ブランド-アルトマンプロットとデミング回帰を実行しようとしています。
以下のような形式のデータがあります。
エラーが発生しました:
この問題について手伝ってもらえますか？
よろしくお願いします。
ジョアンナ
Re: メソッドの比較Helge さん、ありがとう。はい、ボタンはこの追加の作業を行うため、ドラッグ アンド ドロップの代わりに使用する必要があります。ラス
Re: メソッドの比較こんにちは、みんな、
メソッド識別子を選択したときに「参照メソッド」が正しく設定されない原因となるトリガーを見つけました。
Compound をフィールドにドラッグ アンド ドロップした場合、Reference メソッドは入力されませんが、Compound を選択して Method Identifier ボタンをクリックすると、Reference メソッドが正しく入力されます。
@ainhoa @ハンツ
よろしくお願いします、
ヘルゲ
Re: メソッドの比較どうもありがとう@russ_wolfinger 。 表を電子メールで送りますので、ご提案いただいたことを実行してみます。
Re: メソッドの比較こんにちは@ainhoa , これはおそらくスペイン語の言語設定に関係があると思われます。さらに調査するため、JMP データ テーブルを送っていただけますか?までメールしてくださいruss.wolfinger@jmp.com 。それまでの間、提供されている化合物比較データを使用して、ヘルプ ドキュメントの最初の例を実行できるかどうかも確認してください。また、英語設定のマシンにアクセスできる場合は、そこで試してみてください。ご迷惑をおかけして申し訳ございません。解決に向けて取り組みます。
Re: メソッドの比較JMP 15 の試用版を持っていますが、精度テストに問題があります (このページからアドインをダウンロードしました)。 テストを実行すると、JMP アラートが表示されます。
アラートには次のように表示されます: 「列」にアクセスまたは評価するときに列が見つかりませんでした。
手伝ってもらえませんか？
ありがとう
Re: メソッドの比較こんにちは@A_Tomczyk , JMP テーブルを送っていただければ、さらに調査させていただけますか?ここに添付するか、次の宛先にメールしてくださいruss.wolfinger@jmp.com 。親切に、ラス
Re: メソッドの比較こんにちは、 @russ_wolfinger 、
ブランド-アルトマンプロットとデミング回帰を実行しようとしています。
以下のような形式のデータがあります。
次のようなエラーが表示されます。
何が起こっているのかわかりますか...?
よろしくお願いします。
アグニエシュカ
Re: メソッドの比較@vtkm 、返信が大幅に遅れてしまい申し訳ありません。Bland と Altman (1986) から参照されている標準偏差の調整式を振り返る機会がありました。反復測定に移行する場合、観測値間の共分散構造の想定される形式に関する選択肢があります。Bland と Altman は、これらの方針に沿って、s_1 と s_2 の使用から明らかなように、2 つの方法間の異質性を含む特定の仮定を立てているようです (ところで、s_1 と s_2 について示されている 21.6 と 28.2 の値を正確に再現することはできませんでした) PEFR サンプルの s_2 (このデータはサンプル データの下にこのアドインに含まれています)。また、それらの調整式は、2 つの反復測定と完全にバランスのとれたデータにのみ適用されます。より良い、より一般的なアプローチは、いくつかの合理的な共分散構造を考慮し、適切に選択された共分散構造に基づいて適切な標準偏差を計算する混合モデル分析です。最近リリースされたものを参照してください混合モデル用の SASストループらによる。完全な理論とアプリケーション向け + JMP Pro には、ここで利用できる優れた混合モデル機能があります。このアドインは、繰り返し測定された平均値を直接分析します。これは多くの場合において依然として合理的であり、自然なデフォルトであると私は考えています。
@david_arteta 、これらに直接アクセスする方法はありません。試しやすい方法の 1 つは、Passing-Bablok 切片と傾きの推定値を使用して独自の数式列を作成することです。もっと野心的なのは、JSL を使用して適切なテーブル ボックスからこれらの値を解析することです。究極は、あなたが示したように赤い三角形を追加することです。私はすぐにこれに取り組むつもりはないので、もし誰かが試してみたいと思ったら、喜んでアドインにアップデートを組み込むつもりです。あるいは、Passing-Bablok を JMP 二変量プラットフォームに正式に追加することに投票するのに良い時期かもしれません。
@ハンツの場合は、列 Donor、Method、Analyte1、Analyte2 が含まれるようにデータを転置し、Analyte1 と Analyte2 を Y 変数として別々に分析する必要があります。
Re: メソッドの比較こんにちは@russ_wolfinger 、
素早いご対応ありがとうございます。 JMPを再起動するとうまくいきました。
ここで、アクション ボタン「削除」が一種の更新として機能することに気づきました。 つまり、メソッド識別子を追加した後、「削除」をクリックして、左下隅のダイアログ ボックスを更新して設定する必要があります。 その後、ヘルプドキュメントの説明に従って分析を進めることができます。
参考までに、私は Windows 10 Enterprise 64 ビット システム上で JMP 12.1.0 (64 ビット) を実行しています。(私が知っている限り) 地域設定はなく、デフォルト言語は英語です。
さて、自分のデータに移りましたが、サンプルデータを勉強した後でも、入力テーブルを正しくフォーマットする方法がまだよく理解できていないようです。 ピエールが以前に質問したため、似ているという質問は、もう一度取り上げる価値があると思います。
私の実験では、私は繰り返し(異なるドナー) 方法 1 と 2 で 2 つの分子/分析物を測定します。 方法 1 は確立された基準であり、それを方法 2 の結果と比較したいと思います。 現在、私のテーブルはフォーマット済みこのような：
Col1: ドナー
Col2: 分析物
Col3: 結果メソッド 1
Col4: 結果メソッド 2
例：
| ドナー | 検体 | 方法1 | 方法2 |
| 1 | 1 | 142 | 143 |
| 2 | 1 | 143 | 141 |
| 3 | 1 | 142 | 142 |
| ....n = 40 | 1 | 118 | 120 |
| 1 | 2 | 3.04 | 3.05 |
| 2 | 2 | 4.49 | 4.39 |
| ...n =40 | 2 | 6.05 | 5.8 |
次に、分析対象ごとにメソッド 1 とメソッド 2 を比較し、分析対象ごとに個別の回帰とブランド アルトマン プロットを取得したいと思います。
表を正しくフォーマットする方法についてヒントはありますか?
Re: メソッドの比較こんにちは、ラス！
Method Comparison Add-in を使用して Passing-Bablok 回帰を適合させています。 このアドインは、多くの規制機関から要求されている回帰推定の CI も追加するため、非常に優れています。 また、比較のために追加の直交近似も計算します。
ここで、PB フィットを使用した信頼区間を使用して、特定の X 点での予測値を計算しようとしています。 これを行う方法はありますか? PB フィットにはオプションのある赤い三角形がないためです。
ありがとう！
デイブ
Re: メソッドの比較こんにちは@ハンツ, ダイアログでは、「参照メソッド」の下の左下のボックスに値が入力されているはずなので、最初から何か問題が発生しているようです。 新しく起動した JMP セッションから、化合物比較データを再度開き、[アドイン] > [メソッド比較] > [精度] をクリックします。化合物を選択し、「メソッド識別子」をクリックします。 左下のボックスには値「079」、「080」、「081」などが入力されます。 JMP ログ (Ctrl-Shift-L) を確認し、メッセージがあれば送信してください。(さらに先に進むと現在表示されているエラー メッセージから、opValList[1] は「079」と評価され、平均テーブルでその列が見つかるはずです。) 実行している JMP のバージョンは何ですか? 地域設定または言語設定を使用していますか?Windows のバージョンは何ですか?
Re: メソッドの比較こんにちは@russ_wolfinger 、
最近メソッド比較アドインをダウンロードしましたが、残念ながら機能しません。 アドインをインストールし、提供されたデータ テーブルを使用して最初の例に従いました。 [OK] をクリックすると、次のエラー メッセージが表示されます。
'Column' のアクセスまたは評価で列が見つかりませんでした、 Column/*###*/(splitTbl, Eval( opValList[1] ))
ご協力いただければ幸いです。
ありがとう、
ハンス
Re: メソッドの比較ラス、
いくつかのデータを見て、Excel や Matlab で行われた手動計算と比較すると、JMP は LOA を差異の標準偏差 * 1.96 として計算しているようです。ただし、1986 年の Bland-Atlman 論文では、反復測定を使用する場合は、次のように補正された標準偏差を使用することが求められています。 sc = [S D^ 2 + .25 ( s1)^ 2 + .25 ( s 2)^2]^5
繰り返しの測定を可能にする精度アドインを実行する方法はありますか?
Re: メソッドの比較@Heidi_V 、やあ、長くなってごめんなさい！JMP の直交回帰プラットフォームで出力される切片の信頼区間を取得するという研究開発への要求があります。リクエストありがとうございます。また、遠慮なく私たちに知らせてください。あるいは、もし大胆だと感じているのであれば、アドインがすでに生成しているものを考慮すると、計算はそれほど悪くないと思います。マッチドペアプラットフォームのダイヤモンドについては、248 ページを参照してください。 https://www.jmp.com/support/downloads/pdf/jmp9/basic_analysis_and_graphing.pdf
@ピエールさん、あなたはデータの蓄積において正しい軌道に乗っています。最初の新しい列はメソッド識別子で、2 番目の列は Y です。何らかの方法で X 列を追加する必要があります。理想的には実験自体から行うか、それを持っていない場合は、連続する整数を使用する（各メソッド内でやり直す）とうまくいくはずです。アドインの例は勉強するのに役立ちます。
Re: メソッドの比較こんにちは、ラスさん
愚かな質問かもしれませんが、それでも質問します...
添付の Word 文書に示されている例を使用してチュートリアルを実行しましたが、例とまったく同じように完全に機能しましたが、データを試してみると完全に混乱してしまいました。
Passing-Bablok 回帰分析を実行したいだけです。 必要なのは、曲線と相関係数を式化することだけです。 私のデータは以下の表のようなものです。
| 検体 | 方法1 | 方法2 | 方法3 |
| S1 | 0.322613947 | 0.283500366 | 0.394930806 |
| S2 | 1.836453685 | 1.666623257 | 1.081888255 |
| S3 | 3.276624674 | 3.338295056 | 1.384727721 |
| S4 | 4.718858377 | 4.697249324 | 1.58673576 |
| S5 | 0.318644745 | 0.311580094 | 0.272826006 |
| S6 | 1.880639096 | 1.957200801 | 0.929268173 |
| S7 | 3.390383424 | 3.417362369 | 1.28341812 |
| S8 | 4.564628617 | 4.394208312 | 1.527136804 |
| S9 | 0.343720425 | 0.424129692 | 0.912531427 |
| S10 | 2.187688239 | 2.413766417 | 0.20302838 |
| S11 | 3.402107778 | 3.153607989 | 1.277589378 |
| S12 | 5.273795942 | 5.300136478 | 1.838240998 |
| S13 | 0.67104692 | 0.414658177 | 0.432221887 |
| S14 | 2.085992847 | 1.965456038 | 0.940358883 |
| S15 | 3.712645639 | 4.047605658 | 1.189165635 |
| S16 | 4.987225862 | 4.857789074 | 1.424112418 |
| S17 | 0.298670082 | -0.114521527 | 0.449896278 |
| S18 | 1.875760383 | 1.8653793 | 0.918795834 |
| S19 | 3.703566214 | 3.642433157 | 1.112434596 |
おそらく以下のような表が必要で、最初の列を「メソッド識別子」として、2 番目の列を「X、濃度」または「Y、応答」に入力する必要があるのではないかと考えたのですが、X または Y には何を入力すればよいでしょうか?
| | 測定 |
| 方法1 | 0.322614 |
| 方法1 | 1.836454 |
| 方法1 | 3.276625 |
| 方法1 | 4.718858 |
| 方法1 | 0.318645 |
| 方法1 | 1.880639 |
| 方法2 | 3.390383 |
| 方法2 | 4.564629 |
| 方法2 | 0.34372 |
| 方法2 | 2.187688 |
| 方法2 | 3.402108 |
| 方法2 | 5.273796 |
複合比較のチュートリアルでは、「メソッド識別子」とは何か、ここに何を入力する必要があるのかがわかりません。 おそらく「X、濃度」が基準法対策、「Y、反応」が新法対策に相当すると思いますが、それもよくわかりません。 何か助ける方法はありますか？ どうもありがとう
--ピエール
Re: メソッドの比較私は、Russ Wolfinger が開発した「Method Comparison」アドインを使用して、2D および 3D 超音波を使用して卵巣を分析するさまざまな方法を比較しています。 質問が 2 つあります。
- デミング回帰では、比例バイアスを評価するための傾きの信頼区間が提供されますが、切片の出力には信頼区間が提供されません。 Bland Altman グラフの下に表示される平均差の出力から系統的バイアスを評価できることは理解していますが、結果を完全にするために、デミング回帰の切片の CI も用意しておくと役立つでしょう。 これを入力に含めることはできますか、および/または切片付近の信頼区間を確認する方法を推奨しますか?
- Bland Altman のグラフの周囲にある黒いひし形/線が何であるかはわかりません。これは「ヘルプ」セクションで明確にされておらず、Bland Altman の元の出版物にも説明されていません。 これらの線が何を表しているのかを明確にすることはできますか?
どうもありがとう。
Re: メソッドの比較@sstinca大変遅くなってしまい申し訳ございません。新しい JMP コミュニティ Web サイトに切り替えたとき、どういうわけかあなたのメッセージの通知が届きませんでした。素晴らしい成果をありがとう。標準偏差を使用したブランド-アルトマン制限と、一致ペア グラフの陰影表示を含む更新をアップロードしました。また、1999 年の論文の収縮期血圧データの例も追加されており、数値は一致しています。
@dstkarこの制限は、ドイツのペンツベルクにある Roche のオリジナルの SAS マクロ コードに基づいており、Passing および Bablok (1983) のメソッドを実装しており、ブートストラップは使用していません。ブートストラップがうまく機能するという良い証拠がある場合は、ここで共有してください。また、JSL コードはオープンなので、何が起こっているかを正確に確認し、必要に応じて変更できます。
@juanpahnヘルプ ドキュメントの例に取り組み、すべてを理解していることを確認してから、独自のデータで試してみることを提案します。
Re: メソッドの比較Bland-Altman 分析を進めようとしていますが、手法の比較が何なのか理解できません。 2 つの異なる PCR 法 (遺伝子の 2 つのアンプリコン) 間で Bland-Altman を実行して、それらが互いにどのように異なるかを確認しようとしています。 ありがとう！Re: メソッドの比較こんにちは、
通過バブロックの切片と傾きの信頼区間にどのような方法を使用していますか? ブートストラップの場合は、どのタイプ (たとえば、すべてのブートストラップ推定から予測される Y の分布の 2.5 パーセンタイルと 97 パーセンタイル) またはその他のものを指定してください。
ありがとう、
デビッド
Re: メソッドの比較こんにちは、
メソッド比較用のアドインをありがとう。 Bland Altman プロットに関して質問/コメントがあります。95% の一致限界を計算するのに、標準偏差 (SD) ではなく標準誤差を使用するのはなぜですか? Std Error の使用は間違っており、その結果間違った合意の制限を与えている。
ブランド アルトマン プロットと標準偏差 (SD) の使用に関する文献:
1. 当たり障りのない JM、アルトマン DG。 方法比較研究における一致性の測定。 統計手法 Med Res 1999;8:135-60
2. 当たり障りのない JM、アルトマン DG。 2 つの臨床測定方法間の一致を評価するための統計的方法。 Int J Nurs Stud 2010;47:931-6
3.Giavarina D. ブランド アルトマン分析を理解する。 バイオケミア メディカ。 2015;25(2):141-151
